PDB-4c5j: Structure of the pyridoxal kinase from Staphylococcus aureus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4c5j

タイトル

Structure of the pyridoxal kinase from Staphylococcus aureus

要素

PHOSPHOMETHYLPYRIMIDINE KINASE

キーワード

TRANSFERASE / RIBOKINASE

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphomethylpyrimidine kinase activity / hydroxymethylpyrimidine kinase activity / pyridoxal kinase / thiamine biosynthetic process / nucleotide binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

STAPHYLOCOCCUS AUREUS SUBSP. AUREUS MU50 (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Nodwell, M. / Alte, F. / Sieber, S.A. / Schneider, S.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2014
タイトル: A Subfamily of Bacterial Ribokinases Utilizes a Hemithioacetal for Pyridoxal Phosphate Salvage.
著者: Nodwell, M.B. / Koch, M.F. / Alte, F. / Schneider, S. / Sieber, S.A.

履歴

登録	2013年9月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年3月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年4月16日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4c5j.cif.gz	461.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4c5j.ent.gz	382.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4c5j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4c5j_validation.pdf.gz	461.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4c5j_full_validation.pdf.gz	469.6 KB	表示
XML形式データ	4c5j_validation.xml.gz	49.4 KB	表示
CIF形式データ	4c5j_validation.cif.gz	73.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/4c5j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/4c5j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4c5kC 4c5lC 4c5mC 4c5nC 2i5bS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4c5k-2 4c5n-1 4c5n-2 3d3e-2 1xu7-3 4tor-5 4tor-8 2i5b-2 4c5m-2 1dqx-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PHOSPHOMETHYLPYRIMIDINE KINASE

B: PHOSPHOMETHYLPYRIMIDINE KINASE

C: PHOSPHOMETHYLPYRIMIDINE KINASE

D: PHOSPHOMETHYLPYRIMIDINE KINASE

ヘテロ分子

121 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PHOSPHOMETHYLPYRIMIDINE KINASE

D: PHOSPHOMETHYLPYRIMIDINE KINASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
60.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: PHOSPHOMETHYLPYRIMIDINE KINASE

C: PHOSPHOMETHYLPYRIMIDINE KINASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
60.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.580, 102.340, 83.540
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.98, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.9982, -0.0027, 0.0592), (-0.0039, -0.9938, -0.1114), (0.0592, -0.1115, 0.992)	-26.2936, 6.8658, 42.2048
2	given	(0.9995, 0.005, -0.0299), (-0.0058, 0.9997, -0.0244), (0.0297, 0.0246, 0.9993)	-21.4235, -8.3816, -67.0049
3	given	(-0.9998, -0.0089, 0.0196), (0.0062, -0.991, -0.1339), (0.0206, -0.1338, 0.9908)	-24.1628, 11.0365, 0.9919

#1: タンパク質	PHOSPHOMETHYLPYRIMIDINE KINASE / PYRIDOXAL KINASE 分子量: 29811.793 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) STAPHYLOCOCCUS AUREUS SUBSP. AUREUS MU50 (黄色ブドウ球菌) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) 参照: UniProt: Q99W31, UniProt: A0A0H3JTP0*PLUS, pyridoxal kinase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 992 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	FIRST AMINO ACID IS A GLY INSTEAD OF MET DUE TO REMOVAL OF THE AFFINITY TAG

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 50 MM HEPES, PH 7.6, 2M AMMONIUM SULPHATE 10MG/ML PROTEIN

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→45.69 Å / Num. obs: 183201 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 15.93
反射シェル	解像度: 1.45→1.5 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.86 / Mean I/σ(I) obs: 1.87 / % possible all: 93

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0032	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2I5B

2i5b

解像度: 1.45→45.69 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.983 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.972 / SU B: 2.477 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.062 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.17811	9265	5.1 %	RANDOM
R_work	0.13004	-	-	-
obs	0.1325	173936	97.11 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.437 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.79 Å²	0 Å²	-0.46 Å²
2-	-	-1.06 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→45.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8290	0	70	992	9352

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.019	8606
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	8185
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.802	1.969	11706
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.905	3	18928
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.119	5	1132
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.433	26.257	342
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.995	15	1466
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.757	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.124	0.2	1361
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	9771
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1781
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.535	1.824	4429
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.533	1.824	4428
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.316	2.745	5537
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.317	2.746	5538
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.283	2.274	4177
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.983	2.227	4121
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.703	3.179	6066
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.583	16.604	10538
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.28	15.787	9982
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.817	3	16791
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	26.463	5	236
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	13.697	5	17391

LS精密化シェル

解像度: 1.45→1.488 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.344	628	-
R_work	0.277	12325	-
obs	-	-	92.89 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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