PDB-4c4v: Structure of the outer membrane protein insertase BamA with one P...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4c4v

タイトル

Structure of the outer membrane protein insertase BamA with one POTRA domain.

要素

(OUTER MEMBRANE PROTEIN ASSEMBLY FACTOR BAMA) x 2

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / OMP85 SUPERFAMILY

機能・相同性

機能・相同性情報

Bam protein complex / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / protein insertion into membrane / cell outer membrane / cell adhesion / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Zeth, K. / Albrecht, R. / Diederichs, K.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structure of Bama, an Essential Factor in Outer Membrane Protein Biogenesis
著者: Albrecht, R. / Schuetz, M. / Oberhettinger, P. / Faulstich, M. / Bermejo, I. / Rudel, T. / Diederichs, K. / Zeth, K.

履歴

登録	2013年9月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年4月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年6月18日	Group: Database references / Source and taxonomy
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4c4v.cif.gz	370.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4c4v.ent.gz	307.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4c4v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4c4v_validation.pdf.gz	441 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4c4v_full_validation.pdf.gz	462.7 KB	表示
XML形式データ	4c4v_validation.xml.gz	33.9 KB	表示
CIF形式データ	4c4v_validation.cif.gz	47 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c4/4c4v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c4/4c4v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4zmj-d 2raj-d 6ch2-2 1pmd-d 4ac9-1 6osu-d 4ac9-2 4aca-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: OUTER MEMBRANE PROTEIN ASSEMBLY FACTOR BAMA

B: OUTER MEMBRANE PROTEIN ASSEMBLY FACTOR BAMA

105 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: OUTER MEMBRANE PROTEIN ASSEMBLY FACTOR BAMA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: OUTER MEMBRANE PROTEIN ASSEMBLY FACTOR BAMA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.583, 67.347, 109.795
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.46, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	OUTER MEMBRANE PROTEIN ASSEMBLY FACTOR BAMA / OMP85 分子量: 52140.750 Da / 分子数: 1 / 断片: BAMA TRUNCATED BY 4 POTRA DOMAINS, RESIDUES 347-808 / 由来タイプ: 組換発現詳細: OUTER MEMBRANE PROTEIN BAMA FROM E. COLI TRUNCATED BY POTRA DOMAIN 1 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A940
#2: タンパク質	OUTER MEMBRANE PROTEIN ASSEMBLY FACTOR BAMA / OMP85 分子量: 52469.102 Da / 分子数: 1 / 断片: BAMA TRUNCATED BY 4 POTRA DOMAINS, RESIDUES 344-808 / 由来タイプ: 組換発現詳細: OUTER MEMBRANE PROTEIN BAMA FROM E. COLI TRUNCATED BY POTRA DOMAIN 1 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A940
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.17 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→47 Å / Num. obs: 28588 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.6 % / B_iso Wilson estimate: 91.63 Å² / R_merge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 7.2
反射シェル	解像度: 2.8→2.97 Å / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.0	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3→33.59 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.89 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.8437 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R_free Blow DPI: 0.471
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.292	1178	5.02 %	RANDOM
R_work	0.2335	-	-	-
obs	0.2365	23451	99.59 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 93.98 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-25.5698 Å²	0 Å²	6.377 Å²
2-	-	5.861 Å²	0 Å²
3-	-	-	19.7088 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.578 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→33.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7023	0	0	121	7144

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.008	7219	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.15	9807	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		2374	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		201	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1065	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		7219	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.5
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	24.65
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		885	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		7513	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 3→3.13 Å / Total num. of bins used: 12

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3271	146	5.13 %
R_work	0.2554	2702	-
all	0.2591	2848	-
obs	-	-	99.59 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4937	2.6826	-1.7872	0	0.4117	1.3372	0.0097	-0.0315	0.0177	-0.0662	-0.0117	-0.0975	-0.0113	-0.0339	0.0021	-0.0885	-0.1469	-0.0943	0.1214	-0.0888	-0.0947	71.5365	0.1097	72.41
2	2.6869	2.1031	-2.8182	0	0.0344	2.8249	0.0093	-0.0016	-0.0342	-0.318	-0.0352	-0.0223	-0.0811	-0.0036	0.0259	-0.1278	-0.1311	-0.1411	0.2469	0.0085	-0.1605	72.1067	6.5206	69.9944
3	-0.317	0.8454	2.625	3.3956	0.7084	4.7389	-0.0113	-0.5592	0.0426	-0.0145	0.0648	-0.1238	0.0316	0.3061	-0.0535	0.2671	0.1364	0.0215	0.1021	0.0135	-0.2394	40.5468	9.9121	51.3061
4	0.278	0.4495	-2.3381	2.2359	2.0316	2.6666	-0.067	-0.4815	0.0535	0.5541	0.1872	-0.1462	0.5496	-0.1127	-0.1202	0.3201	-0.0482	-0.1143	-0.3036	-0.0201	-0.3201	29.1298	0.532	49.739
5	0.9468	0.2916	-0.4319	2.5691	0.5582	4.2797	0.0649	0.1149	-0.2483	0.5409	-0.1111	-0.0779	0.5465	-0.5295	0.0462	0.2894	-0.0058	-0.1161	-0.304	-0.0207	-0.3198	25.974	-1.2407	34.4231
6	1.7628	1.8146	-0.9601	5.0747	-0.1307	6.1587	0.0439	0.2207	0.2992	-0.2093	0.2249	0.1096	-0.1978	-0.2263	-0.2689	0.2741	0.1257	-0.0011	-0.304	0.0458	-0.3062	31.1916	9.9202	25.0281
7	7.1185	-0.9911	2.2359	1.2248	-2.1158	7.4671	-0.0129	0.0452	0.0287	0.2603	0.0489	-0.0169	0.0554	0.136	-0.036	-0.2857	0.1522	-0.1509	0.3032	-0.0443	-0.3223	76.9243	-30.0527	-11.2821
8	0.0048	-0.164	-0.0939	1.3093	0.1211	1.8022	0.0985	0.5069	-0.4396	-0.1375	0.1068	-0.0053	-0.0744	0.5248	-0.2053	-0.0281	-0.0535	-0.0764	0.1173	-0.0714	-0.1651	41.8948	-32.0569	3.4539
9	0.218	0.9221	-1.8259	0.0301	2.0891	0.7745	-0.0018	0.0117	0.0453	-0.0158	-0.0178	-0.0742	-0.0092	0.0567	0.0196	0.1399	-0.12	0.105	0.069	-0.1539	-0.0349	47.7953	-15.3945	0.309
10	1.6387	0.6918	1.1637	3.3399	1.1526	4.5208	0.2516	0.1613	0.128	-0.5317	-0.0828	0.0458	-0.5204	-0.5306	-0.1688	0.2977	0.0956	0.0697	-0.304	0.0056	-0.2977	27.6929	-22.2915	11.9837
11	0.2633	1.3073	-1.3994	0	-2.5611	-0.1092	0.0174	-0.0106	-0.0439	0.0144	-0.0226	0.1056	0.0658	-0.1746	0.0052	0.0521	0.0511	0.0874	0.0651	0.0426	-0.136	9.2816	-30.375	17.6543
12	3.5493	-1.7347	1.4203	4.1374	-0.4821	7.6366	0.0869	-0.3963	-0.0376	0.4387	0.1279	-0.0762	-0.1983	-0.5504	-0.2148	0.1819	-0.1002	-0.0296	-0.304	0.0387	-0.292	29.3637	-29.0828	28.5421

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|347 - 364}
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|365 - 427}
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|428 - 460}
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|461 - 547}
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{A\|548 - 764}
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{A\|765 - 808}
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{B\|344 - 427}
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{B\|428 - 478}
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{B\|479 - 488}
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{B\|489 - 678}
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{B\|698 - 708}
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{B\|709 - 808}

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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