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万見
- PDB-4c4n: Crystal structure of the Sonic Hedgehog-heparin complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c4n
タイトルCrystal structure of the Sonic Hedgehog-heparin complex
要素SONIC HEDGEHOG PROTEIN
キーワードSIGNALING PROTEIN / HEDGEHOG SIGNALLING / MORPHOGENS / HEPARAN SULPHATE PROTEOGLYCANS / GLYCOSAMINOGLYCANS
機能・相同性
機能・相同性情報


forebrain regionalization / cell proliferation in external granule layer / zona limitans intrathalamica formation / positive regulation of neurotrophin production / positive regulation of photoreceptor cell differentiation / epithelial-mesenchymal signaling involved in prostate gland development / fungiform papilla development / Release of Hh-Np from the secreting cell / digestive tract mesoderm development / fungiform papilla morphogenesis ...forebrain regionalization / cell proliferation in external granule layer / zona limitans intrathalamica formation / positive regulation of neurotrophin production / positive regulation of photoreceptor cell differentiation / epithelial-mesenchymal signaling involved in prostate gland development / fungiform papilla development / Release of Hh-Np from the secreting cell / digestive tract mesoderm development / fungiform papilla morphogenesis / ventral spinal cord interneuron specification / tongue morphogenesis / respiratory tube development / Ligand-receptor interactions / Activation of SMO / positive regulation of oligodendrocyte progenitor proliferation / trachea development / positive regulation of skeletal muscle cell proliferation / right lung development / left lung development / primary prostatic bud elongation / regulation of mesenchymal cell proliferation involved in prostate gland development / mesenchymal smoothened signaling pathway involved in prostate gland development / positive regulation of sclerotome development / tracheoesophageal septum formation / negative regulation of ureter smooth muscle cell differentiation / positive regulation of ureter smooth muscle cell differentiation / negative regulation of kidney smooth muscle cell differentiation / positive regulation of kidney smooth muscle cell differentiation / regulation of odontogenesis / positive regulation of mesenchymal cell proliferation involved in ureter development / mesenchymal-epithelial cell signaling involved in prostate gland development / trunk neural crest cell migration / hindgut morphogenesis / polarity specification of anterior/posterior axis / anatomical structure formation involved in morphogenesis / striated muscle tissue development / negative regulation of alpha-beta T cell differentiation / regulation of glial cell proliferation / regulation of prostatic bud formation / metanephric mesenchymal cell proliferation involved in metanephros development / formation of anatomical boundary / lung epithelium development / positive regulation of striated muscle cell differentiation / neural tube formation / trachea morphogenesis / cholesterol-protein transferase activity / positive regulation of penile erection / bud outgrowth involved in lung branching / regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / myotube differentiation / telencephalon regionalization / epithelial-mesenchymal cell signaling / laminin-1 binding / limb bud formation / lung lobe morphogenesis / vasculogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / negative regulation of cholesterol efflux / Hedgehog ligand biogenesis / salivary gland cavitation / spinal cord dorsal/ventral patterning / negative regulation of mesenchymal cell apoptotic process / determination of left/right asymmetry in lateral mesoderm / embryonic digestive tract morphogenesis / positive regulation of cerebellar granule cell precursor proliferation / negative regulation of T cell differentiation in thymus / epithelial cell proliferation involved in salivary gland morphogenesis / spinal cord motor neuron differentiation / cell development / positive regulation of T cell differentiation in thymus / branching involved in prostate gland morphogenesis / mesenchymal cell proliferation involved in lung development / intermediate filament organization / prostate gland development / cerebellar granule cell precursor proliferation / male genitalia morphogenesis / embryonic skeletal system development / establishment of epithelial cell polarity / skeletal muscle fiber differentiation / mesenchymal cell apoptotic process / fungiform papilla formation / patched binding / somite development / animal organ formation / embryonic foregut morphogenesis / hindbrain development / neuron fate commitment / ectoderm development / positive regulation of skeletal muscle tissue development / stem cell development / thalamus development / negative regulation of dopaminergic neuron differentiation / branching involved in salivary gland morphogenesis / skeletal muscle cell proliferation / lymphoid progenitor cell differentiation / positive regulation of immature T cell proliferation in thymus / dorsal/ventral neural tube patterning / negative thymic T cell selection / mesenchymal cell proliferation / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment
類似検索 - 分子機能
Hedgehog, N-terminal signalling domain / Hedgehog protein / Hedgehog protein, Hint domain / : / Hint module / Hedgehog amino-terminal signalling domain / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 - #10 / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 / Hedgehog signalling/DD-peptidase zinc-binding domain superfamily / Hint domain C-terminal ...Hedgehog, N-terminal signalling domain / Hedgehog protein / Hedgehog protein, Hint domain / : / Hint module / Hedgehog amino-terminal signalling domain / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 - #10 / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 / Hedgehog signalling/DD-peptidase zinc-binding domain superfamily / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / Hint domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sonic hedgehog protein
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.36 Å
データ登録者Whalen, D.M. / Malinauskas, T. / Gilbert, R.J.C. / Siebold, C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structural Insights Into Proteoglycan-Shaped Hedgehog Signaling.
著者: Whalen, D.M. / Malinauskas, T. / Gilbert, R.J.C. / Siebold, C.
履歴
登録2013年9月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月9日Group: Database references
改定 1.22013年10月30日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SONIC HEDGEHOG PROTEIN
B: SONIC HEDGEHOG PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,36311
ポリマ－37,5362
非ポリマー3,8279
水1,15364
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)95.680, 61.600, 62.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.9631, -0.2481, -0.1045), (-0.2578, -0.9617, -0.09294), (-0.07745, 0.1165, -0.9902)
ベクター: 4.045, 59.79, -38.78)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 SONIC HEDGEHOG PROTEIN / SHH / HHG-1


分子量: 18768.016 Da / 分子数: 2 / 断片: N-TEMINAL SIGNALLING DOMAIN, RESIDUES 40-195 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA PLYSS / 参照: UniProt: Q62226

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糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖 2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid- ...2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1750.427 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,6,5/[a2121A-1a_1-5_2*OSO/3=O/3=O][a2122h-1a_1-5_2*NSO/3=O/3=O_6*OSO/3=O/3=O]/1-2-1-2-1-2/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-L-IdopA2SO3]{[(4+1)][a-D-GlcpNSO36SO3]{[(4+1)][a-L-IdopA2SO3]{[(4+1)][a-D-GlcpNSO36SO3]{[(4+1)][a-L-IdopA2SO3]{[(4+1)][a-D-GlcpNSO36SO3]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose- ...2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1750.427 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,6,5/[a2122h-1a_1-5_2*NSO/3=O/3=O_6*OSO/3=O/3=O][a2121A-1a_1-5_2*OSO/3=O/3=O]/1-2-1-2-1-2/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0

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非ポリマー , 4種, 71分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細2-O-SULFO-ALPHA-L-IDOPYRANURONIC ACID (IDS): THE OLIGOSACCHARIDE CHAIN IDS-SGN IS CONTINUOUS ...2-O-SULFO-ALPHA-L-IDOPYRANURONIC ACID (IDS): THE OLIGOSACCHARIDE CHAIN IDS-SGN IS CONTINUOUS RUNNING THROUGH SEVERAL UNIT CELLS. N,O6-DISULFO-GLUCOSAMINE (SGN): THE OLIGOSACCHARIDE CHAIN IDS-SGN IS CONTINUOUS RUNNING THROUGH SEVERAL UNIT CELLS.
配列の詳細CONSTRUCT CONTAINS TWO ADDITIONAL N-TERMINAL RESIDUES (MA) AND 6 ADDITIONAL C-TERMINAL RESIDUES (HHHHHH)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.72 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5
詳細: 100 MM TRIS-HCL PH 8.5; 200 MM SODIUM ACETATE; 30% (W/V) PEG 4000; 8% (V/V) 1,1,1,3,3, 3-HEXAFLUORO-2-PROPANOL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.86
検出器日付: 2012年5月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.86 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.36→22.33 Å / Num. obs: 15713 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル解像度: 2.35→2.42 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.36→22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 15.271 / SU ML: 0.189 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.396 / ESU R Free: 0.238 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE OLIGOSACCHARIDE CHAIN IDS-SGN IS PRESENT IN TWO DISTINCT CONFORMATIONS WHICH ARE SYMMETRY MATES. ONLY ONE CONFORMATION IS PRESENT IN THE ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE OLIGOSACCHARIDE CHAIN IDS-SGN IS PRESENT IN TWO DISTINCT CONFORMATIONS WHICH ARE SYMMETRY MATES. ONLY ONE CONFORMATION IS PRESENT IN THE PDB FILE WITH 0.50 OCCCUPANCY, SINCE THE OTHER CAN BE GENERATED BY APPLYING THE SYMMETRY OPERATIONS OF THE SPACE GROUP.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23227 783 5 %RANDOM
Rwork0.20076 ---
obs0.20225 14900 99.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 64.498 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.91 Å20 Å20 Å2
2--0.36 Å20 Å2
3----3.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.36→22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2434 0 219 64 2717
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0192708
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.022388
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4132.0433708
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95135544
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0715301
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.23523.906128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.44115437
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7411520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2431
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022871
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02593
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6732.6031210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6692.6011209
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7423.8941509
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.472.6941498
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.36→2.421 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 52 -
Rwork0.306 1070 -
obs--99.91 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8533-0.67942.132811.7437-3.5477.98320.3376-0.011-0.1774-1.2103-0.5856-0.47330.65770.00860.2480.15890.03730.04890.11350.02640.1192-18.11219.3898-7.2393
24.06391.02640.2473.2411-1.33789.3454-0.33080.08320.0791-0.1558-0.0850.0469-0.69860.350.41570.1611-0.1221-0.12390.18960.06350.1691-13.520548.0749-25.1534
340.085-23.5088-13.910129.628915.53428.37931.4243-0.3965-0.343-2.9987-1.05620.1396-1.3031-0.3106-0.36811.05160.0502-0.78121.3915-0.19251.8112-2.335413.8592-15.9568
410.4206-1.30478.41480.2097-1.16947.08790.2545-0.8598-0.25630.22590.12550.0799-0.4495-0.7071-0.38011.4817-0.09040.39591.0469-0.06011.22142.441648.0078-15.8591
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A40 - 189
2X-RAY DIFFRACTION2B40 - 191
3X-RAY DIFFRACTION3A1201 - 1206
4X-RAY DIFFRACTION4B1201 - 1206

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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