[日本語] English
万見
- PDB-4c4k: Crystal structure of the titin M10-Obscurin Ig domain 1 complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c4k
タイトルCrystal structure of the titin M10-Obscurin Ig domain 1 complex
要素
  • OBSCURIN
  • TITIN
キーワードTRANSFERASE / SARCOMERE / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN / LIMB-GIRDLE MUSCULAR DYSTROPHY
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to M-band / sarcomerogenesis / structural molecule activity conferring elasticity / telethonin binding / skeletal muscle myosin thick filament assembly / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / cardiac myofibril assembly / muscle alpha-actinin binding / detection of muscle stretch / cardiac muscle tissue morphogenesis ...protein localization to M-band / sarcomerogenesis / structural molecule activity conferring elasticity / telethonin binding / skeletal muscle myosin thick filament assembly / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / cardiac myofibril assembly / muscle alpha-actinin binding / detection of muscle stretch / cardiac muscle tissue morphogenesis / regulation of catalytic activity / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / cardiac muscle hypertrophy / mitotic chromosome condensation / Striated Muscle Contraction / actinin binding / M band / I band / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / cardiac muscle cell development / regulation of protein kinase activity / regulation of small GTPase mediated signal transduction / structural constituent of muscle / ankyrin binding / myofibril / sarcomere organization / NRAGE signals death through JNK / RHOQ GTPase cycle / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament / RHOA GTPase cycle / striated muscle contraction / cardiac muscle contraction / titin binding / protein kinase A signaling / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / guanyl-nucleotide exchange factor activity / condensed nuclear chromosome / muscle contraction / positive regulation of protein secretion / sarcolemma / Z disc / response to calcium ion / : / G alpha (12/13) signalling events / actin filament binding / Platelet degranulation / protein tyrosine kinase activity / protease binding / nuclear body / non-specific serine/threonine protein kinase / calmodulin binding / phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / enzyme binding / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Obscurin, SH3 domain / PPAK motif / PPAK motif / Titin, Z repeat / Titin Z / MyBP-C, tri-helix bundle domain / Tri-helix bundle domain / IQ calmodulin-binding motif / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain ...Obscurin, SH3 domain / PPAK motif / PPAK motif / Titin, Z repeat / Titin Z / MyBP-C, tri-helix bundle domain / Tri-helix bundle domain / IQ calmodulin-binding motif / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif profile. / IQ motif, EF-hand binding site / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Fibronectin type III domain / Pleckstrin homology domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin V-set domain / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / PH-like domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, active site / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Immunoglobulins / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Pernigo, S. / Fukuzawa, A. / Gautel, M. / Steiner, R.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: The Crystal Structure of the Human Titin:Obscurin Complex Reveals a Conserved Yet Specific Muscle M-Band Zipper Module.
著者: Pernigo, S. / Fukuzawa, A. / Pandini, A. / Holt, M. / Kleinjung, J. / Gautel, M. / Steiner, R.A.
履歴
登録2013年9月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月17日Group: Database references
改定 1.22015年3月4日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
O: OBSCURIN
T: TITIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,10014
ポリマ－21,3552
非ポリマー74512
水1,856103
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1810 Å2
ΔGint-7.6 kcal/mol
Surface area11790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.940, 66.880, 72.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 OBSCURIN / OBSCURIN-RHOGEF / OBSCURIN-MYOSIN LIGHT CHAIN KINASE / OBSCURIN-MLCK


分子量: 10373.669 Da / 分子数: 1 / 断片: FIRST IG DOMAIN, RESIDUES 9-103 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA 2
参照: UniProt: Q5VST9, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 TITIN / CONNECTIN / RHABDOMYOSARCOMA ANTIGEN MU-RMS-40.14


分子量: 10981.231 Da / 分子数: 1 / 断片: M10 DOMAIN, RESIDUES 34252-34350 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA 2
参照: UniProt: Q8WZ42, non-specific serine/threonine protein kinase
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細INITIAL GSS IS DERIVED FROM VECTOR AFTER TEV CLEAVAGE

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.5 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5
詳細: 0.1 M TRIS-HCL PH 8.5, 0.2 M SODIUM ACETATE, 30% PEG4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月6日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→35.7 Å / Num. obs: 15005 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 31.76 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WP3

2wp3


解像度: 1.95→17.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9549 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9429 / SU R Cruickshank DPI: 0.146 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.155 / SU Rfree Blow DPI: 0.138 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.135
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2096 756 5.06 %RANDOM
Rwork0.1711 ---
obs0.173 14950 98.83 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.9583 Å20 Å20 Å2
2--1.864 Å20 Å2
3---4.0943 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.222 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→17.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1440 0 48 103 1591
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011523HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.122045HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d528SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes39HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes221HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1523HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.6
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.91
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion201SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1765SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.08 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2495 137 5.18 %
Rwork0.1922 2506 -
all0.195 2643 -
obs--98.83 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.223-1.46810.70427.67671.07270.5118-0.2449-0.0466-0.60650.34330.21610.55690.52910.09820.02880.07050.02060.0308-0.05760.00980.0324-16.2391-0.5562-4.7806
20.2107-2.246-0.48360.02111.46742.53920.1941-0.0957-0.12320.035-0.17520.02490.03740.2224-0.0188-0.1419-0.0223-0.0251-0.12580.0178-0.0725-17.163811.5513-11.7935
33.59092.84920.4131.3763-5.36932.3984-0.119-0.2312-0.54960.1812-0.01160.25020.2228-0.42050.13050.0422-0.09740.12620.05340.00970.2821-28.5375-2.1439-0.0586
43.2325-3.28842.92446.88652.9885.9279-0.256-0.07410.26910.07680.0005-0.11470.00910.24950.2554-0.0180.0111-0.0030.0051-0.0030.0241-20.641412.32272.3007
50.52265.3657-4.69425.1794-3.82112.59220.0832-0.1516-0.05120.04980.0690.1169-0.521-0.4513-0.1521-0.15040.04140.0077-0.05560.0171-0.0004-25.215719.1283-4.4577
60.6093-1.6921-2.67012.3624-0.76864.13350.08440.0709-1.0022-0.13420.17660.4330.3304-0.5523-0.2611-0.1359-0.0264-0.1202-0.1356-0.00160.2617-28.37644.5595-8.3114
74.14921.3014-1.31659.3644-2.23370.8958-0.03990.03290.2603-0.33570.0010.1834-0.01060.02670.0389-0.10910.003-0.0173-0.16160.0015-0.1284-19.72116.5302-9.9557
83.57741.2128-1.43698.7329-0.19733.3588-0.0431-0.2945-0.03680.34940.0893-0.07860.1229-0.0281-0.0462-0.15820.0205-0.0303-0.0705-0.0097-0.1239-17.448810.4099-0.9693
91.1606-3.16234.76349.2391-0.61792.1413-0.1905-0.9258-0.83290.6330.43880.50470.62630.0305-0.24830.20390.08050.07520.09790.12120.1659-19.7279-0.96562.6652
101.03083.84581.96521.25321.81812.56110.00120.0230.0183-0.30230.1892-0.0981-0.18470.3143-0.1905-0.01710.00840.02130.0527-0.01990.1387-8.178617.7504-9.4108
110.1892-3.30923.61760-2.13473.65770.05890.5008-0.87550.22410.21330.52790.0585-0.082-0.27210.03640.08170.0752-0.15820.01810.1929-23.36777.9881-19.106
122.72193.8722-2.29941.68540.41182.81610.0372-0.20750.2086-0.1739-0.1701-0.2330.10950.00660.1329-0.11-0.00610.0104-0.1843-0.0127-0.0522-14.4522-11.5658-19.3251
133.7023-2.1662-2.3154.1463-0.58113.40650.14730.8448-1.01-0.4265-0.09120.5432-0.3213-0.2598-0.0560.00760.0264-0.05440.0417-0.08830.2167-21.49439.3143-25.3624
1411.2459-4.2908-2.81448.72480.68443.3760.0318-0.0477-0.1970.62710.3643-0.1434-0.54850.8431-0.3961-0.0534-0.0330.0128-0.0663-0.1047-0.0669-6.95064.1521-19.1037
152.1966-0.17160.32933.96520.96296.2090.1352-0.0278-0.0002-0.6646-0.0397-0.116-0.26120.2524-0.0955-0.05860.00030.0294-0.1035-0.024-0.0356-6.6142-3.0238-27.3464
161.02980.7837-1.31030.03922.65473.7006-0.03360.0955-0.1693-0.1945-0.03370.42130.1759-0.24510.06730.07440.0409-0.1187-0.0696-0.08710.268-20.76641.7561-28.1896
179.2975-1.2858-1.04599.41191.66921.8587-0.2258-0.2933-0.35360.28940.11980.02340.44980.51050.106-0.02540.09350.0178-0.0477-0.02920.0019-7.0177-9.4377-21.4942
180.25050.7354-4.42194.51864.42233.34640.1109-0.0069-0.04980.04990.1280.0990.34940.6985-0.2390.01620.03530.0087-0.0248-0.0647-0.0024-9.43480.931-15.545
193.41562.0729-2.97120.40660.70355.3617-0.0070.4668-0.0836-0.1291-0.0093-0.0412-0.31920.05360.01630.0537-0.0030.013-0.05930.0248-0.0401-15.745815.1842-21.4997
201.40750.96-1.21991.4012-0.49081.6467-0.017-0.1328-0.25340.1831-0.2010.05930.6930.36510.21810.14940.11870.014-0.08070.0067-0.0068-11.0465-4.8562-13.1446
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN T AND RESID 2 - 14
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN T AND RESID 15 - 30
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN T AND RESID 31 - 36
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN T AND RESID 37 - 44
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN T AND RESID 45 - 54
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN T AND RESID 55 - 60
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN T AND RESID 61 - 71
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN T AND RESID 72 -83
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN T AND RESID 84 - 92
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN T AND RESID 93 -98
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN O AND RESID 7 - 15
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN O AND RESID 16 -30
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN O AND RESID 31 - 39
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN O AND RESID 40 - 48
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN O AND RESID 49 - 60
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN O AND RESID 61 - 65
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN O AND RESID 66 - 76
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN O AND RESID 77 -83
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN O AND RESID 84 -91
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN O AND RESID 92-100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る