PDB-4c4a: Crystal structure of mouse protein arginine methyltransferase 7 i...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4c4a

タイトル

Crystal structure of mouse protein arginine methyltransferase 7 in complex with SAH

要素

PROTEIN ARGININE N-METHYLTRANSFERASE 7

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

type III protein arginine methyltransferase / histone H4 methyltransferase activity / protein-arginine omega-N monomethyltransferase activity / protein-arginine omega-N symmetric methyltransferase activity / peptidyl-arginine methylation / RMTs methylate histone arginines / genomic imprinting / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / histone H4R3 methyltransferase activity / spliceosomal snRNP assembly ...
類似検索 - 分子機能

生物種

MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Cura, V. / Troffer-Charlier, N. / Bonnefond, L. / Wurtz, J.M. / Cavarelli, J.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structural Insight Into Arginine Methylation by the Mouse Protein Arginine Methyltransferase 7: A Zinc Finger Freezes the Mimic of the Dimeric State Into a Single Active Site.
著者: Cura, V. / Troffer-Charlier, N. / Wurtz, J.M. / Bonnefond, L. / Cavarelli, J.

履歴

登録	2013年9月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年7月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年9月10日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.2	2014年9月24日	Group: Database references
改定 1.3	2017年8月23日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.type
改定 1.4	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4c4a.cif.gz	284.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4c4a.ent.gz	229.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4c4a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c4/4c4a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c4/4c4a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3wst-1 3x0d-d 5xe3-d 4m36-1 6ogn-d 3wst-13 6uc6-1 4a04-d 7b68-1 1yt5-8 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PROTEIN ARGININE N-METHYLTRANSFERASE 7

ヘテロ分子

79.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.322, 97.322, 168.754
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	PROTEIN ARGININE N-METHYLTRANSFERASE 7 / HISTONE-ARGININE N-METHYLTRANSFERASE PRMT7 / MYELIN BASIC PROTEIN-ARGININE N-METHYLTRANSFERASE PRMT7 分子量: 78391.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然詳細: GENE FROM PLASMID DATABASE MMCD00312554 IMAGE ID 3583763 ORIGINAL CLONE ID MGC-7929 GI 13879452 GENBANK ACCESSION BC006705 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) 参照: UniProt: Q922X9, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの, EC: 2.1.1.125, EC: 2.1.1.126

#1: タンパク質

PROTEIN ARGININE N-METHYLTRANSFERASE 7 / HISTONE-ARGININE N-METHYLTRANSFERASE PRMT7 / MYELIN BASIC PROTEIN-ARGININE N-METHYLTRANSFERASE PRMT7

分子量: 78391.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: GENE FROM PLASMID DATABASE MMCD00312554 IMAGE ID 3583763 ORIGINAL CLONE ID MGC-7929 GI 13879452 GENBANK ACCESSION BC006705
由来: (天然)

MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
参照: UniProt: Q922X9, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの, EC: 2.1.1.125, EC: 2.1.1.126

-
非ポリマー , 5種, 696分子

#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-DMX / 3-[BENZYL(DIMETHYL)AMMONIO]PROPANE-1-SULFONATE 分子量: 257.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₉NO₃S
#4: 化合物	ChemComp-PG0 / 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL / PEG 6000 / ジエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル分子量: 120.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₂O₃ / コメント: 阻害剤, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 692 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.35 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7 詳細: PEG 20,000 3.2%, PEG 8,000 12.6%, BTP PH 7.0 100 MM, SAH 1 MM, NDSB256 100 MM

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.979
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→30 Å / Num. obs: 107019 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0.5 / 冗長度: 8.7 % / B_iso Wilson estimate: 28.86 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 13.9
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 8.4 % / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: SAME STRUCTURE SOLVED BY SAD USING A CRYSTAL OF THE NATIVE PROTEIN SOAKED WITH THIMEROSAL AND PHASED WITH ANOMALOUS SIGNAL FROM MERCURY

解像度: 1.7→29.353 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.12 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1897	4438	5 %
R_work	0.1597	-	-
obs	0.1612	89408	99.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→29.353 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5093	0	52	692	5837

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5334
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.131	7265
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.082	1974
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	795
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	935

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.7193	0.3523	136	0.3251	2792	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7193-1.7395	0.324	151	0.3159	2813	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7395-1.7608	0.333	140	0.2916	2757	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7608-1.783	0.304	130	0.2716	2825	X-RAY DIFFRACTION	100
1.783-1.8065	0.2912	141	0.2538	2785	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8065-1.8312	0.2645	122	0.2216	2834	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8312-1.8574	0.2522	167	0.2174	2779	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8574-1.8851	0.2271	160	0.2001	2785	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8851-1.9146	0.2295	146	0.1908	2797	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9146-1.946	0.2327	144	0.1853	2812	X-RAY DIFFRACTION	100
1.946-1.9795	0.2075	147	0.1829	2803	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9795-2.0155	0.2216	156	0.1826	2788	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0155-2.0542	0.2007	145	0.1719	2840	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0542-2.0962	0.193	146	0.1692	2786	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0962-2.1417	0.219	148	0.1592	2821	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1417-2.1915	0.217	149	0.1624	2791	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1915-2.2463	0.184	147	0.1536	2815	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2463-2.307	0.1914	150	0.1528	2842	X-RAY DIFFRACTION	100
2.307-2.3749	0.1703	149	0.1564	2859	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3749-2.4515	0.1966	146	0.1566	2801	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4515-2.5391	0.2118	147	0.1646	2815	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5391-2.6407	0.2371	150	0.1642	2862	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6407-2.7608	0.1962	153	0.1641	2825	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7608-2.9062	0.181	152	0.1626	2855	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9062-3.0881	0.1807	146	0.1555	2850	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0881-3.3262	0.1952	150	0.165	2870	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3262-3.6604	0.1718	152	0.1411	2868	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6604-4.1888	0.1638	153	0.1384	2917	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1888-5.2724	0.1373	153	0.1225	2912	X-RAY DIFFRACTION	99
5.2724-29.3569	0.1758	162	0.1564	3071	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4461	0.1766	0.221	1.459	0.2132	1.432	-0.0015	-0.0725	0.0467	0.0463	-0.0146	0.0851	0.0192	-0.1374	-0.0009	0.2087	-0.0183	-0.0191	0.2034	0.0122	0.2073	40.0414	11.341	71.9408
2	1.195	0.1065	1.2996	0.6552	-0.1375	2.9245	-0.0047	0.0378	0.0873	0.0002	-0.0661	-0.1031	-0.1903	0.1522	0.0653	0.1937	-0.0072	-0.0116	0.1813	0.0009	0.1962	40.8202	20.0707	56.8897
3	2.48	-0.7735	0.1801	3.4168	-0.0568	1.4041	0.0886	0.2986	0.1447	-0.4888	-0.0662	-0.1142	-0.1082	-0.1624	0.0286	0.3352	0.0514	-0.0152	0.288	0.0042	0.2113	12.4405	31.0733	37.6388
4	0.8538	-0.2502	0.626	0.9062	-0.0529	1.6839	0.027	0.103	0.0593	-0.1016	-0.0885	-0.0385	-0.0662	0.1078	0.0675	0.2212	0.023	0.0073	0.2286	0.0056	0.1964	34.5012	18.8759	44.2095
5	0.8893	-0.2662	-0.1309	2.222	-0.0049	0.7104	0.0236	0.0399	-0.0264	-0.1723	-0.0279	0.3523	-0.0331	-0.1317	-0.0031	0.1981	-0.0025	-0.0538	0.2318	-0.0251	0.2921	1.0428	30.5853	49.4613
6	2.5634	-0.3521	1.089	0.174	-0.11	0.461	0.1595	-0.5891	0.1805	0.0925	0.0874	0.5865	-0.1798	-0.7144	-0.0257	0.3939	0.0092	0.0679	0.5946	0.0894	0.5218	20.8737	6.2654	73.4412
7	2.3129	-0.4287	0.1315	1.9837	-0.2816	0.8145	-0.0212	-0.1717	-0.6142	0.0556	0.0284	0.6808	0.1595	-0.2098	-0.0327	0.2549	-0.0601	-0.0044	0.2519	0.0098	0.4994	-0.1476	10.2349	56.4356
8	2.8778	-0.6787	-0.7931	2.638	0.0021	2.7683	-0.0551	-0.379	-0.5447	0.1951	0.0244	0.4315	0.2474	0.0099	0.0234	0.2639	-0.0441	-0.013	0.279	0.074	0.4498	4.1408	8.7358	60.3642

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 27:143)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 144:188)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 189:226)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 227:353)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 361:531)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 532:560)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 561:627)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN A AND RESID 628:688)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)