- PDB-4c30: Crystal structure of Deinococcus radiodurans UvrD in complex with... -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 4c30
タイトル
Crystal structure of Deinococcus radiodurans UvrD in complex with DNA, form 2
要素
DNA HELICASE II
DNA STRAND FOR25
DNA STRAND REV25
キーワード
HYDROLASE/DNA / HYDROLASE-DNA COMPLEX / DNA REPAIR / DNA HELICASES / NUCLEOTIDE EXCISION REPAIR
機能・相同性
機能・相同性情報
DNA helicase complex / DNA 3'-5' helicase / recombinational repair / 3'-5' DNA helicase activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能
A: DNA HELICASE II D: DNA HELICASE II F: DNA HELICASE II I: DNA HELICASE II K: DNA STRAND FOR25 L: DNA STRAND REV25 X: DNA STRAND FOR25 Y: DNA STRAND REV25 ヘテロ分子
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 1.078 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 3→66.2 Å / Num. obs: 62649 / % possible obs: 89 % / 冗長度: 1.5 % / Biso Wilson estimate: 72.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル
解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 86.5
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
REFMAC
5.6.0085
精密化
SCALA
データスケーリング
PHASER
位相決定
精密化
構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: DRUVRD FORM1 解像度: 3→66.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 57.527 / SU ML: 0.486 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.56 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.28783
3128
5 %
RANDOM
Rwork
0.2282
-
-
-
obs
0.23114
59507
87.23 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK