[日本語] English
万見
- PDB-4c1t: Structure of the xylo-oligosaccharide specific solute binding pro... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c1t
タイトルStructure of the xylo-oligosaccharide specific solute binding protein from Bifidobacterium animalis subsp. lactis Bl-04 in complex with arabinoxylotriose
要素SUGAR TRANSPORTER SOLUTE-BINDING PROTEIN
キーワードTRANSPORT PROTEIN / PROBIOTIC / PREBIOTIC / ABC TRANSPORT
機能・相同性Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / :
機能・相同性情報
生物種BIFIDOBACTERIUM ANIMALIS SUBSP. LACTIS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Fredslund, F. / Ejby, M. / Vujicic-Zagar, A. / Svensson, B. / Slotboom, D.J. / Abou Hachem, M.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2013
タイトル: Structural Basis for Arabinoxylo-Oligosaccharide Capture by the Probiotic Bifidobacterium Animalis Subsp. Lactis Bl-04
著者: Ejby, M. / Fredslund, F. / Vujicic-Zagar, A. / Svensson, B. / Slotboom, D.J. / Abou Hachem, M.
履歴
登録2013年8月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月11日Group: Database references
改定 1.22018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: SUGAR TRANSPORTER SOLUTE-BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3564
ポリマ－44,3331
非ポリマー1,0233
水90150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.370, 96.050, 56.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質 SUGAR TRANSPORTER SOLUTE-BINDING PROTEIN / XOS BINDING PROTEIN


分子量: 44332.543 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 19-425 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) BIFIDOBACTERIUM ANIMALIS SUBSP. LACTIS (バクテリア)
株: BL-04 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C6A6Z1
#2: 多糖 alpha-L-arabinofuranose-(1-2)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 546.474 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LArafa1-2DXylpb1-4DXylpb1-4DXylpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a212h-1b_1-5][a211h-1a_1-4]/1-1-1-2/a4-b1_b4-c1_c2-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{[(2+1)][a-L-Araf]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.5 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.1 M TRIS PH 7.0, 40% PEG 300, 5% PEG 1500

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月11日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→32.2 Å / Num. obs: 14857 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 33.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 2.39→2.48 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 89

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ZKK

3zkk


解像度: 2.39→32.183 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2506 744 5 %
Rwork0.2027 --
obs0.2052 14837 98.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.39→32.183 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3002 0 69 50 3121
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023138
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7234245
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.8251143
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051466
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003546
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3901-2.57460.3441390.2542611X-RAY DIFFRACTION93
2.5746-2.83350.25171490.23772806X-RAY DIFFRACTION100
2.8335-3.24320.27491460.2312830X-RAY DIFFRACTION100
3.2432-4.08480.241530.18642859X-RAY DIFFRACTION100
4.0848-32.18560.22661570.18022987X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.85551.05471.28911.37170.38374.05020.0378-0.0339-0.03640.0374-0.04280.80720.3952-0.5395-0.0110.2917-0.0696-0.00130.4431-0.04240.54549.4773100.49487.753
21.07630.373-0.21951.3913-0.05361.04190.00380.1029-0.01150.0443-0.03680.11810.07290.03940.02870.20430.0148-0.03440.24090.00340.264519.7647114.794210.5219
32.07120.15460.5822.1573-0.38851.4474-0.02380.10990.4070.08180.00950.1635-0.13990.0099-0.01360.24870.02730.01840.221-0.02940.32717.8541129.071616.7921
41.95610.05380.73261.52230.53422.0398-0.0520.05840.179-0.1499-0.0105-0.0139-0.1646-0.010.0980.14760.02190.0070.18380.02650.216321.2982116.789710.2934
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 30 THROUGH 59 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 60 THROUGH 181 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 182 THROUGH 312 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 313 THROUGH 425 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る