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- PDB-4c0g: Structure of the NOT-box domain of human CNOT3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c0g
タイトルStructure of the NOT-box domain of human CNOT3
要素CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 3
キーワードGENE REGULATION / DEADENYLATION / MRNA DECAY / CCR4-NOT / HYDROLASE / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


CCR4-NOT core complex / CCR4-NOT complex / regulation of stem cell population maintenance / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / Deadenylation of mRNA / trophectodermal cell differentiation / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / P-body ...CCR4-NOT core complex / CCR4-NOT complex / regulation of stem cell population maintenance / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / Deadenylation of mRNA / trophectodermal cell differentiation / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / P-body / regulation of translation / positive regulation of cold-induced thermogenesis / regulation of DNA-templated transcription / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
CCR4-NOT complex subunit 2/3/5, C-terminal domain / CCR4-Not complex component, Not N-terminal domain / CCR4-NOT complex, subunit 3/ 5 / Not1 N-terminal domain, CCR4-Not complex component / NOT2/NOT3/NOT5, C-terminal / CCR4-NOT complex subunit 2/3/5, C-terminal domain superfamily / Not2/Not3/Not5 / NOT2/NOT3/NOT5 C-terminal / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CCR4-NOT transcription complex subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Boland, A. / Chen, Y. / Raisch, T. / Jonas, S. / Izaurralde, E. / Weichenrieder, O.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Structure and Assembly of the not Module of the Human Ccr4-not Complex
著者: Boland, A. / Chen, Y. / Raisch, T. / Jonas, S. / Kuzuoglu-Ozturk, D. / Wohlbold, L. / Weichenrieder, O. / Izaurralde, E.
履歴
登録2013年8月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月16日Group: Database references
改定 1.22013年10月23日Group: Database references
改定 1.32013年11月20日Group: Database references
改定 1.42017年10月18日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn / diffrn_source
Remark 700 SHEETS THE SHEET STRUCTURES OF CHAIN A, B, C, D, E, F ARE BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS ... SHEETS THE SHEET STRUCTURES OF CHAIN A, B, C, D, E, F ARE BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED EACH FOR CHAINS A, B, C, D, E, F.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 3
B: CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 3
C: CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 3
D: CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 3
E: CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 3
F: CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,0286
ポリマ－77,0286
非ポリマー00
水1,36976
1
A: CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 3
D: CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6762
ポリマ－25,6762
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1400 Å2
ΔGint-11.5 kcal/mol
Surface area13740 Å2
手法PQS
2
B: CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 3
E: CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6762
ポリマ－25,6762
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2000 Å2
ΔGint-4.4 kcal/mol
Surface area13660 Å2
手法PQS
3
C: CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 3
F: CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6762
ポリマ－25,6762
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1390 Å2
ΔGint-9.5 kcal/mol
Surface area13750 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)52.300, 97.570, 141.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 3 / CCR4-ASSOCIATED FACTOR 3 / LEUKOCYTE RECEPTOR CLUSTER MEMBER 2 / CNOT3


分子量: 12837.923 Da / 分子数: 6 / 断片: NOT-BOX DOMAIN, RESIDUES 656-753 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PETM60 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: O75175
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE FOUR N-TERMINAL RESIDUES REMAIN FROM THE EXPRESSION TAG.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.1 %
解説: SELENIUM SITES WERE IDENTIFIED IN DATA SET 2, COLLECTED AT 0.97950 A, PEAK DATA AT THE SE EDGE.
結晶化pH: 7.8
詳細: 100 MM HEPES PH=7.8, 13% PEG4000, 2% GLYCEROL, 12% ISOPROPANOL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.00000, 0.97950
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年10月21日 / 詳細: DYNAMICALLY BENDABLE MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.97951
反射解像度: 2.4→49.1 Å / Num. obs: 28972 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 54 Å2 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Rsym value: 0.7 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELX位相決定
PHASER位相決定
PHENIX精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.4→49.058 Å / SU ML: 0.45 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.95 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: HYDROGENS WERE REFINED IN THE RIDING POSITIONS. SIDE-CHAINS OF THE FOLLOWING RESIDUES WERE TRUNCATED AT CB ATOMS. CHAIN A, RESIDUE 713. CHAIN B, RESIDUES 658, 730, 749. CHAIN C, RESIDUES 656, ...詳細: HYDROGENS WERE REFINED IN THE RIDING POSITIONS. SIDE-CHAINS OF THE FOLLOWING RESIDUES WERE TRUNCATED AT CB ATOMS. CHAIN A, RESIDUE 713. CHAIN B, RESIDUES 658, 730, 749. CHAIN C, RESIDUES 656, 689, 729, 748. CHAIN D, RESIDUES 658, 749. CHAIN E, RESIDUES 658, 748. CHAIN F, RESIDUES 665, 693, 750.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2566 1477 5.1 %
Rwork0.2208 --
obs0.2226 28937 99.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.347 Å2 / ksol: 0.309 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 69.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--20.1245 Å20 Å20 Å2
2---1.7364 Å20 Å2
3---21.8609 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→49.058 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4984 0 0 76 5060
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0025153
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6156932
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9121850
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044653
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002862
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.47750.45551310.37482438X-RAY DIFFRACTION99
2.4775-2.5660.36551570.33922448X-RAY DIFFRACTION100
2.566-2.66880.3771190.32342457X-RAY DIFFRACTION100
2.6688-2.79020.37911280.30372497X-RAY DIFFRACTION100
2.7902-2.93730.32031230.26642490X-RAY DIFFRACTION100
2.9373-3.12130.24651200.25142470X-RAY DIFFRACTION100
3.1213-3.36220.28371390.23312485X-RAY DIFFRACTION100
3.3622-3.70050.25181440.21912486X-RAY DIFFRACTION99
3.7005-4.23570.20911450.19442480X-RAY DIFFRACTION99
4.2357-5.33550.20421390.15952522X-RAY DIFFRACTION99
5.3355-49.06790.25671320.21232687X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.66760.68431.38894.599-0.83896.13270.42240.74440.6701-0.26950.02880.3815-0.9838-0.65480.01310.57020.14950.17730.59090.2090.569-34.1086-39.816227.7998
26.5512-0.6894-1.58319.1102-2.17325.3420.3177-0.5051.22880.40310.169-0.2896-0.79610.2583-0.30220.4361-0.05020.11950.3168-0.15630.4501-16.387613.78324.4571
34.35441.832.68473.95551.44352.41570.74831.6702-3.4395-0.77970.7074-0.09020.42331.1277-0.4980.58590.128-0.35510.1398-0.31061.41459.144-21.457216.2225
47.3346-2.0147-3.76024.47910.83676.6460.4123-0.80480.92080.12960.51-0.1595-0.60880.3971-0.80870.54330.03350.20130.39910.02470.5117-16.9755-39.888929.5638
52.38571.16141.9897.38020.28965.980.19550.27070.8907-0.11530.00430.8659-0.6153-0.1558-0.00460.54390.07210.22570.41040.11590.7221-33.357914.80152.4907
60.4717-0.0648-0.1394-0.04230.08870.73550.1344-0.5184-1.2144-0.1530.55161.44910.73780.36850.09830.5209-0.0297-0.22740.24830.10921.2259-7.8092-22.175718.012
70.7157-0.0935-1.16590.97910.1531.51780.22850.0057-0.06940.19280.01980.35860.2087-0.21190.00680.37020.00850.09980.55770.1150.4274-41.9775-50.324440.2518
88.9548-2.5602-4.58945.57020.54048.08620.48981.00780.3559-0.3276-0.4371-0.1958-0.1-0.2616-0.01950.3713-0.0211-0.02390.51840.0810.3278-9.051310.498-12.0015
93.72520.47174.05142.19450.6226.54620.2438-1.1672-1.10160.3745-0.00430.2364-0.0132-0.5085-0.25670.3559-0.00010.01880.51270.06580.536516.5155-13.952831.435
106.06330.3456-3.18585.4005-0.73856.53690.24450.94450.5362-0.32130.2411-0.02920.1007-0.0368-0.44280.37280.012-0.01790.46760.04980.2917-9.6-46.934714.4449
112.55560.0424-1.68243.37-0.5213.55260.4363-0.01460.38270.33-0.10560.60130.1329-0.3511-0.31170.34240.03740.06840.34390.05630.4227-41.81850.984211.2827
127.2134-1.27723.70622.8641-0.98254.54950.23990.5195-1.2058-0.0744-0.0452-0.0597-0.06210.0243-0.19320.29290.007-0.0130.2815-0.01120.5008-16.0403-10.66056.5096
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND ((RESSEQ 658:695))
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B AND ((RESSEQ 658:695))
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C AND ((RESSEQ 658:695))
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D AND ((RESSEQ 658:695))
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN E AND ((RESSEQ 658:695))
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN F AND ((RESSEQ 658:695))
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND ((RESSEQ 696:745))
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND ((RESSEQ 696:745))
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN C AND ((RESSEQ 696:745))
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN D AND ((RESSEQ 696:745))
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN E AND ((RESSEQ 696:745))
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN F AND ((RESSEQ 696:745))

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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