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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4bzk | ||||||
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タイトル | The structure of the COPII coat assembled on membranes | ||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN TRANSPORT / SECRETION / TRAFFICKING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Seh1-associated complex / positive regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / protein exit from endoplasmic reticulum / COPII-coated vesicle budding / COPII-mediated vesicle transport / nuclear pore localization / COPII-coated vesicle cargo loading / regulation of TORC1 signaling / nuclear pore outer ring / COPII vesicle coat ...Seh1-associated complex / positive regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / protein exit from endoplasmic reticulum / COPII-coated vesicle budding / COPII-mediated vesicle transport / nuclear pore localization / COPII-coated vesicle cargo loading / regulation of TORC1 signaling / nuclear pore outer ring / COPII vesicle coat / positive regulation of protein exit from endoplasmic reticulum / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / SUMOylation of SUMOylation proteins / mating projection tip / SUMOylation of RNA binding proteins / endoplasmic reticulum organization / SUMOylation of chromatin organization proteins / nucleocytoplasmic transport / vacuolar membrane / endoplasmic reticulum exit site / positive regulation of TOR signaling / mRNA transport / nuclear pore / ERAD pathway / positive regulation of TORC1 signaling / cell periphery / protein import into nucleus / protein transport / nuclear envelope / endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of DNA-templated transcription / structural molecule activity / endoplasmic reticulum 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 40 Å | ||||||
データ登録者 | Zanetti, G. / Prinz, S. / Daum, S. / Meister, A. / Schekman, R. / Bacia, K. / Briggs, J.A.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2013 タイトル: The structure of the COPII transport-vesicle coat assembled on membranes. 著者: Giulia Zanetti / Simone Prinz / Sebastian Daum / Annette Meister / Randy Schekman / Kirsten Bacia / John A G Briggs / 要旨: Coat protein complex II (COPII) mediates formation of the membrane vesicles that export newly synthesised proteins from the endoplasmic reticulum. The inner COPII proteins bind to cargo and membrane, ...Coat protein complex II (COPII) mediates formation of the membrane vesicles that export newly synthesised proteins from the endoplasmic reticulum. The inner COPII proteins bind to cargo and membrane, linking them to the outer COPII components that form a cage around the vesicle. Regulated flexibility in coat architecture is essential for transport of a variety of differently sized cargoes, but structural data on the assembled coat has not been available. We have used cryo-electron tomography and subtomogram averaging to determine the structure of the complete, membrane-assembled COPII coat. We describe a novel arrangement of the outer coat and find that the inner coat can assemble into regular lattices. The data reveal how coat subunits interact with one another and with the membrane, suggesting how coordinated assembly of inner and outer coats can mediate and regulate packaging of vesicles ranging from small spheres to large tubular carriers. DOI:http://dx.doi.org/10.7554/eLife.00951.001. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4bzk.cif.gz | 412.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4bzk.ent.gz | 318 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4bzk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4bzk_validation.pdf.gz | 768.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4bzk_full_validation.pdf.gz | 911.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4bzk_validation.xml.gz | 70.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4bzk_validation.cif.gz | 104.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/4bzk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/4bzk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 138833.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: SEC31, WEB1, YDL195W, D1229 / プラスミド: PNS3141 (6H31/CK1313) / 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株 (発現宿主): RSY1112 / 参照: UniProt: P38968 #2: タンパク質 | | 分子量: 33082.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: SEC13, ANU3, YLR208W, L8167.4 / プラスミド: PNS3141 (6H31/CK1313) / 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株 (発現宿主): RSY1112 / 参照: UniProt: Q04491 #3: タンパク質 | | 分子量: 33191.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: SEC13, ANU3, YLR208W, L8167.4 / プラスミド: PNS3141 (6H31/CK1313) / 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株 (発現宿主): RSY1112 / 参照: UniProt: Q04491 #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: サブトモグラム平均法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: SEC13/31 COMPLEX (AS PART OF COMPLETE COPII ASSEMBLED ON MEMBRANE) EDGE IN LEFT-HANDED DIRECTION タイプ: COMPLEX |
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緩衝液 | 名称: HEPES, 50 MM KOAC, 1.2 MM MGCL2 / pH: 6.8 / 詳細: HEPES, 50 MM KOAC, 1.2 MM MGCL2 |
試料 | 濃度: 0.03 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: C-FLAT GRIDS / グリッドのタイプ: C-flat |
急速凍結 | 装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 詳細: ETHANE; HOMEMADE PLUNGER |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2012年9月18日 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 19500 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 2000 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 傾斜角・最大: 60 ° / 傾斜角・最小: -60 ° |
撮影 | 電子線照射量: 80 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN MULTISCAN |
画像スキャン | デジタル画像の数: 26 |
放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: EACH TILTED IMAGE WITHIN TOMOGRAM | |||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | |||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 手法: SUBTOMOGRAM ALIGNMENT AND AVERAGING / 解像度: 40 Å / 粒子像の数: 192 / ピクセルサイズ(公称値): 4.3 Å / ピクセルサイズ(実測値): 4.3 Å 詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-2431. (DEPOSITION ID: 11863). 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient / 詳細: METHOD--RIGID BODY REFINEMENT PROTOCOL--X-RAY | |||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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精密化 | 最高解像度: 40 Å | |||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 40 Å
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