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万見
- PDB-4bz2: Structure of dengue virus EDIII in complex with Fab 2D73 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bz2
タイトルStructure of dengue virus EDIII in complex with Fab 2D73
要素
  • ENVELOPE PROTEIN
  • FAB 2D73 HEAVY CHAIN
  • FAB 2D73 LIGHT CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN COMPLEX / IMMUNE SYSTEM / ANTIBODY / IMMUNOGLOBULIN / FUSION LOOP / VIRION
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #350 / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains ...Immunoglobulin-like - #350 / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種DENGUE VIRUS 4 (デング熱ウイルス)
MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Li, J. / Watterson, D. / Chang, C.W. / Li, X.Q. / Ericsson, D.J. / Qiu, L.W. / Cai, J.P. / Chen, J. / Fry, S.R. / Cooper, M.A. ...Li, J. / Watterson, D. / Chang, C.W. / Li, X.Q. / Ericsson, D.J. / Qiu, L.W. / Cai, J.P. / Chen, J. / Fry, S.R. / Cooper, M.A. / Che, X.Y. / Young, P.R. / Kobe, B.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of Dengue Virus Ediii in Complex with Fab 2D73
著者: Li, J. / Watterson, D. / Chang, C.W. / Li, X.Q. / Ericsson, D.J. / Qiu, L.W. / Cai, J.P. / Chen, J. / Fry, S.R. / Cooper, M.A. / Che, X.Y. / Young, P.R. / Kobe, B.
履歴
登録2013年7月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENVELOPE PROTEIN
H: FAB 2D73 HEAVY CHAIN
L: FAB 2D73 LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,53418
ポリマ－58,8613
非ポリマー67315
水1,856103
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6370 Å2
ΔGint-27.3 kcal/mol
Surface area29280 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)108.655, 108.655, 108.564
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 ENVELOPE PROTEIN


分子量: 11284.909 Da / 分子数: 1 / 断片: DOMAIN 3, RESIDUES 301-394 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DENGUE VIRUS 4 (デング熱ウイルス)
発現宿主: KOMAGATAELLA PASTORIS GS115 (菌類) / 参照: UniProt: Q7TGC7

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体 FAB 2D73 HEAVY CHAIN


分子量: 24015.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 株: BALB/C
#3: 抗体 FAB 2D73 LIGHT CHAIN


分子量: 23560.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 株: BALB/C

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非ポリマー , 5種, 118分子

#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.2 M SODIUM ACETATE PH 5.0, 23% (W/V) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.953693
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953693 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→48.59 Å / Num. obs: 42571 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 19.7 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 16.59
反射 シェル解像度: 2.03→2.1 Å / 冗長度: 15.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.03 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2R29

2r29


解像度: 2.03→48.592 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.85 / 位相誤差: 23.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2247 2148 5.1 %
Rwork0.2052 --
obs0.2062 42567 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 69.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→48.592 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4084 0 36 103 4223
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0154236
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.75727
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.8611530
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044632
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002723
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.03-2.07720.33161470.30422651X-RAY DIFFRACTION100
2.0772-2.12920.30011440.27732657X-RAY DIFFRACTION100
2.1292-2.18670.27561380.24342647X-RAY DIFFRACTION100
2.1867-2.25110.2711520.24712648X-RAY DIFFRACTION100
2.2511-2.32370.29051350.23382654X-RAY DIFFRACTION100
2.3237-2.40680.23271390.22122658X-RAY DIFFRACTION100
2.4068-2.50320.24161490.21842643X-RAY DIFFRACTION100
2.5032-2.61710.24921160.22352687X-RAY DIFFRACTION100
2.6171-2.7550.28931310.23062697X-RAY DIFFRACTION100
2.755-2.92760.26721520.22782696X-RAY DIFFRACTION100
2.9276-3.15360.26011380.22432690X-RAY DIFFRACTION100
3.1536-3.47090.22381550.20772696X-RAY DIFFRACTION100
3.4709-3.9730.20531480.18912718X-RAY DIFFRACTION100
3.973-5.00470.18751650.1612745X-RAY DIFFRACTION100
5.0047-48.60590.19671390.20322932X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.8174-2.20520.55554.3669-0.87343.56450.0691-0.7166-0.62910.1933-0.1458-0.15890.59820.55180.03490.36190.03120.01640.40470.08510.273818.937621.615-12.7626
25.5075-1.29710.35478.6017-0.92560.66120.168-1.1134-0.08981.4757-0.4311-0.03460.0711.50220.27720.7891-0.03210.02881.91490.20730.560254.219724.5795-9.5896
33.80412.0825-0.42523.5984-0.42532.88910.1362-0.14870.4330.1009-0.03010.0057-0.15780.3363-0.08030.24870.01910.06340.3268-0.01260.291522.58838.6436-25.1449
43.8976-1.3422-0.30620.8817-0.99151.8206-0.1195-0.8771-0.18570.0277-0.0178-0.35220.37241.14430.15220.45870.1178-0.07231.20110.06730.645655.35528.1573-25.0634
52.0237-0.0225-0.29375.472-0.81231.982-0.0501-0.8902-0.3795-0.3821-0.1271-0.40350.44060.75020.17320.46750.0819-0.06261.17370.16050.66958.040525.5073-26.1466
62.20785.27768.81255.64155.02067.77670.17970.9715-0.1037-0.390.19780.1637-0.3081.0784-0.34920.3991-0.0410.07740.51820.01120.3468-7.47617.7462-36.0457
74.43531.80741.3664.28443.29837.42580.07730.13830.03750.07460.04680.14390.2253-0.2608-0.13080.2052-0.04140.03950.23110.02310.2496-1.125826.1695-27.088
89.81298.0417-7.17542.0762-8.96819.9745-0.33360.66540.6142-0.30420.64050.55760.2751-0.4053-0.39920.3762-0.0469-0.01240.3056-0.04130.4283-13.58822.5181-16.7981
97.1312-6.1819-4.52156.7346.347.8970.0189-0.0613-0.0565-0.90490.48230.0934-0.25890.3718-0.43170.4874-0.13880.08420.37080.00720.4258-4.522825.1492-34.7777
106.0199-0.9253-1.16140.5012-1.25917.64640.2347-0.10730.1581-0.01970.20990.01930.0806-0.1824-0.40820.1972-0.04140.02970.2259-0.00420.3343-5.517825.9428-18.1657
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN H AND (RESID 1 THROUGH 127 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN H AND (RESID 128 THROUGH 221 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN L AND (RESID 1 THROUGH 101 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN L AND (RESID 102 THROUGH 155 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN L AND (RESID 156 THROUGH 212 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESID 296 THROUGH 308 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND (RESID 309 THROUGH 336 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN A AND (RESID 337 THROUGH 350 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN A AND (RESID 351 THROUGH 363 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN A AND (RESID 364 THROUGH 396 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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