[日本語] English
万見
- PDB-4by2: SAS-4 (dCPAP) TCP domain in complex with a Proline Rich Motif of ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4by2
タイトルSAS-4 (dCPAP) TCP domain in complex with a Proline Rich Motif of Ana2 (dSTIL) of Drosophila Melanogaster
要素ANASTRAL SPINDLE 2, SAS 4
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / CPAP / STIL / MICROCEPHALY / MCPH / CENTRIOLE / TCP DOMAIN / EXTENDED BETA SHEET
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to pericentriolar material / ciliary basal body organization / centriole elongation / syncytial blastoderm mitotic cell cycle / centriole assembly / centriole-centriole cohesion / asymmetric cell division / centrosome separation / microtubule anchoring at centrosome / asymmetric neuroblast division ...protein localization to pericentriolar material / ciliary basal body organization / centriole elongation / syncytial blastoderm mitotic cell cycle / centriole assembly / centriole-centriole cohesion / asymmetric cell division / centrosome separation / microtubule anchoring at centrosome / asymmetric neuroblast division / male meiotic nuclear division / locomotion / centrosome cycle / pericentriolar material / centriole replication / microtubule polymerization / establishment of mitotic spindle orientation / cilium assembly / centriole / tubulin binding / molecular adaptor activity / ciliary basal body / centrosome / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
lipopolysaccharide transport protein A fold - #20 / T-complex protein 10, C-terminal domain / T-complex protein 10 family / T-complex protein 10 C-terminus / lipopolysaccharide transport protein A fold / : / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Spindle assembly abnormal 4 / Anastral spindle 2, isoform A
類似検索 - 構成要素
生物種DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.57 Å
データ登録者Cottee, M.A. / Muschalik, N. / Wong, Y.L. / Johnson, C.M. / Johnson, S. / Andreeva, A. / Oegema, K. / Lea, S.M. / Raff, J.W. / van Breugel, M.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2013
タイトル: Crystal structures of the CPAP/STIL complex reveal its role in centriole assembly and human microcephaly.
著者: Cottee, M.A. / Muschalik, N. / Wong, Y.L. / Johnson, C.M. / Johnson, S. / Andreeva, A. / Oegema, K. / Lea, S.M. / Raff, J.W. / van Breugel, M.
履歴
登録2013年7月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月2日Group: Database references
改定 1.22017年3月15日Group: Source and taxonomy
改定 1.32017年12月20日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.42018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title
改定 1.52019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.62024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ANASTRAL SPINDLE 2, SAS 4
B: ANASTRAL SPINDLE 2, SAS 4
C: ANASTRAL SPINDLE 2, SAS 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,8804
ポリマ－85,8183
非ポリマー621
水1,17165
1
A: ANASTRAL SPINDLE 2, SAS 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6061
ポリマ－28,6061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ANASTRAL SPINDLE 2, SAS 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6682
ポリマ－28,6061
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: ANASTRAL SPINDLE 2, SAS 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6061
ポリマ－28,6061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.640, 69.910, 69.980
Angle α, β, γ (deg.)86.96, 88.64, 67.69
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.92953, 0.10599, 0.35317), (-0.3563, 0.01155, 0.9343), (0.09495, -0.9943, 0.04849)13.08102, -27.73312, 15.23109
2given(0.95548, 0.2863, -0.07136), (0.28583, -0.95813, -0.01704), (-0.07325, -0.00411, -0.99731)28.24953, -28.00523, 17.41055

-
要素

#1: タンパク質 ANASTRAL SPINDLE 2, SAS 4 / ANA2_1-47 FUSED TO SAS-4_700-901


分子量: 28606.064 Da / 分子数: 3
断片: PROLINE-RICH-MOTIF RESIDUES 2-47 BOUND TO TCP DOMAIN, RESIDUES 700-901
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
解説: CODON-OPTIMISED SEQUENCE BASED ON UNIPROT ENTRIES Q9XZ31 (ANA2) AND Q9VI72 (SAS-4)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI B (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / Variant (発現宿主): (DE3) / 参照: UniProt: Q9XZ31, UniProt: Q9VI72
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.25 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 MM MES/IMIDAZOLE MIX PH 6.5, 30 MM MGCL2, 30 MM CACL2, 20 % ETHYLENE GLYCOL, 10 % PEG LIQUOR, IN A 0.2UL SITTING DROP.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.57→64.6 Å / Num. obs: 31911 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 71.41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 2.57→8.9 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.4精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.57→64.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8539 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.836 / SU R Cruickshank DPI: 0.307 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.287 / SU Rfree Blow DPI: 0.226 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.237
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2631 1611 5.05 %RANDOM
Rwork0.2451 ---
obs0.246 31908 97.57 %-
原子変位パラメータBiso mean: 70.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--40.2592 Å24.0959 Å28.5473 Å2
2--17.7741 Å2-2.7126 Å2
3---22.4851 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.474 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.57→64.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3790 0 4 65 3859
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0073878HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.95240HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1383SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes118HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes542HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3878HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.71
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.36
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion500SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3768SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.57→2.65 Å / Total num. of bins used: 16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3599 149 5.07 %
Rwork0.3212 2790 -
all0.3232 2939 -
obs--97.57 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る