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- PDB-4bxt: Crystal structure of the human metapneumovirus phosphoprotein tet... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bxt
タイトルCrystal structure of the human metapneumovirus phosphoprotein tetramerization domain
要素PHOSPHOPROTEIN P
キーワードVIRAL PROTEIN / TETRAMERIC PARALLEL COILED COIL
機能・相同性Phosphoprotein, pneumoviral / Pneumovirus phosphoprotein / virion component / host cell cytoplasm / RNA-directed RNA polymerase activity / Phosphoprotein
機能・相同性情報
生物種HUMAN METAPNEUMOVIRUS (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.13 Å
データ登録者Leyrat, C. / Renner, M. / Harlos, K. / Grimes, J.M.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Solution and Crystallographic Structures of the Central Region of the Phosphoprotein from Human Metapneumovirus
著者: Leyrat, C. / Renner, M. / Harlos, K. / Grimes, J.M.
履歴
登録2013年7月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月27日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHOPROTEIN P
B: PHOSPHOPROTEIN P
C: PHOSPHOPROTEIN P
D: PHOSPHOPROTEIN P
E: PHOSPHOPROTEIN P
F: PHOSPHOPROTEIN P
G: PHOSPHOPROTEIN P
H: PHOSPHOPROTEIN P


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,1848
ポリマ－70,1848
非ポリマー00
水00
1
E: PHOSPHOPROTEIN P
F: PHOSPHOPROTEIN P
G: PHOSPHOPROTEIN P
H: PHOSPHOPROTEIN P


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0924
ポリマ－35,0924
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4700 Å2
ΔGint-48.8 kcal/mol
Surface area5820 Å2
手法PISA
2
A: PHOSPHOPROTEIN P
B: PHOSPHOPROTEIN P
C: PHOSPHOPROTEIN P
D: PHOSPHOPROTEIN P


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0924
ポリマ－35,0924
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4530 Å2
ΔGint-46.4 kcal/mol
Surface area6010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.910, 48.520, 64.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.941234, 0.205036, -0.2684), (-0.169881, -0.399439, -0.900882), (-0.291923, 0.893537, -0.341134)
ベクター: -15.714, 11.369, -20.036)

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要素

#1: タンパク質
PHOSPHOPROTEIN P


分子量: 8773.052 Da / 分子数: 8 / 断片: TETRAMERIZATION DOMAIN, RESIDUES 158-237 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HUMAN METAPNEUMOVIRUS (ウイルス) / 株: SEROTYPE A1 (NL/1/00) / プラスミド: POPINF / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA2 / 参照: UniProt: Q91KZ5

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.7 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 25 % PEG 3350, 100 MM HEPES PH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.92001
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月22日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92001 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.13→66.91 Å / Num. obs: 3602 / % possible obs: 90.3 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 10.5 % / Biso Wilson estimate: 77.44 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.35 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 3.13→3.21 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 1.35 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 57.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.2精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: SAXS-FILTERED ROSETTA FOLD-AND-DOCK AB INITIO MODEL

解像度: 3.13→46.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8587 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.7759 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.542
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2523 153 4.28 %RANDOM
Rwork0.2353 ---
obs0.236 3577 89.56 %-
原子変位パラメータBiso mean: 53.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-24.8674 Å20 Å20 Å2
2---25.6698 Å20 Å2
3---0.8024 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.706 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.13→46.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1560 0 0 0 1560
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011552HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.292065HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d625SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes36HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes207HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1552HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.06
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion26.79
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion223SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1867SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.13→3.5 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2421 29 4.01 %
Rwork0.25 695 -
all0.2497 724 -
obs--89.56 %
精密化 TLS

S11: 0 Å ° / S12: 0 Å ° / S13: 0 Å ° / S21: 0 Å ° / S22: 0 Å ° / S23: 0 Å ° / S31: 0 Å ° / S32: 0 Å ° / S33: 0 Å ° / T11: 0 Å2 / T12: 0 Å2 / T13: 0 Å2 / T22: 0 Å2 / T23: 0 Å2 / T33: 0 Å2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10-0.00010.00010.0001-0.00010-11.80333.082-15.3438
20-0.00010.0002000.0001-13.73649.1776-8.8444
30.0001-0.00010000-21.998813.646-14.6572
40.0002-0.00010.00030.00030.00010.0002-20.07686.1739-20.1622
50.00020.00010.00010.0001-0.00010-1.549811.0252-2.2023
60.00020.00020.0003000-8.15854.4436-0.9805
70000.0001-0.00010.0001-2.72020.3146.0718
80.000100.0002000.00013.34168.34725.3746
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN E
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN F
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN G
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN H

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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