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万見
- PDB-4bxd: CRYSTAL STRUCTURE OF AMPDH3 FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA IN COMPLE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bxd
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF AMPDH3 FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA IN COMPLEX WITH TETRASACCHARIDE PENTAPEPTIDE
要素
  • AMPDH3
  • PEPTIDE
キーワードHYDROLASE/PEPTIDE / HYDROLASE-PEPTIDE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Gram-negative-bacterium-type cell wall / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / peptidoglycan turnover / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / outer membrane / peptidoglycan catabolic process / cell wall organization / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 1 / PGBD-like superfamily/PGBD / : / PGBD superfamily / Lysozyme-like / Peptidoglycan recognition protein-like / Ami_2 / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase domain / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase/PGRP domain superfamily ...Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 1 / PGBD-like superfamily/PGBD / : / PGBD superfamily / Lysozyme-like / Peptidoglycan recognition protein-like / Ami_2 / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase domain / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase/PGRP domain superfamily / PGBD-like superfamily / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS AERUGINOSA PAO1 (緑膿菌)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Artola-Recolons, C. / Hermoso, J.A.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2013
タイトル: Cell-Wall Remodeling by the Zinc-Protease Ampdh3 from Pseudomonas Aeruginosa.
著者: Lee, M. / Artola-Recolons, C. / Carrasco-Lopez, C. / Martinez-Caballero, S. / Hesek, D. / Spink, E. / Lastochkin, E. / Zhang, W. / Hellman, L.M. / Boggess, B. / Hermoso, J.A. / Mobashery, S.
履歴
登録2013年7月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月16日Group: Atomic model / Other
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AMPDH3
B: AMPDH3
C: PEPTIDE
D: PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,8518
ポリマ－58,4374
非ポリマー1,4144
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10760 Å2
ΔGint-8.8 kcal/mol
Surface area25680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.186, 101.186, 162.261
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 AMPDH3


分子量: 28756.244 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA PAO1 (緑膿菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I5D1
#2: タンパク質・ペプチド PEPTIDE


分子量: 462.474 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-methyl 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranoside


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 641.620 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAc[1Me]b1-OMEGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_1*OC_2*NCC/3=O][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-2-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][methyl]{[(1+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 10

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.38 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97166
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97166 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→48.3 Å / Num. obs: 15988 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.8 % / Biso Wilson estimate: 46.43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 21.8
反射 シェル解像度: 3.1→3.27 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 7.6 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIXモデル構築
SCALAデータスケーリング
iMOSFLM位相決定
SCALA位相決定
MOLREP位相決定
PHENIX位相決定
PHENIX精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AMPDH3-NATIVE

解像度: 3.1→48.3 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2772 759 5 %
Rwork0.2235 --
obs0.2262 15149 95.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→48.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4136 0 90 38 4264
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0234335
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.8995904
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6621532
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09636
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007769
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.33930.36731340.35582689X-RAY DIFFRACTION91
3.3393-3.67530.37631610.27842724X-RAY DIFFRACTION93
3.6753-4.20680.28261410.21392876X-RAY DIFFRACTION96
4.2068-5.29910.20711640.17612949X-RAY DIFFRACTION98
5.2991-48.30550.2381590.1863152X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0961-0.10060.29111.6035-1.54852.5689-0.0458-0.244-0.2226-0.06990.0718-0.1661-0.0404-0.1001-0.05680.19230.0602-0.01350.18380.01240.34158.7835-19.609845.6659
20.82020.50371.46690.70260.6662.8233-0.1923-0.15680.80690.0087-0.3268-0.0588-0.0854-0.4150.33730.13370.20920.11670.30610.09060.58666.9151-22.362341.667
32.30032.3913-0.18262.6523-0.18893.66740.1011-0.1691-0.37940.0307-0.0297-0.41390.4495-0.1545-0.11450.20980.0539-0.03050.34770.04940.39162.3713-29.233550.8458
42.83071.3795-0.60032.43660.04851.15850.1399-0.32520.07440.08710.11590.19880.0439-0.4956-0.20220.14510.02370.05840.40920.06080.3432-10.0263-28.230254.4927
57.13494.22162.28675.32761.51176.091-0.14740.42730.0127-0.27230.1373-0.08340.49650.0819-0.12290.20080.05190.0710.18810.03250.255-16.0857-36.697745.3577
68.1536-1.47590.13676.25734.93474.1133-0.0374-0.8538-0.25250.59110.04840.32840.0888-0.355-0.04870.24770.02130.06010.49110.13720.2305-16.0355-34.181154.5221
70.7082-0.35870.45911.485-0.7452.0611-0.03830.04250.2916-0.1158-0.1176-0.1029-0.2482-0.23160.13450.22760.02990.02780.27370.05970.4131-0.7762-4.214831.893
82.35591.19610.40163.19221.34153.0084-0.06620.26850.0441-0.5665-0.01020.4459-0.2217-0.6070.05440.30740.1107-0.07320.35820.06130.3028-5.2135-15.124513.8034
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 1 THROUGH 66 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 67 THROUGH 84 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 85 THROUGH 132 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 133 THROUGH 189 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESID 190 THROUGH 229 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESID 230 THROUGH 255 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESID 1 THROUGH 84 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND (RESID 85 THROUGH 255 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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