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- PDB-4bwr: Crystal structure of c5321: a protective antigen present in uropa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bwr
タイトルCrystal structure of c5321: a protective antigen present in uropathogenic Escherichia coli strains displaying an SLR fold
要素PROTEIN CORRESPONDING TO LOCUS C5321 FROM CFT073 E.COLI STRAIN
キーワードUNKNOWN FUNCTION / SEL1-LIKE REPEAT / SUPER-HELICAL FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


: / IgA binding / negative regulation of immune response / negative regulation of neutrophil activation / cell surface / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Sel1 repeat / Sel1-like repeat / Sel1-like repeats. / Tetratricopeptide repeat domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Secretory immunoglobulin A-binding protein EsiB / Secretory immunoglobulin A-binding protein EsiB
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Urosev, D. / Ferrer-Navarro, M. / Pastorello, I. / Cartocci, E. / Costenaro, L. / Zhulenkovs, D. / Marechal, J.-D. / Leonchiks, A. / Reverter, D. / Serino, L. ...Urosev, D. / Ferrer-Navarro, M. / Pastorello, I. / Cartocci, E. / Costenaro, L. / Zhulenkovs, D. / Marechal, J.-D. / Leonchiks, A. / Reverter, D. / Serino, L. / Soriani, M. / Daura, X.
引用ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2013
タイトル: Crystal Structure of C5321: A Protective Antigen Present in Uropathogenic Escherichia Coli Strains Displaying an Slr Fold.
著者: Urosev, D. / Ferrer-Navarro, M. / Pastorello, I. / Cartocci, E. / Costenaro, L. / Zhulenkovs, D. / Marechal, J. / Leonchiks, A. / Reverter, D. / Serino, L. / Soriani, M. / Daura, X.
履歴
登録2013年7月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2013年7月24日ID: 2XM6
改定 1.02013年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月23日Group: Database references
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN CORRESPONDING TO LOCUS C5321 FROM CFT073 E.COLI STRAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,90333
ポリマ－53,0071
非ポリマー1,89532
水8,395466
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.940, 58.520, 88.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.82, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN CORRESPONDING TO LOCUS C5321 FROM CFT073 E.COLI STRAIN


分子量: 53007.336 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 24-490 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PROTEIN CONTAINING SEL1-LIKE REPEATS / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: CFT073 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI B (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q8FAG2, UniProt: A0A0H2VDN9*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 466 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.8 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5
詳細: 20% PEG3350, 100 MM TRIS-HCL PH 8.5, AND 200 MM MGCL2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9791 , 0.9794
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月20日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: DOUBLE-CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97911
20.97941
反射解像度: 1.74→37.91 Å / Num. obs: 49642 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 17.06 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 1.74→1.83 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.74→36.891 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.13 / 位相誤差: 17.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1919 4928 5.1 %
Rwork0.1551 --
obs0.1569 49623 99.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 17.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.74→36.891 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3706 0 119 466 4291
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064071
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8845462
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4631554
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05536
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003721
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.74-1.75980.25421650.25413059X-RAY DIFFRACTION99
1.7598-1.78050.28181660.22792987X-RAY DIFFRACTION99
1.7805-1.80220.2561650.21953065X-RAY DIFFRACTION99
1.8022-1.8250.23121750.22443103X-RAY DIFFRACTION99
1.825-1.8490.25851400.21293038X-RAY DIFFRACTION99
1.849-1.87440.28171490.21373122X-RAY DIFFRACTION99
1.8744-1.90110.23051860.20333042X-RAY DIFFRACTION99
1.9011-1.92950.21381860.19983005X-RAY DIFFRACTION99
1.9295-1.95970.22811810.18383161X-RAY DIFFRACTION99
1.9597-1.99180.2171710.17632961X-RAY DIFFRACTION99
1.9918-2.02610.21241600.16723090X-RAY DIFFRACTION99
2.0261-2.0630.21691730.15723046X-RAY DIFFRACTION99
2.063-2.10260.22351590.14633042X-RAY DIFFRACTION99
2.1026-2.14560.17841470.13843132X-RAY DIFFRACTION100
2.1456-2.19220.19611850.13973085X-RAY DIFFRACTION100
2.1922-2.24320.2061710.13843089X-RAY DIFFRACTION100
2.2432-2.29930.16361540.13113053X-RAY DIFFRACTION99
2.2993-2.36140.19031270.13183102X-RAY DIFFRACTION99
2.3614-2.43090.18321640.13283080X-RAY DIFFRACTION99
2.4309-2.50940.18161820.13323020X-RAY DIFFRACTION100
2.5094-2.5990.20641670.13673112X-RAY DIFFRACTION100
2.599-2.70310.19541660.13313072X-RAY DIFFRACTION99
2.7031-2.8260.16891750.13943086X-RAY DIFFRACTION100
2.826-2.9750.20941850.15013000X-RAY DIFFRACTION99
2.975-3.16130.18351350.14623134X-RAY DIFFRACTION100
3.1613-3.40520.17081660.14313099X-RAY DIFFRACTION100
3.4052-3.74760.16971340.1433061X-RAY DIFFRACTION99
3.7476-4.28920.14871790.13493041X-RAY DIFFRACTION98
4.2892-5.40120.16511940.15243017X-RAY DIFFRACTION98
5.4012-36.89920.20651210.19313106X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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