PDB-4bwq: Crystal structure of U5-15kD in a complex with PQBP1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4bwq

タイトル

Crystal structure of U5-15kD in a complex with PQBP1

要素

POLYGLUTAMINE-BINDING PROTEIN 1
THIOREDOXIN-LIKE PROTEIN 4A

キーワード

TRANSCRIPTION / NEURODEGENERATIVE DISORDERS

機能・相同性

機能・相同性情報

neuronal ribonucleoprotein granule / alternative mRNA splicing, via spliceosome / RNA splicing, via transesterification reactions / U2-type precatalytic spliceosome / regulation of dendrite morphogenesis / cellular response to exogenous dsRNA / regulation of RNA splicing / mRNA Splicing - Minor Pathway / spliceosomal complex assembly / U5 snRNP ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Mizuguchi, M. / Obita, T. / Serita, T. / Kojima, R. / Morimoto, T. / Nabeshima, Y. / Okazawa, H.

引用

ジャーナル: Nat.Commun. / 年: 2014
タイトル: Mutations in the Pqbp1 Gene Prevent its Interaction with the Spliceosomal Protein U5-15Kd.
著者: Mizuguchi, M. / Obita, T. / Serita, T. / Kojima, R. / Nabeshima, Y. / Okazawa, H.

履歴

登録	2013年7月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年4月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年5月14日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4bwq.cif.gz	267.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4bwq.ent.gz	219.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4bwq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/4bwq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/4bwq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4bwsC 4cdoC 1qgvS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4umd-d 3dku-8 455 6gkl-4 5qpb-d 6ylr-1 3b5e-2 4ume-d 4nfx-5 3ici-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (4) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #65 - 2005年5月自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: THIOREDOXIN-LIKE PROTEIN 4A

B: POLYGLUTAMINE-BINDING PROTEIN 1

C: THIOREDOXIN-LIKE PROTEIN 4A

D: POLYGLUTAMINE-BINDING PROTEIN 1

E: THIOREDOXIN-LIKE PROTEIN 4A

F: POLYGLUTAMINE-BINDING PROTEIN 1

G: THIOREDOXIN-LIKE PROTEIN 4A

H: POLYGLUTAMINE-BINDING PROTEIN 1

85.4 kDa, 8 ポリマー
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1

E: THIOREDOXIN-LIKE PROTEIN 4A

F: POLYGLUTAMINE-BINDING PROTEIN 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.3 kDa, 2 ポリマー
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2

G: THIOREDOXIN-LIKE PROTEIN 4A

H: POLYGLUTAMINE-BINDING PROTEIN 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.3 kDa, 2 ポリマー
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3

C: THIOREDOXIN-LIKE PROTEIN 4A

D: POLYGLUTAMINE-BINDING PROTEIN 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.3 kDa, 2 ポリマー
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4

A: THIOREDOXIN-LIKE PROTEIN 4A

B: POLYGLUTAMINE-BINDING PROTEIN 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	77.220, 40.040, 118.770
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.45, 90.00
Int Tables number	3
Space group name H-M	P121

#1: タンパク質	THIOREDOXIN-LIKE PROTEIN 4A / DIM1 PROTEIN HOMOLOG / SPLICEOSOMAL U5 SNRNP-SPECIFIC 15 KDA PROTEIN / THIOREDOXIN-LIKE U5 SNRNP ...DIM1 PROTEIN HOMOLOG / SPLICEOSOMAL U5 SNRNP-SPECIFIC 15 KDA PROTEIN / THIOREDOXIN-LIKE U5 SNRNP PROTEIN U5-15KD / U5-15KD 分子量: 16743.229 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 4-137 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P83876
#2: タンパク質・ペプチド	POLYGLUTAMINE-BINDING PROTEIN 1 / PQBP-1 / 38 KDA NUCLEAR PROTEIN CONTAINING A WW DOMAIN / NPW38 / POLYGLUTAMINE TRACT-BINDING ...PQBP-1 / 38 KDA NUCLEAR PROTEIN CONTAINING A WW DOMAIN / NPW38 / POLYGLUTAMINE TRACT-BINDING PROTEIN 1 / PQBP-1 分子量: 4606.055 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 223-265 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: O60828
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 42 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1
検出器	タイプ: MARRSEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→39.52 Å / Num. obs: 42475 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 24.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 8.5
反射シェル	解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QGV

1qgv

解像度: 2.1→38.54 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.82 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.252	2152	5.1 %
R_work	0.1859	-	-
obs	0.1893	42472	98.69 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→38.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5174	0	0	263	5437

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	5298
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.013	7169
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.662	1993
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	766
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	929

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1001-2.1489	0.2947	134	0.24	2578	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1489-2.2027	0.3153	142	0.219	2650	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2027-2.2622	0.2634	127	0.207	2577	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2622-2.3288	0.2591	144	0.1998	2696	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3288-2.4039	0.3237	152	0.2044	2616	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4039-2.4898	0.2636	151	0.1982	2674	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4898-2.5895	0.2937	122	0.1885	2669	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5895-2.7073	0.2679	141	0.1976	2682	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7073-2.85	0.2723	127	0.1941	2719	X-RAY DIFFRACTION	99
2.85-3.0285	0.254	172	0.196	2649	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0285-3.2622	0.236	166	0.1927	2694	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2622-3.5903	0.2445	148	0.1857	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5903-4.1093	0.2532	134	0.1694	2736	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1093-5.1753	0.1978	138	0.159	2777	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1753-38.5465	0.237	154	0.1711	2871	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0739	0.0489	-0.0829	0.0358	-0.0601	0.1119	0.0351	-0.0497	-0.0555	-0.0263	-0.0974	0.067	-0.0011	0.0154	-0.0086	0.0812	0.001	-0.0194	0.0446	-0.0162	0.1117	37.3729	-14.464	38.9131
2	0.0125	0.0248	0.0114	0.0839	0.0015	0.0144	-0.0053	0.0077	-0.017	-0.0375	0.0043	-0.0303	0.0142	0.008	0.0129	0.0232	0.0154	0.0009	0.0805	-0.0107	0.0283	31.8385	-9.1181	35.39
3	0.0223	-0.0284	-0.0092	0.0567	-0.0045	0.0251	-0.0009	-0.0137	-0.0898	-0.0661	0.0263	0.0655	0.0314	-0.0556	0.0031	0.1235	-0.0894	-0.0355	0.1937	0.0016	0.1188	22.3461	-10.2237	30.9394
4	0.0148	0.0066	0.0096	0.0073	0.005	0.011	-0.0054	0.0414	-0.0498	-0.0133	-0.0044	0.0099	-0.0118	0.0214	0.0001	0.0789	0.0128	0.0061	0.0785	-0.0002	0.043	32.4138	-12.141	30.7145
5	0.0056	0.0003	0.003	0.0511	-0.0296	0.0191	-0.0224	0.0243	0.1023	-0.0094	0.0327	0.0173	-0.0516	-0.022	0.016	0.1086	0.0793	-0.0394	0.0336	-0.0012	0.0549	33.4044	-2.6318	42.0001
6	0.0168	0.0209	-0.0041	0.0372	-0.0013	0.011	-0.0211	0.03	0.0244	-0.0546	0.0215	0.0251	-0.0154	0.0206	-0.0248	0.0702	-0.0438	-0.0595	0.0329	0.0557	0.178	39.6546	0.8248	29.9816
7	0.0055	0.0031	0.006	0.006	0.0056	0.0074	-0.0265	0.0175	0.0093	0.0354	0.0052	0.0105	-0.0371	-0.0355	-0.0437	0.1889	0.1262	-0.0582	0.0497	0.0382	0.2275	25.9117	3.5965	32.021
8	0.0074	0.0126	0.0035	0.016	0.0046	0.0096	-0.0048	0.0484	0.0316	-0.0703	-0.0825	0.0264	0.0428	0.0007	-0.0002	0.162	0.0102	-0.0033	0.1498	0.0166	0.0969	31.7911	-3.0001	21.6168
9	0.0056	0.0022	-0.0057	0.0016	-0.0034	0.0106	0.0214	0.021	0.0049	0.0002	0.0011	0.0434	-0.0369	-0.0327	0.0128	0.3293	0.0351	-0.0991	0.2119	0.1185	0.2725	30.8789	6.2954	24.3342
10	0.0395	-0.0527	0.0381	0.0642	-0.045	0.0504	0.0012	0.001	-0.0095	0.0236	-0.0026	0.0136	-0.0631	-0.0085	-0.0147	0.3459	-0.0572	-0.0449	-0.0297	0.0399	0.0883	40.1115	10.4627	35.947
11	0.0559	-0.0293	-0.0006	0.0923	0.0163	0.0038	0.0007	-0.0278	0.0733	0.1357	-0.0177	-0.068	-0.0046	0.0258	0.0039	0.1004	-0.0175	-0.0346	0.0327	0.0355	0.1067	47.0212	-3.548	48.7543
12	0.0492	-0.0145	0.0306	0.0107	0.0021	0.0433	0.0249	-0.0223	-0.0801	0.0302	0.018	-0.0874	0.0417	0.0144	0.0244	0.0324	-0.0029	-0.0316	0.0509	-0.0312	0.1088	18.5597	-15.4485	7.7261
13	0.0753	-0.0639	0.0243	0.0564	-0.0206	0.0083	0.0483	0.1011	-0.0161	-0.0677	0.056	0.0972	0.0215	-0.0841	0.0917	-0.1092	0.0218	-0.1505	0.139	-0.0207	0.0039	14.7258	-10.2338	-3.7447
14	0.0366	-0.0003	-0.0154	0.0165	-0.0054	0.0067	-0.0169	0.0829	-0.0565	-0.0674	0.0319	-0.0313	0.0584	-0.0544	0.0596	0.0799	-0.0274	0.0676	0.1956	-0.0643	0.0891	22.7736	-12.1643	-9.4612
15	0.0693	0.0597	0.0245	0.2224	0.1032	0.0773	0.0325	0.1323	-0.0024	-0.0438	0.0587	-0.0699	0.0176	-0.0268	0.1277	-0.4746	0.1186	-0.0055	0.0702	0.0175	0.055	15.0112	-7.3252	1.3491
16	0.1235	-0.039	-0.1019	0.0573	-0.0036	0.1124	0.0704	0.0085	0.0313	-0.0052	0.0525	-0.0201	-0.05	-0.0261	0.151	0.0698	-0.0828	0.0397	0.0228	0.0744	0.1373	24.901	-1.8446	8.0427
17	0.0295	-0.0083	0.0387	0.0038	-0.0131	0.0552	-0.0083	0.0663	0.0533	-0.0578	0.0144	0.0362	-0.0339	0.0593	0.0434	0.1622	-0.0282	0.0507	0.1109	0.0761	0.1658	21.8194	1.6261	-6.1602
18	0.0142	0.0029	0.0033	0.0074	0.0036	0.0077	-0.0132	0.0193	0.0095	0.0039	0.015	-0.0586	-0.0074	0.0547	-0.0172	-0.0772	0.0119	0.0967	0.3245	0.0061	0.1562	32.5974	-4.6501	-0.602
19	0.0035	0.0042	-0.0033	0.0052	0.0003	0.0049	0.0325	0.0758	-0.0052	-0.0447	-0.0302	-0.0178	0.0146	0.028	-0.0001	0.2793	-0.0729	0.0742	0.2415	0.0197	0.1972	29.6971	4.4629	-1.6952
20	0.0093	-0.0015	0.0094	0.0275	0.0084	0.0116	0.027	-0.02	0.0998	-0.0262	0.0224	-0.0419	-0.0829	0.0181	0.0313	0.1174	-0.0556	0.1083	0.0385	-0.0227	0.258	18.7096	8.5668	8.1902
21	0.0066	0.0077	0.007	0.0456	0.04	0.0377	-0.0187	-0.0611	-0.0183	0.104	0.0469	0.0631	-0.055	-0.0827	0.0362	0.1089	-0.0095	-0.0609	0.0233	0.2092	-0.0676	4.0424	-4.5452	16.9646
22	0.0161	0.0087	-0.0146	0.008	-0.0199	0.0529	0.0082	0.0107	0.01	-0.0097	-0.0144	0.0125	-0.0181	-0.0068	-0.0127	0.1169	0.134	-0.0398	-0.0422	0.0518	0.0357	-3.1547	-11.9743	19.89
23	-0.0018	-0.0009	0.0013	0.0014	0.002	0.0015	-0.0098	-0.1433	0.0015	0.1025	-0.0217	-0.0957	-0.0477	0.0511	-0.0003	0.1562	0.013	-0.0201	0.0779	0.0018	0.0525	8.2534	-15.7922	24.3067
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25	0.0013	-0.0049	0.0011	0.0462	-0.0269	0.0178	-0.0088	0.0082	0.0934	0.039	0.1729	0.0587	-0.036	-0.0405	0.0014	0.224	0.1118	0.095	0.3597	0.0589	0.2339	-11.5933	-17.6261	28.7862
26	0.1713	-0.1212	-0.0618	0.2398	-0.0209	0.2607	-0.1309	-0.0395	-0.0519	0.232	-0.0133	0.0135	0.0844	-0.0263	-0.1632	0.0821	-0.0065	0.005	0.0363	0.0064	0.0833	-1.2931	-22.8868	20.4913
27	0.1699	-0.0238	-0.0436	0.1196	0.022	0.0648	-0.0662	-0.018	-0.0659	0.0986	-0.03	0.0285	-0.0075	0.0624	-0.0624	0.2133	0.0225	0.0652	0.1584	0.0657	0.1143	5.5771	-29.1749	28.8734
28	0.0838	-0.0295	0.0212	0.1555	0.1822	0.257	-0.0463	-0.0874	-0.0775	-0.0061	-0.0386	0.0051	0.0594	-0.0915	-0.0227	0.2868	-0.0032	0.0952	0.1741	0.0717	0.2397	-8.431	-31.5319	27.4906
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32	0.0304	-0.0231	0.0049	0.0518	0.0161	0.0175	0.0105	0.0167	-0.0162	-0.0199	-0.0221	-0.0638	0.0174	0.02	-0.0163	0.1002	-0.0172	0.0229	0.01	-0.0023	0.1153	12.2938	-25.7829	8.3391
33	0.0289	-0.0001	-0.0236	0.1468	0.0097	0.0274	-0.0319	0.0264	0.0307	-0.0879	-0.045	0.0436	-0.0474	-0.0101	-0.1356	0.1123	-0.0026	-0.0162	-0.1384	0.0214	0.0243	19.458	-12.2716	66.1543
34	0.1125	0.031	0.0408	0.0259	-0.0054	0.0246	0.0319	-0.0277	0.0497	0.0218	0.0205	0.013	-0.0329	-0.0317	0.0397	-0.2158	0.0384	0.1742	0.0454	0.03	0.0064	16.3397	-17.241	60.0366
35	0.0058	0.0048	0.0025	0.0146	-0.006	0.0078	-0.0106	0.0521	0.0436	-0.0479	0.0269	0.0151	-0.0772	-0.0094	0.0445	0.1597	-0.0508	-0.1002	0.1472	0.0988	0.1279	14.5315	-17.0914	49.2064
36	0.0394	-0.0108	-0.0085	0.0325	0.0162	0.0273	0.0235	0.0177	0.018	-0.0073	0.0029	0.0546	-0.0588	-0.0367	-0.0727	0.0617	0.0834	0.0168	0.1624	0.112	0.0793	9.3797	-14.2294	59.5121
37	0.0255	0.0097	0.0199	0.0085	0.0075	0.0144	0.0107	0.0374	-0.0573	-0.0397	0.0259	0.0168	-0.0049	0.0789	0.0029	0.0809	-0.0165	0.007	0.0697	-0.0059	0.0573	28.2688	-21.3323	63.4458
38	0.1873	-0.0539	0.1102	0.1159	-0.1149	0.2759	0.1716	0.0245	-0.171	-0.0533	0.0555	0.0716	0.248	-0.0203	0.2253	0.1031	-0.0452	-0.059	0.0676	-0.0037	0.0774	15.2653	-27.8957	59.4056
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40	0.001	-0.0002	-0.0012	0.001	0.0005	0.0035	0.008	-0.0298	-0.0062	0.0138	0.0103	-0.0025	0.0049	-0.0084	-0.0001	0.3542	-0.055	-0.0961	0.4352	0.0934	0.2998	5.2053	-32.7232	66.3283
41	0.0038	-0.0019	-0.0012	0.0043	0.0003	0.0043	-0.0124	-0.0001	0.0114	0.0071	-0.0031	-0.0121	-0.0085	-0	-0	0.8104	0.0226	-0.1045	0.7079	0.0741	0.6461	6.0411	-33.9922	51.6785
42	0.0907	0.0025	-0.0184	0.0348	-0.0033	0.0137	-0.0202	-0.0093	-0.0864	0.0128	-0.0079	0.0243	0.0111	0.0012	-0.0641	0.1956	-0.0067	-0.112	0.0459	0.0187	0.2294	16.5348	-37.2766	68.0964
43	0.0282	-0.0022	-0.003	0.0602	-0.0055	-0.002	-0.0081	-0.0379	-0	0.058	0.0111	0.0218	0.0112	0.0475	0.0174	0.1355	-0.0401	0.079	-0.1968	-0.0275	0.0679	31.6687	-23.5734	76.2707

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 4 THROUGH 20 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 21 THROUGH 35 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 36 THROUGH 52 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESID 53 THROUGH 62 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESID 63 THROUGH 85 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESID 86 THROUGH 93 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESID 94 THROUGH 108 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN A AND (RESID 109 THROUGH 125 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN A AND (RESID 126 THROUGH 137 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESID 238 THROUGH 247 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN B AND (RESID 248 THROUGH 260 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN C AND (RESID 5 THROUGH 24 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN C AND (RESID 25 THROUGH 35 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN C AND (RESID 36 THROUGH 52 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN C AND (RESID 53 THROUGH 84 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN C AND (RESID 85 THROUGH 93 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN C AND (RESID 94 THROUGH 108 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN C AND (RESID 109 THROUGH 125 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	CHAIN C AND (RESID 126 THROUGH 137 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	CHAIN D AND (RESID 238 THROUGH 247 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	CHAIN D AND (RESID 248 THROUGH 263 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	CHAIN E AND (RESID 4 THROUGH 10 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	CHAIN E AND (RESID 11 THROUGH 24 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	CHAIN E AND (RESID 25 THROUGH 35 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	CHAIN E AND (RESID 36 THROUGH 52 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	CHAIN E AND (RESID 53 THROUGH 85 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	CHAIN E AND (RESID 86 THROUGH 93 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	CHAIN E AND (RESID 94 THROUGH 108 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	CHAIN E AND (RESID 109 THROUGH 124 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	CHAIN E AND (RESID 125 THROUGH 137 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	CHAIN F AND (RESID 238 THROUGH 247 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	CHAIN F AND (RESID 248 THROUGH 262 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	CHAIN G AND (RESID 4 THROUGH 20 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	CHAIN G AND (RESID 21 THROUGH 35 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	CHAIN G AND (RESID 36 THROUGH 48 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	CHAIN G AND (RESID 49 THROUGH 62 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	CHAIN G AND (RESID 63 THROUGH 72 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	CHAIN G AND (RESID 73 THROUGH 108 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	CHAIN G AND (RESID 109 THROUGH 125 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	CHAIN G AND (RESID 126 THROUGH 131 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	CHAIN G AND (RESID 132 THROUGH 137 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	CHAIN H AND (RESID 238 THROUGH 247 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	CHAIN H AND (RESID 248 THROUGH 263 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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