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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bwo
タイトルThe FedF adhesin from entrrotoxigenic Escherichia coli is a sulfate- binding lectin
要素F18 FIMBRIAL ADHESIN AC
キーワードCELL ADHESION / GLYCAN ARRAY / ENTEROTOXIGENIC
機能・相同性Jelly Rolls - #1210 / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta / BROMIDE ION / F18 fimbrial adhesin AC
機能・相同性情報
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Lonardi, E. / Moonens, K. / Buts, L. / de Boer, A.R. / Olsson, J.D.M. / Weiss, M.S. / Fabre, E. / Guerardel, Y. / Deelder, A.M. / Oscarson, S. ...Lonardi, E. / Moonens, K. / Buts, L. / de Boer, A.R. / Olsson, J.D.M. / Weiss, M.S. / Fabre, E. / Guerardel, Y. / Deelder, A.M. / Oscarson, S. / Wuhrer, M. / Bouckaert, J.
引用
ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2012
タイトル: Structural Insight in Histo-Blood Group Binding by the F18 Fimbrial Adhesin Fedf.
著者: Moonens, K. / Bouckaert, J. / Coddens, A. / Tran, T. / Panjikar, S. / De Kerpel, M. / Cox, E. / Remaut, H. / De Greve, H.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2006
タイトル: N-Terminal Truncation Enables Crystallization of the Receptor-Binding Domain of the Fedf Bacterial Adhesin.
著者: De Kerpel, M. / Van Molle, I. / Brys, L. / Wyns, L. / De Greve, H. / Bouckaert, J.
履歴
登録2013年7月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月28日Group: Database references
Remark 0THIS ENTRY 4BWO REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL STRUCTURAL DATA (R4B4PSF) ...THIS ENTRY 4BWO REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL STRUCTURAL DATA (R4B4PSF) DETERMINED BY AUTHORS OF THE PDB ENTRY 4B4P: K.MOONENS,J.BOUCKAERT,A.CODDENS,T.TRAN,S.PANJIKAR,M.DE KERPEL,E.COX, H.REMAUT,H.DE GREVE

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: F18 FIMBRIAL ADHESIN AC
B: F18 FIMBRIAL ADHESIN AC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,94918
ポリマ－32,6222
非ポリマー1,32716
水5,152286
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3680 Å2
ΔGint-51.6 kcal/mol
Surface area13030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.181, 74.382, 98.857
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 F18 FIMBRIAL ADHESIN AC / FEDF ADHESIN / FEDF


分子量: 16311.161 Da / 分子数: 2 / 断片: LECTIN DOMAIN, RESIDUES 35-185 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: 107/96 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: Q47212
#2: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細SULFATE ION (SO4): SULPHATE IONS BOUND OUTSIDE THE SUGAR BINDING SITE BROMIDE ION (BR): BROMINE TO ...SULFATE ION (SO4): SULPHATE IONS BOUND OUTSIDE THE SUGAR BINDING SITE BROMIDE ION (BR): BROMINE TO DETERMINE STRUCTURE USING MAD METHOD
配列の詳細FRAGMENT ENCOMPASSES RESIDUES 15-165 OF MATURE FEDF PROTEIN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.62 % / 解説: AUTHOR USED THE SF DATA FROM ENTRY 4B4P.
結晶化詳細: 0.17 M AMMONIUM SULFATE, 25.5% (W/V) PEG 4000 AND 15% (V/V) GLYCEROL

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / 波長: 1
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射Biso Wilson estimate: 18.14 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
Auto-RickshawSUITE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.8→19.108 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2114 1051 4.1 %
Rwork0.1613 --
obs0.1633 25477 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 1 Å2 / ksol: 1 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.108 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2172 0 28 286 2486
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082329
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2063188
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.976837
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054352
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006411
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.88190.28271280.21633001X-RAY DIFFRACTION100
1.8819-1.9810.23561150.18612997X-RAY DIFFRACTION100
1.981-2.1050.24991220.16953026X-RAY DIFFRACTION100
2.105-2.26730.22321310.15293024X-RAY DIFFRACTION100
2.2673-2.4950.21311310.16763019X-RAY DIFFRACTION100
2.495-2.8550.20721520.16483034X-RAY DIFFRACTION100
2.855-3.59310.19221290.14173104X-RAY DIFFRACTION100
3.5931-19.1090.19391430.15673221X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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