PDB-4bvl: Structure of 202-208 deletion mutant of PhaZ7 PHB depolymerase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4bvl

タイトル

Structure of 202-208 deletion mutant of PhaZ7 PHB depolymerase

要素

PHB DEPOLYMERASE PHAZ7

キーワード

HYDROLASE / CATALYTIC TRIAD / BIOPOLYMER BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

lipase activity / lipid catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

PAUCIMONAS LEMOIGNEI (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.002 Å

データ登録者

Hermawan, S. / Subedi, B. / Papageorgiou, A.C. / Jendrossek, D.

引用

ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2013
タイトル: Biochemical Analysis and Structure Determination of Paucimonas Lemoignei Poly(3-Hydroxybutyrate) (Phb) Depolymerase Phaz7 Muteins Reveal the Phb Binding Site and Details of Substrate-Enzyme Interactions.
著者: Jendrossek, D. / Hermawan, S. / Subedi, B. / Papageorgiou, A.C.

履歴

登録	2013年6月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年12月25日	Group: Database references
改定 1.2	2019年5月8日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.3	2019年7月17日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.4	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4bvl.cif.gz	291 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4bvl.ent.gz	236.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4bvl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4bvl_validation.pdf.gz	428.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4bvl_full_validation.pdf.gz	430.5 KB	表示
XML形式データ	4bvl_validation.xml.gz	63.1 KB	表示
CIF形式データ	4bvl_validation.cif.gz	99 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/4bvl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/4bvl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4brsSC 4btvC 4bvjC 4bvkC 4bymC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4b55-d 3wdy-2 3b35-d 7d1e-d 6rnv-d 4bpt-4 2vfc-1 4phs-d 6obq-2 4pfx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PHB DEPOLYMERASE PHAZ7

B: PHB DEPOLYMERASE PHAZ7

C: PHB DEPOLYMERASE PHAZ7

D: PHB DEPOLYMERASE PHAZ7

141 kDa, 4 ポリマー
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1

A: PHB DEPOLYMERASE PHAZ7

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: PHB DEPOLYMERASE PHAZ7

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3

C: PHB DEPOLYMERASE PHAZ7

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4

D: PHB DEPOLYMERASE PHAZ7

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	93.239, 138.829, 172.367
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2205- HOH
2	1	C-2176- HOH
3	1	D-2417- HOH

#1: タンパク質	PHB DEPOLYMERASE PHAZ7 分子量: 35282.934 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 39-380 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) PAUCIMONAS LEMOIGNEI (バクテリア) 発現宿主: BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 株 (発現宿主): WB800 参照: UniProt: Q939Q9, poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1803 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	RESIDUES 202-208 HAVE BEEN DELETED

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38 % / 解説: NONE
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION. PROTEIN CONCENTRATION 10 MG/ML. 0.1 M NAOAC (PH 5.0), 0.2 M LICL, 15% W/V PEG6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8123
検出器	タイプ: MARRESEARCH SX-165 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8123 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→19.6 Å / Num. obs: 74317 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.2 % / B_iso Wilson estimate: 12.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 12.5
反射シェル	解像度: 2→2.12 Å / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 94.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4BRS

4brs

解像度: 2.002→19.558 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 17.37 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1908	3711	5 %
R_work	0.1152	-	-
obs	0.119	74248	98.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.002→19.558 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9916	0	0	1803	11719

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	10237
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.319	13883
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.544	3487
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	1470
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1814

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0024-2.0277	0.2382	108	0.1684	2048	X-RAY DIFFRACTION	78
2.0277-2.0544	0.256	136	0.1327	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0544-2.0825	0.2204	138	0.1236	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0825-2.1122	0.2064	139	0.1218	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1122-2.1437	0.1971	137	0.1165	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1437-2.1772	0.2036	138	0.1182	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1772-2.2128	0.2198	138	0.1114	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2128-2.2509	0.177	138	0.1113	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2509-2.2918	0.2205	137	0.1085	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2918-2.3358	0.1832	140	0.1047	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3358-2.3834	0.212	137	0.1042	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3834-2.4351	0.1907	137	0.1052	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4351-2.4917	0.1897	139	0.1142	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4917-2.5538	0.2218	139	0.114	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5538-2.6227	0.1947	139	0.1106	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6227-2.6997	0.1956	139	0.1127	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6997-2.7866	0.1831	139	0.1138	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7866-2.8859	0.1975	138	0.119	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8859-3.0011	0.199	138	0.1181	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0011-3.1371	0.1601	139	0.1183	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1371-3.3018	0.2151	139	0.1226	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3018-3.5075	0.2072	140	0.1171	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5075-3.7766	0.1815	139	0.1105	2650	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7766-4.1533	0.1475	140	0.1004	2661	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1533-4.7468	0.1582	140	0.094	2645	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7468-5.9524	0.135	140	0.1128	2687	X-RAY DIFFRACTION	98
5.9524-19.559	0.2042	140	0.1582	2649	X-RAY DIFFRACTION	95

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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