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- PDB-4bup: A novel route to product specificity in the Suv4-20 family of his... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bup
タイトルA novel route to product specificity in the Suv4-20 family of histone H4K20 methyltransferases
要素HISTONE-LYSINE N-METHYLTRANSFERASE SUV420H1
キーワードTRANSFERASE / EPIGENETICS / HISTONE
機能・相同性
機能・相同性情報


: / condensed chromosome, centromeric region => GO:0000779 / : / : / [histone H4]-N-methyl-L-lysine20 N-methyltransferase / [histone H4]-lysine20 N-methyltransferase / histone H4K20 methyltransferase activity / PKMTs methylate histone lysines / positive regulation of isotype switching / S-adenosyl-L-methionine binding ...: / condensed chromosome, centromeric region => GO:0000779 / : / : / [histone H4]-N-methyl-L-lysine20 N-methyltransferase / [histone H4]-lysine20 N-methyltransferase / histone H4K20 methyltransferase activity / PKMTs methylate histone lysines / positive regulation of isotype switching / S-adenosyl-L-methionine binding / muscle organ development / positive regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / DNA repair / chromatin binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Histone-lysine N-methyltransferase / Suv4-20 family, animal / Histone-lysine N-methyltransferase Suv4-20/Set9 / Histone-lysine N-methyltransferase, N-terminal domain / Histone-lysine N-methyltransferase (EC 2.1.1.43) family profile. / Beta-clip-like / SET domain / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / SET domain profile. ...Histone-lysine N-methyltransferase / Suv4-20 family, animal / Histone-lysine N-methyltransferase Suv4-20/Set9 / Histone-lysine N-methyltransferase, N-terminal domain / Histone-lysine N-methyltransferase (EC 2.1.1.43) family profile. / Beta-clip-like / SET domain / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / SET domain profile. / SET domain / Beta Complex / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / Histone-lysine N-methyltransferase KMT5B
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.166 Å
データ登録者Southall, S.M. / Cronin, N.B. / Wilson, J.R.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: A Novel Route to Product Specificity in the Suv4-20 Family of Histone H4K20 Methyltransferases.
著者: Southall, S.M. / Cronin, N.B. / Wilson, J.R.
履歴
登録2013年6月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月15日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HISTONE-LYSINE N-METHYLTRANSFERASE SUV420H1
B: HISTONE-LYSINE N-METHYLTRANSFERASE SUV420H1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,4837
ポリマ－62,4632
非ポリマー1,0205
水3,567198
1
A: HISTONE-LYSINE N-METHYLTRANSFERASE SUV420H1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7874
ポリマ－31,2311
非ポリマー5563
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: HISTONE-LYSINE N-METHYLTRANSFERASE SUV420H1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6953
ポリマ－31,2311
非ポリマー4642
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.310, 50.010, 129.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.82, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 HISTONE-LYSINE N-METHYLTRANSFERASE SUV420H1 / SUPPRESSOR OF VARIEGATION 4-20 HOMOLOG 1 / SU(VAR)4-20 HOMOLOG 1 / SUV4-20H1


分子量: 31231.396 Da / 分子数: 2 / 断片: SET DOMAIN, RESIDUES 70-336 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PGEX / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: Q3U8K7, histone-lysine N-methyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.55 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES, 10 % PEG 10K, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→46.6 Å / Num. obs: 28977 / % possible obs: 90.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 26.26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 2.17→2.24 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 90.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4AU7

4au7


解像度: 2.166→46.64 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2594 1460 5 %
Rwork0.198 --
obs0.2012 28969 90.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.166→46.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3735 0 62 198 3995
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073869
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1135194
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.881448
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081545
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004672
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.166-2.24340.28761440.21032704X-RAY DIFFRACTION90
2.2434-2.33320.3021560.20992714X-RAY DIFFRACTION90
2.3332-2.43940.26931360.20812572X-RAY DIFFRACTION85
2.4394-2.5680.29391200.20782510X-RAY DIFFRACTION84
2.568-2.72890.31791340.21892958X-RAY DIFFRACTION97
2.7289-2.93960.28351380.21272916X-RAY DIFFRACTION96
2.9396-3.23530.25971710.21382832X-RAY DIFFRACTION95
3.2353-3.70330.25881390.19392552X-RAY DIFFRACTION85
3.7033-4.66510.23131490.16942970X-RAY DIFFRACTION96
4.6651-46.65090.23181730.1972781X-RAY DIFFRACTION90

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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