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- PDB-4bum: Crystal structure of the Voltage Dependant Anion Channel 2 from z... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bum
タイトルCrystal structure of the Voltage Dependant Anion Channel 2 from zebrafish.
要素VOLTAGE-DEPENDENT ANION CHANNEL 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / MITOCHONDRIA / PORIN / MEMBRANE / DETERGENT / RECOMBINANT
機能・相同性
機能・相同性情報


fin regeneration / Ub-specific processing proteases / voltage-gated monoatomic anion channel activity / calcium import into the mitochondrion / channel activity / regulation of heart contraction / porin activity / pore complex / mitochondrial outer membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Voltage-dependent anion-selective channel protein 2 / Porin, eukaryotic type / Eukaryotic porin/Tom40 / Eukaryotic porin / Porin / Porin domain superfamily / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Voltage-dependent anion-selective channel protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種DANIO RERIO (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.801 Å
データ登録者Paz, A. / Schredelseker, J. / Abramson, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: High-Resolution Structure and Double Electron-Electron Resonance of the Zebrafish Voltage Dependent Anion Channel 2 Reveal an Oligomeric Population.
著者: Schredelseker, J. / Paz, A. / Lopez, C.J. / Altenbach, C. / Leung, C.S. / Drexler, M.K. / Chen, J. / Hubbell, W.L. / Abramson, J.
履歴
登録2013年6月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月9日Group: Structure summary
改定 1.22014年5月14日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "XA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "XA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 19-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 20-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: VOLTAGE-DEPENDENT ANION CHANNEL 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3782
ポリマ－31,1491
非ポリマー2291
水1086
1
X: VOLTAGE-DEPENDENT ANION CHANNEL 2
ヘテロ分子

X: VOLTAGE-DEPENDENT ANION CHANNEL 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,7564
ポリマ－62,2982
非ポリマー4592
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area1250 Å2
ΔGint-14.7 kcal/mol
Surface area32470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.470, 72.470, 177.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 VOLTAGE-DEPENDENT ANION CHANNEL 2 / ZEBRAFISH VDAC2


分子量: 31148.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DANIO RERIO (ゼブラフィッシュ)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: Q8AWD0
#2: 化合物 ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド


分子量: 229.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8
詳細: 100 MM TRISHCL (PH=8.0), 100 MM KCL, AND PEG 2000 IN A RANGE OF 19-24%, 0.011% N-UNDECYL-BETA-D-THIOMALTOPYRANOSIDE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→51.29 Å / Num. obs: 13686 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.56 % / Biso Wilson estimate: 70.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 13

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3EMN

3emn


解像度: 2.801→51.286 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 2 / 位相誤差: 27.48 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: SOME RESIDUES WERE TRIMMED DUE TO VERY WEAK ELECTRON DENSITY OF SIDE-CHAINS. THE LOOP BETWEEN RESIDUES 266-272 IS VERY MOBILE. WE ARE CERTAIN OF THE GENERAL LOCATION IN WHICH IT IS MODELLED, ...詳細: SOME RESIDUES WERE TRIMMED DUE TO VERY WEAK ELECTRON DENSITY OF SIDE-CHAINS. THE LOOP BETWEEN RESIDUES 266-272 IS VERY MOBILE. WE ARE CERTAIN OF THE GENERAL LOCATION IN WHICH IT IS MODELLED, BUT IN SOLUTION IT COULD SAMPLE MANY POSITIONS AROUND THIS VICINITY.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2822 1369 10 %
Rwork0.2455 --
obs0.2492 13684 97.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 50.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.801→51.286 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2119 0 12 6 2137
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042184
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8712948
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.316780
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062327
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004376
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8006-2.90070.35341390.31231251X-RAY DIFFRACTION100
2.9007-3.01680.30031360.29871222X-RAY DIFFRACTION100
3.0168-3.15410.33591360.31061232X-RAY DIFFRACTION100
3.1541-3.32040.31251330.27641209X-RAY DIFFRACTION100
3.3204-3.52840.24971370.23811227X-RAY DIFFRACTION100
3.5284-3.80070.29771410.24641260X-RAY DIFFRACTION100
3.8007-4.1830.30891360.25681228X-RAY DIFFRACTION99
4.183-4.78790.24331400.22041253X-RAY DIFFRACTION99
4.7879-6.03080.23921360.22331222X-RAY DIFFRACTION95
6.0308-51.29440.30341350.23551211X-RAY DIFFRACTION89
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8914-1.2934-0.01090.320.18070.30510.0190.33480.05460.0457-0.26220.1245-0.03070.78210.140.3681-0.1195-0.12950.17580.02510.398-5.539723.2185-4.8548
22.1018-1.48240.79690.87640.19412.34090.07920.1539-0.11430.0801-0.15420.10020.17790.25810.10190.2825-0.0994-0.00160.33280.00520.3131-8.486822.3611-20.337
32.23580.66960.14553.45390.61283.9017-0.6797-0.2154-0.0852-0.59190.45350.1481-0.2356-0.75750.15070.3439-0.09390.0660.12280.03250.2848-26.793527.4114-10.2745
44.09960.3812-0.14341.25230.34792.20560.1163-0.07940.10460.2365-0.029-0.0674-0.0816-0.2369-0.05770.3898-0.0682-0.05860.13520.05370.1559-10.238920.79348.9259
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN X AND (RESID 1 THROUGH 48 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN X AND (RESID 49 THROUGH 119 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN X AND (RESID 120 THROUGH 174 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN X AND (RESID 175 THROUGH 283 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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