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- PDB-4nhu: The M33 TCR p3M33l/H-2 Ld Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nhu
タイトルThe M33 TCR p3M33l/H-2 Ld Complex
要素
  • 2C m33 alpha VmCh chimera
  • 2C m33 beta VmCh chimera
  • H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Ig / TCR / MHC / antigen
機能・相同性
機能・相同性情報


T cell receptor complex / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / defense response / MHC class I protein complex / phagocytic vesicle membrane / adaptive immune response / cell surface receptor signaling pathway / immune response / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Domain of unknown function (DUF1968) / : / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : ...: / Domain of unknown function (DUF1968) / : / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Immunoglobulin V-Type / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T-cell receptor alpha chain V region PHDS58 / H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain / T-cell receptor beta chain V region C5
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Birnbaum, M.E. / Adams, J.J. / Garcia, K.C.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Interrogating TCR Signal Strength and Cross-Reactivity by Yeast Display of pMHC
著者: Birnbaum, M.E. / Adams, J.J. / Garcia, K.C.
履歴
登録2013年11月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2C m33 alpha VmCh chimera
B: 2C m33 beta VmCh chimera
E: H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain
C: 2C m33 alpha VmCh chimera
D: 2C m33 beta VmCh chimera
G: H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,8896
ポリマ－150,8896
非ポリマー00
水00
1
A: 2C m33 alpha VmCh chimera
B: 2C m33 beta VmCh chimera
G: H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,4453
ポリマ－75,4453
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain
C: 2C m33 alpha VmCh chimera
D: 2C m33 beta VmCh chimera


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,4453
ポリマ－75,4453
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.760, 92.800, 94.950
Angle α, β, γ (deg.)112.29, 103.57, 102.37
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: 抗体 2C m33 alpha VmCh chimera


分子量: 24279.951 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P01738*PLUS
#2: タンパク質 2C m33 beta VmCh chimera


分子量: 28051.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P04213*PLUS
#3: タンパク質 H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain


分子量: 23113.705 Da / 分子数: 2 / Mutation: N30D, A49V, I66V, W97R, K131R, W167A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01897
Has protein modificationY
配列の詳細RESIDUES 181-194 IN CHAINS E,G ARE ENGINEERED TETHER TO PHYSICALLY LINK THE THE PRESENTED PEPTIDE ...RESIDUES 181-194 IN CHAINS E,G ARE ENGINEERED TETHER TO PHYSICALLY LINK THE THE PRESENTED PEPTIDE ANTIGEN (RESIDUES 195-203) TO THE MHC FOLD.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Crystals grown in 20% PEG 3350 and 200mM Ammonium Nitrate and micro seeded into 20% PEG 3350 and 200mM Ammonium phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月25日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→82.31 Å / Num. all: 31872 / Num. obs: 31171 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.9→3.06 Å / % possible all: 95.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→47.859 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 2.02 / 位相誤差: 28.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2604 1568 5.03 %random
Rwork0.229 ---
obs0.2306 31159 97.79 %-
all-31863 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→47.859 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9829 0 0 0 9829
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00210105
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.57713718
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4663617
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0411428
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031803
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-2.99360.3311430.3152594X-RAY DIFFRACTION95
2.9936-3.10060.3571270.30862725X-RAY DIFFRACTION98
3.1006-3.22470.37241470.29142625X-RAY DIFFRACTION98
3.2247-3.37140.30441360.27452730X-RAY DIFFRACTION98
3.3714-3.54910.28321450.25482723X-RAY DIFFRACTION98
3.5491-3.77140.29421600.24742648X-RAY DIFFRACTION98
3.7714-4.06240.27731350.23462681X-RAY DIFFRACTION98
4.0624-4.4710.2341400.19162738X-RAY DIFFRACTION98
4.471-5.11730.22111540.17962689X-RAY DIFFRACTION98
5.1173-6.44480.2031240.21332745X-RAY DIFFRACTION99
6.4448-47.86580.21971570.19992693X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.45711.7748-0.64426.0308-1.22534.2034-0.0147-0.0366-0.2965-0.05540.00160.02550.8774-0.1425-0.0010.4495-0.0309-0.00950.29-0.04110.21944.12856.197737.8708
23.5265-1.0580.02782.7141-0.87950.3769-0.01920.3306-0.079-0.5185-0.13050.51830.5552-1.0010.01460.8098-0.24190.03560.77310.02670.531319.779-5.43557.1129
33.578-2.3302-0.51998.4713.5044.2541-0.12410.4132-0.634-0.2913-0.21591.10360.4819-0.39480.2640.9328-0.23490.01560.49860.0360.508219.2293-8.118257.7448
44.02281.2342-1.63094.0749-0.85576.530.3007-0.2814-0.18291.51980.42460.2184-1.3322-0.1894-0.1710.2426-0.0051-0.03380.3341-0.04430.270440.138725.338958.0826
54.5220.779-1.91564.9627-0.5796.63370.198-0.0878-0.01120.0549-0.05340.0615-0.5890.0394-0.23520.24560.0304-0.01360.2407-0.0440.217342.952627.50247.4839
63.1494-1.57941.49885.27270.36954.2514-0.05840.18460.1377-0.16640.2657-0.3411-0.61840.6604-0.23060.32490.0754-0.0020.3001-0.10840.286146.221918.639248.9595
71.07721.4163-0.92191.8065-0.91043.6306-0.10720.56691.01720.622-0.85311.3087-0.5843-0.4842-0.19540.40150.22880.0090.72840.0453-0.258424.68923.16661.3981
83.3376-0.4891-0.81015.16381.85754.41790.23460.3139-0.0153-0.5452-0.06730.40290.4996-0.4799-0.14610.3613-0.08-0.03620.44340.01520.305225.66890.934964.8881
91.66122.05250.07525.0749-0.76193.56471.1358-0.4155-0.03941.3725-0.079-0.24440.6582-1.0355-0.20580.5459-0.06690.18560.1794-0.11490.344530.8099-1.153574.9018
102.8226-0.3921-0.32822.1794-1.87013.00420.1278-0.26050.35520.2256-0.0074-0.20090.1112-0.2638-0.07150.2864-0.03860.00790.3450.0170.238826.663516.903472.7901
112.99570.40540.58794.0892-2.27411.6308-0.1447-0.20160.2520.23660.01760.0280.0656-0.27460.08450.17980.0535-0.01280.5070.03250.209132.8716-39.459718.8926
125.0057-3.43651.28515.061-0.72481.73560.0177-0.11930.30680.4227-0.1882-0.79610.07370.36390.19110.3043-0.0779-0.02980.38360.09020.350339.9192-37.204419.5084
134.0679-3.46361.82556.6002-0.51593.16510.1329-0.4940.12311.6492-0.10720.832-0.271-0.3660.27970.1136-0.165-0.33050.37930.11580.114725.1984-35.57114.1826
14-0.0512-0.31970.42010.6437-1.28983.109-0.10440.4683-0.428-0.1927-0.19560.24250.0647-0.43580.16420.2304-0.0834-0.04840.4455-0.05960.414928.1121-42.66753.6756
154.1399-3.7598-0.3318.4046-0.07362.60560.1172-0.0315-0.0709-0.2873-0.1435-0.01080.0253-0.09480.05940.2113-0.03410.05480.26330.01340.22335.005-36.83493.7837
164.47472.1254-1.24753.2552-4.33727.61720.14030.53470.3114-0.04180.1479-0.3997-0.3580.0431-0.2190.5699-0.0690.12550.2182-0.09890.285853.9679-12.9131-11.3889
173.0673.11451.62573.83152.6242.7505-0.34960.0005-0.0883-0.2220.3729-0.38740.23950.1272-0.14540.25460.10070.03140.21890.04050.306845.4172-19.5218-2.9019
183.8023-0.96971.45792.06840.97666.5381-0.1294-0.09830.5306-0.2392-0.2080.0659-0.8774-0.41130.2410.47770.02870.05530.2358-0.01980.292345.7254-8.24530.0485
193.6251-0.23811.56222.5141.3645.33570.22880.00690.23320.0193-0.29190.6228-0.4212-0.96020.15940.29360.12060.1010.32930.07620.588638.5191-17.3447-9.6837
207.7933.65341.01977.39712.11185.5456-0.5405-0.30850.9529-0.4030.48860.546-0.3603-0.24570.00940.3646-0.0596-0.05250.3887-0.04560.255847.8269-7.9744-11.9513
210.3115-0.19760.41930.0986-0.40790.50830.02320.0308-0.3392-0.57080.121-0.68050.0304-0.18840.02560.34750.07010.10750.2292-0.08960.28948.164-18.86771.9229
224.88195.2526-4.49479.2539-4.36595.63980.00280.90140.4026-1.77190.7683-0.5313-0.36760.4017-0.0641.0353-0.2970.32780.41310.11380.336360.41092.702-17.2572
231.2194-0.0833-1.25194.86310.47816.3734-0.1360.05560.3569-0.66150.3771-1.6789-0.47361.5279-0.17240.5898-0.09670.11170.76080.03230.895777.228214.6551-5.8984
245.06040.31210.11758.16172.67534.93340.0721-0.0387-0.562-0.44190.2275-1.48050.4810.8307-0.42650.6245-0.04040.18920.5506-0.1110.760273.7812-0.2602-12.5534
257.64871.80463.21152.23290.12816.8941-0.3099-0.01560.0137-0.29480.13770.1507-0.2753-0.16790.18260.69520.02770.06340.5398-0.09510.297963.86587.1617-9.0438
262.0139-2.33889.28442.2761-0.82237.92620.17671.3974-0.3929-0.3202-0.32-0.7913-0.031.12210.03870.6243-0.04860.33070.66580.02610.653768.78047.3738-9.3736
272.3740.062.90212.3042-2.43476.307-0.07641.54330.0317-0.2583-0.707-1.5962-0.52751.29290.69740.790.00210.15181.33110.19020.920585.85777.2043-7.6213
281.61381.8957-1.1422.2133-1.21392.00350.1090.3862-0.5128-1.47750.7389-0.76050.05371.4828-0.86080.99110.05260.03261.0367-0.29611.055276.90725.9865-19.6962
294.62041.6832-0.04053.6679-0.04444.2274-0.007-0.05140.11410.3469-0.0536-0.1521-0.3805-0.04980.08270.25440.0183-0.03130.2473-0.07710.242652.1984-14.257817.8428
305.8452-3.55233.20884.10210.7646.25920.1286-0.15780.34680.4692-0.42980.37760.4689-0.43770.35340.28970.0451-0.0690.4204-0.07310.282547.3146-11.175110.5474
311.60892.7772-1.50015.9871-1.96991.67820.28560.1715-0.61930.1261-0.4936-1.2669-0.40830.45090.33660.4586-0.0639-0.21470.536-0.07240.623370.9361-4.247816.6749
326.0257-1.77333.14333.00611.63054.5371-0.28220.48850.1481-0.14610.1728-0.6618-0.39220.7059-0.11350.3053-0.05980.02790.3094-0.010.483568.73312.4202-1.0731
333.8987-1.36481.72978.8771-0.7454.86330.12350.067-1.0120.0909-0.3237-0.36070.92040.41970.21570.50390.01310.18730.39120.03390.508167.85933.3972.4581
341.2428-0.0524-0.35293.9718-1.35791.8956-0.2472-0.15680.24030.35140.2531-0.5753-0.2616-0.04970.08360.4951-0.0047-0.1040.336-0.02850.486267.848213.16728.1153
356.36-0.23174.57894.229-1.23048.05820.259-0.5706-0.28660.38080.565-0.4815-0.0988-0.006-0.33030.23840.0413-0.0490.297-0.09250.322259.653738.214926.7979
368.6114-0.15446.7965.2586-1.82419.2231-0.2779-0.16920.41420.99510.2685-0.4607-1.08990.13710.03060.37520.0576-0.11690.1905-0.03660.42154.104944.206728.5997
372.7014-1.02620.62784.477-1.532.0878-0.0942-0.2146-0.0771-0.04070.23740.11450.0549-0.1332-0.12360.3371-0.01970.070.2759-0.0110.190258.463831.803524.7283
384.4124-0.37311.92135.2198-0.99233.4114-0.17350.2639-0.4821-0.26780.14940.360.4899-0.1181-0.05320.42-0.13180.11610.3231-0.02530.228255.62923.266620.2837
392.05110.9711-0.03250.728-0.76622.4372-0.4505-0.19160.3463-0.7212-0.0405-0.2341-0.3811-0.14440.2750.58170.0585-0.10040.4966-0.06520.253453.639626.522626.3414
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 105 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 106 through 157 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 158 through 199 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 2 through 25 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 26 through 86 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 87 through 104 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 105 through 119 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 120 through 197 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 198 through 210 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 211 through 239 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'E' and (resid 1 through 28 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'E' and (resid 29 through 84 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'E' and (resid 85 through 103 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'E' and (resid 104 through 137 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'E' and (resid 138 through 203 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 2 through 20 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 21 through 38 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 39 through 49 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 50 through 71 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 72 through 85 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 86 through 105 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 106 through 118 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 119 through 137 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 138 through 152 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 153 through 167 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 168 through 177 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 178 through 187 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'C' and (resid 188 through 200 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 2 through 86 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 87 through 104 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 105 through 119 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 120 through 157 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 158 through 183 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'D' and (resid 184 through 239 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'G' and (resid 1 through 28 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'G' and (resid 29 through 44 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'G' and (resid 45 through 137 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'G' and (resid 138 through 171 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'G' and (resid 172 through 203 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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