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- PDB-4bu1: Crystal structure of Rad4 BRCT1,2 in complex with a Crb2 phosphop... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bu1
タイトルCrystal structure of Rad4 BRCT1,2 in complex with a Crb2 phosphopeptide
要素
  • DNA REPAIR PROTEIN RHP9
  • S-M CHECKPOINT CONTROL PROTEIN RAD4
キーワードREPLICATION / TOPBP1 / DNA DAMAGE CHECKPOINT
機能・相同性
機能・相同性情報


SUMOylation of transcription factors / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / mitotic DNA damage checkpoint signaling / mitotic spindle pole body / chromatin-protein adaptor activity / DNA replication preinitiation complex / mitotic DNA replication checkpoint signaling / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / negative regulation of DNA replication / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling ...SUMOylation of transcription factors / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / mitotic DNA damage checkpoint signaling / mitotic spindle pole body / chromatin-protein adaptor activity / DNA replication preinitiation complex / mitotic DNA replication checkpoint signaling / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / negative regulation of DNA replication / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / : / DNA replication initiation / signaling adaptor activity / DNA damage checkpoint signaling / mitotic spindle / site of double-strand break / histone binding / chromatin / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Crb2-like, BRCT-like domain / Crb2, Tudor domain / DNA repair protein Crb2, Tudor domain / DNA repair protein Crb2 Tudor domain / twin BRCT domain / : / : / BRCT domain / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain ...: / Crb2-like, BRCT-like domain / Crb2, Tudor domain / DNA repair protein Crb2, Tudor domain / DNA repair protein Crb2 Tudor domain / twin BRCT domain / : / : / BRCT domain / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / S-M checkpoint control protein rad4 / DNA repair protein crb2
類似検索 - 構成要素
生物種SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE (分裂酵母)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Qu, M. / Rappas, M. / Wardlaw, C.P. / Garcia, V. / Carr, A.M. / Oliver, A.W. / Du, L.L. / Pearl, L.H.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2013
タイトル: Phosphorylation-Dependent Assembly and Coordination of the DNA Damage Checkpoint Apparatus by Rad4(Topbp1.).
著者: Qu, M. / Rappas, M. / Wardlaw, C.P. / Garcia, V. / Ren, J.Y. / Day, M. / Carr, A.M. / Oliver, A.W. / Du, L.L. / Pearl, L.H.
履歴
登録2013年6月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S-M CHECKPOINT CONTROL PROTEIN RAD4
B: S-M CHECKPOINT CONTROL PROTEIN RAD4
C: DNA REPAIR PROTEIN RHP9
D: DNA REPAIR PROTEIN RHP9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,15021
ポリマ－45,6164
非ポリマー1,53317
水6,359353
1
B: S-M CHECKPOINT CONTROL PROTEIN RAD4
D: DNA REPAIR PROTEIN RHP9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,73013
ポリマ－22,8082
非ポリマー92211
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3230 Å2
ΔGint-3.3 kcal/mol
Surface area10880 Å2
手法PISA
2
A: S-M CHECKPOINT CONTROL PROTEIN RAD4
C: DNA REPAIR PROTEIN RHP9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4208
ポリマ－22,8082
非ポリマー6126
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2430 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area10170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.439, 76.844, 92.136
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 S-M CHECKPOINT CONTROL PROTEIN RAD4 / P74 / PROTEIN CUT5


分子量: 21236.457 Da / 分子数: 2 / 断片: BRCT1,2 DOMAINS, RESIDUES 1-186 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE (分裂酵母)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA2 / 参照: UniProt: P32372
#2: タンパク質・ペプチド DNA REPAIR PROTEIN RHP9 / RAD9 HOMOLOG / CRB2


分子量: 1571.646 Da / 分子数: 2 / 断片: PHOSPHOPEPTIDE, RESIDUES 229-241 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE (分裂酵母) / 参照: UniProt: P87074

-
非ポリマー , 5種, 370分子

#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 353 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.56 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 100 MM NAK PHOSPHATE, 200 MM NACL, 40% W/V PEG 200

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5419
検出器検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5419 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→59.01 Å / Num. obs: 27555 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.61 % / Biso Wilson estimate: 31.72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 2.39 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 93.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
CrystalClear2データ削減
DTSCALEAVERAGEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4BMC

4bmc


解像度: 2.1→25.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9386 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9068 / SU R Cruickshank DPI: 0.262 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.289 / SU Rfree Blow DPI: 0.227 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.219
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2879 1388 5.04 %RANDOM
Rwork0.2372 ---
obs0.2397 27525 99.18 %-
原子変位パラメータBiso mean: 35.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.6106 Å20 Å20 Å2
2---12.2353 Å20 Å2
3---7.6247 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.319 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→25.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3126 0 98 353 3577
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013326HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg14484HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1534SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes69HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes466HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3326HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.19
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.87
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion424SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies6HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4103SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3021 131 4.88 %
Rwork0.2338 2554 -
all0.2372 2685 -
obs--99.18 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0268-0.1844-1.23931.1599-0.38031.8155-0.05880.0692-0.1326-0.0039-0.0532-0.05730.2369-0.24790.1119-0.0737-0.0192-0.00850.0336-0.0196-0.08971.3324-25.46371.4235
21.42630.0402-1.02642.0761.65873.6687-0.0632-0.07610.03640.04650.03640.05830.14990.02110.0268-0.06390.0196-0.00110.00790.0383-0.0823-16.2567-20.277819.0499
31.4796-0.09080.74050.7729-0.65492.9634-0.030.1170.10710.06490.1029-0.0442-0.29420.0143-0.0729-0.03980.0173-0.00940.02740.0247-0.0528-16.9008-10.626416.2229
41.7282-0.1336-1.02270.8952-0.21151.7998-0.0498-0.0762-0.11150.0063-0.06840.06170.14630.02830.1182-0.06840.00530.00030.01170.0142-0.0812-6.2906-25.665244.4426
50.54650.39020.02072.8019-1.65780.5938-0.02260.0806-0.08450.0290.0041-0.06710.06940.0020.0185-0.0291-0.00850.01520.0697-0.0319-0.04459.2725-25.047931.9223
61.33860.54650.08320.6191-0.62295.6732-0.02290.03630.06190.00020.03440.0073-0.09120.0455-0.0116-0.0886-0.0079-0.0031-0.0085-0.0188-0.060512.4097-13.782427.4386
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{A|4 - 88}
2X-RAY DIFFRACTION2{A|92 - 149}
3X-RAY DIFFRACTION3{A|150 - 185}
4X-RAY DIFFRACTION4{B|4 - 87}
5X-RAY DIFFRACTION5{B|88 - 117}
6X-RAY DIFFRACTION6{B|118 - 185}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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