PDB-4bth: The LeuA146Trp,PheB24Tyr Double Mutant of the Quorum Quenching N-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4bth

タイトル

The LeuA146Trp,PheB24Tyr Double Mutant of the Quorum Quenching N-acyl Homoserine Lactone Acylase PvdQ Has an Altered Substrate Specificity Towards Small Acyl Chains

要素

ACYL-HOMOSERINE LACTONE ACYLASE PVDQ SUBUNIT ALPHA
ACYL-HOMOSERINE LACTONE ACYLASE PVDQ SUBUNIT BETA

キーワード

HYDROLASE / ZYMOGEN / QUORUM QUENCHING

機能・相同性

機能・相同性情報

acyl-homoserine-lactone acylase / short-chain fatty acyl-CoA dehydrogenase activity / pyoverdine biosynthetic process / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / quorum sensing / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / single-species biofilm formation / antibiotic biosynthetic process / periplasmic space / response to antibiotic ...
類似検索 - 分子機能

生物種

PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Koch, G. / Nadal-Jimenez, P. / Reis, C.R. / Muntendam, R. / Bokhove, M. / Melillo, E. / Dijkstra, B.W. / Cool, R.H. / Quax, W.J.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Reducing Virulence of the Human Pathogen Burkholderia by Altering the Substrate Specificity of the Quorum-Quenching Acylase Pvdq
著者: Koch, G. / Nadal-Jimenez, P. / Reis, C.R. / Muntendam, R. / Bokhove, M. / Melillo, E. / Dijkstra, B.W. / Cool, R.H. / Quax, W.J.

履歴

登録	2013年6月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年2月5日	Group: Database references
改定 1.2	2014年2月12日	Group: Database references
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4bth.cif.gz	286.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4bth.ent.gz	235.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4bth.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/4bth ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/4bth	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2wyeS 2wyb 2wyc 2wyd S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4wks-d 3sra-d 2wyc-d 2wyd-d 5ubk-d 3srb-d 2wye-d 4wkt-d 4wkv-d 4k2g-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ACYL-HOMOSERINE LACTONE ACYLASE PVDQ SUBUNIT ALPHA

B: ACYL-HOMOSERINE LACTONE ACYLASE PVDQ SUBUNIT BETA

ヘテロ分子

79.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.353, 167.133, 94.443
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	ACYL-HOMOSERINE LACTONE ACYLASE PVDQ SUBUNIT ALPHA / AHL ACYLASE PVDQ / ACYL-HSL ACYLASE PVDQ / ACYL-HSL ACYLASE PVDQ SUBUNIT ALPHA / 分子量: 18665.969 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 株: PAO1 / 解説: HOLLOWAY COLLECTION / プラスミド: PMCTNDE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / Variant (発現宿主): DH10B / 参照: UniProt: Q9I194, acyl-homoserine-lactone acylase
#2: タンパク質	ACYL-HOMOSERINE LACTONE ACYLASE PVDQ SUBUNIT BETA / AHL ACYLASE PVDQ / ACYL-HSL ACYLASE PVDQ / ACYL-HSL ACYLASE PVDQ SUBUNIT BETA 分子量: 60505.918 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 株: PAO1 / 解説: HOLLOWAY COLLECTION / プラスミド: PMCTNDE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / Variant (発現宿主): DH10B / 参照: UniProt: Q9I194, acyl-homoserine-lactone acylase
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.4 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 9.1 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 24% PEG 6000, 100 MM BICINE PH 9.1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9786
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年11月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→83.57 Å / Num. obs: 71419 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.82 % / B_iso Wilson estimate: 29.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 8.61
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 4.81 % / R_merge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 2.21 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0091	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WYE

2wye

解像度: 1.9→62.584 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 5.44 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2074	3591	5.05 %	RANDOM
R_work	0.1794	-	-	-
obs	0.181	67730	94.198 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.128 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.599 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.175 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.576 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→62.584 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5537	0	30	254	5821

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	5715
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.175	1.958	7769
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.61	5	712
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.278	23.357	280
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.071	15	896
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.357	15	57
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	828
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	4487
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	2706
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.3	0.2	3821
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.114	0.2	195
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.011	0.1	5715
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.018	0.15	7769
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.033	0.2	1945
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.017	0.4	7305
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.327	231	-
R_work	0.285	4904	-
obs	-	-	96.486 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3869	1.1251	-1.9157	2.5848	-1.6371	3.8703	0.0005	0.3416	0.0509	-0.5208	0.1265	-0.2148	-0.2018	-0.1862	-0.1271	0.3566	0.0398	0.0518	0.1738	0.008	0.1443	32.7407	68.7502	31.199
2	2.9364	-0.1652	-0.6895	0.454	-0.102	1.1922	-0.0656	0.0593	-0.1468	-0.0646	0.0147	-0.0722	0.071	0.0945	0.0509	0.0344	0.0065	0.0075	0.0305	0.0014	0.0341	45.055	35.3091	47.1397
3	1.2262	0.134	-0.1228	0.9139	-0.023	1.1353	0.0013	-0.1081	0.1583	0.0689	0.0349	-0.0233	-0.2524	-0.0364	-0.0363	0.062	0.0166	0.0018	0.0335	-0.0148	0.0226	30.0735	57.0296	61.0042

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	B	323 - 480
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	51 - 95
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	129 - 168
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	75 - 155
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	206 - 250
6	X-RAY DIFFRACTION	3	A	6 - 50
7	X-RAY DIFFRACTION	3	A	96 - 128
8	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 74
9	X-RAY DIFFRACTION	3	B	156 - 205
10	X-RAY DIFFRACTION	3	B	251 - 322
11	X-RAY DIFFRACTION	3	B	481 - 546

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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