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万見
- PDB-4btf: Structure of MLKL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4btf
タイトルStructure of MLKL
要素MIXED LINEAGE KINASE DOMAIN-LIKE PROTEIN
キーワードTRANSFERASE / PSEDUOKINASE / NECROPTOSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


RIPK1-mediated regulated necrosis / execution phase of necroptosis / Regulation of necroptotic cell death / TRP channels / necroptotic signaling pathway / protein homotrimerization / necroptotic process / cell junction / defense response to virus / cell surface receptor signaling pathway ...RIPK1-mediated regulated necrosis / execution phase of necroptosis / Regulation of necroptotic cell death / TRP channels / necroptotic signaling pathway / protein homotrimerization / necroptotic process / cell junction / defense response to virus / cell surface receptor signaling pathway / protein-containing complex binding / protein kinase binding / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Mixed lineage kinase domain-like N-terminal domain / Adaptor protein Cbl, N-terminal domain / Adaptor protein Cbl, N-terminal domain superfamily / Transcription Elongation Factor S-II; Chain A / : / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...: / Mixed lineage kinase domain-like N-terminal domain / Adaptor protein Cbl, N-terminal domain / Adaptor protein Cbl, N-terminal domain superfamily / Transcription Elongation Factor S-II; Chain A / : / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Mixed lineage kinase domain-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.604 Å
データ登録者Czabotar, P.E. / Murphy, J.M.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2013
タイトル: The Pseudokinase Mlkl Mediates Necroptosis Via a Molecular Switch Mechanism
著者: Murphy, J.M. / Czabotar, P.E. / Hildebrand, J.M. / Lucet, I.S. / Zhang, J.-G. / Alvarez-Diaz, S. / Lewis, R. / Lalaoui, N. / Metcalf, D. / Webb, A.I. / Young, S.N. / Varghese, L.N. / ...著者: Murphy, J.M. / Czabotar, P.E. / Hildebrand, J.M. / Lucet, I.S. / Zhang, J.-G. / Alvarez-Diaz, S. / Lewis, R. / Lalaoui, N. / Metcalf, D. / Webb, A.I. / Young, S.N. / Varghese, L.N. / Tannahill, G.M. / Hatchell, E.C. / Majewski, I.J. / Okamoto, T. / Dobson, R.C.J. / Hilton, D.J. / Babon, J.J. / Nicola, N.A. / Strasser, A. / Silke, J. / Alexander, W.S.
履歴
登録2013年6月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月9日Group: Database references
改定 1.22019年4月24日Group: Data collection / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MIXED LINEAGE KINASE DOMAIN-LIKE PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,0274
ポリマ－53,8571
非ポリマー1703
水73941
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.400, 78.300, 162.938
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 MIXED LINEAGE KINASE DOMAIN-LIKE PROTEIN / MLKL


分子量: 53856.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9D2Y4
#2: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE MATCHES NCBI ENTRY NP_083281.1

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.08 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.4M SODIUM FORMATE, 25% W/V PEG2000 MONOMETHYL ETHER, 50MM TRIS PH 7.5, 5MM TCEP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953696, 1.5498
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月8日
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9536961
21.54981
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 16375 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 38.29 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 11.13
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / % possible all: 82.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.604→41.033 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2555 811 4.9 %
Rwork0.2069 --
obs0.2093 16368 94.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.604→41.033 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3334 0 11 41 3386
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083396
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1044562
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7121328
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075510
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004587
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6037-2.76680.32451220.28532329X-RAY DIFFRACTION87
2.7668-2.98040.31711400.26122596X-RAY DIFFRACTION96
2.9804-3.28020.27281410.22312662X-RAY DIFFRACTION98
3.2802-3.75460.25171390.18912622X-RAY DIFFRACTION97
3.7546-4.72930.20951500.17052637X-RAY DIFFRACTION96
4.7293-41.03850.25391190.20782711X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.92250.16320.7932.4011-0.56484.79710.20980.0308-0.110.04670.062-0.09391.20160.9094-0.27690.52580.1826-0.0360.51060.02730.29295.3454-9.0051-2.8981
21.0814-0.15620.06971.4076-0.33490.4524-0.03080.1566-0.0548-0.13180.05130.02260.0093-0.0382-0.0007-0.0366-0.01790.01350.3349-0.04070.086212.618216.066629.6037
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 2 THROUGH 131 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 132 THROUGH 455 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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