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万見
- PDB-4bry: The Idas:Geminin heterodimeric parallel coiled-coil -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bry
タイトルThe Idas:Geminin heterodimeric parallel coiled-coil
要素
  • GEMININ
  • MULTICILIN
キーワードCELL CYCLE / DNA REPLICATION LICENSING
機能・相同性
機能・相同性情報


multi-ciliated epithelial cell differentiation / DNA replication preinitiation complex assembly / centriole assembly / Switching of origins to a post-replicative state / negative regulation of DNA-templated DNA replication / regulation of cilium assembly / motile cilium assembly / positive regulation of chromatin binding / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / negative regulation of DNA replication ...multi-ciliated epithelial cell differentiation / DNA replication preinitiation complex assembly / centriole assembly / Switching of origins to a post-replicative state / negative regulation of DNA-templated DNA replication / regulation of cilium assembly / motile cilium assembly / positive regulation of chromatin binding / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / negative regulation of DNA replication / regulation of DNA replication / negative regulation of cell cycle / Activation of the pre-replicative complex / cilium assembly / regulation of mitotic cell cycle / transcription repressor complex / Assembly of the pre-replicative complex / animal organ morphogenesis / histone deacetylase binding / transcription corepressor activity / DNA-binding transcription factor binding / transcription coactivator activity / nuclear body / cell cycle / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Multicilin / Geminin coiled-coil domain / Geminin/Multicilin / Geminin / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Multicilin / Geminin
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Caillat, C. / Perrakis, A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: The Geminin and Idas Coiled Coils Preferentially Form a Heterodimer that Inhibits Geminin Function in DNA Replication Licensing
著者: Caillate, C. / Pefani, E.D. / Gillespie, P.J. / Taraviras, S. / Blow, J.J. / Lygerou, Z. / Perrakis, A.
履歴
登録2013年6月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月9日Group: Database references
改定 1.22013年11月20日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GEMININ
B: MULTICILIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3406
ポリマ－17,7622
非ポリマー5784
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3180 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area11770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.799, 117.799, 103.462
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質 GEMININ


分子量: 9376.613 Da / 分子数: 1 / 断片: COILED-COIL, RESIDUES 83-160 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET-NKI-LIC / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O75496
#2: タンパク質 MULTICILIN / MULTICILIATE DIFFERENTIATION AND DNA SYNTHESIS-ASSOCIATED CELL CYCLE PROTEIN / PROTEIN IDAS / IDAS


分子量: 8385.453 Da / 分子数: 1 / 断片: COILED-COIL, RESIDUES 173-245 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: D6RGH6
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M SPG PH 7.5, 10 % ISOPROPANOL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.992
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.992 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.89→46.95 Å / Num. obs: 8415 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 81.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2.89→3.05 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.84 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1UII

1uii


解像度: 2.89→46.946 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 21.734 / SU ML: 0.191 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.373 / ESU R Free: 0.261 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 633 7.58 %RANDOM
Rwork0.2026 ---
obs0.204 8398 99.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 53.113 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.693 Å20 Å20 Å2
2---0.693 Å20 Å2
3---1.386 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.89→46.946 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1139 0 36 0 1175
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0191185
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.02847
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2961.9921582
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.05432077
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9995136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.81225.87363
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.66415238
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.328158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2170
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021255
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02201
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2960.2297
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2180.223
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2140.2530
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0930.228
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.6064.1621183
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.064.332846
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.3856.0871582
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it12.33512.41445
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.21818.019894
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.89→2.965 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.376 45 -
Rwork0.333 491 -
obs--98.711 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 6.7041 Å / Origin y: 25.065 Å / Origin z: -18.7028 Å
111213212223313233
T0.106 Å20.0206 Å20.013 Å2-0.2831 Å20.0421 Å2--0.0582 Å2
L9.9135 °2-0.2122 °2-1.2187 °2-0.3389 °20.1896 °2--0.3319 °2
S0.2783 Å °0.1578 Å °0.0046 Å °-0.031 Å °-0.1836 Å °-0.0527 Å °-0.0933 Å °-0.098 Å °-0.0946 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A92 - 160
2X-RAY DIFFRACTION1B176 - 244

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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