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- PDB-4brb: Crystal structure of the integral membrane enzyme DgkA-ref, delta 7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4brb
タイトルCrystal structure of the integral membrane enzyme DgkA-ref, delta 7
要素DIACYLGLYCEROL KINASE
キーワードTRANSFERASE / LIPID METABOLISM / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


diacylglycerol kinase (ATP) / ATP-dependent diacylglycerol kinase activity / phosphatidic acid biosynthetic process / response to UV / phosphorylation / ATP binding / identical protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #3610 / DAGK family / Diacylglycerol kinase, prokaryotic / Diacylglycerol kinase (DAGK) superfamily / Prokaryotic diacylglycerol kinase / Prokaryotic diacylglycerol kinase signature. / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL(7Z)-PENTADEC-7-ENOATE / ACETATE ION / CITRATE ANION / Diacylglycerol kinase
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Li, D. / Caffrey, M.
引用ジャーナル: Sci.Rep. / 年: 2014
タイトル: Renaturing Membrane Proteins in the Lipid Cubic Phase, a Nanoporous Membrane Mimetic.
著者: Li, D. / Caffrey, M.
履歴
登録2013年6月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月22日Group: Database references
改定 1.22019年3月6日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32019年4月3日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DIACYLGLYCEROL KINASE
B: DIACYLGLYCEROL KINASE
C: DIACYLGLYCEROL KINASE
D: DIACYLGLYCEROL KINASE
E: DIACYLGLYCEROL KINASE
F: DIACYLGLYCEROL KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,68519
ポリマ－85,2276
非ポリマー3,45813
水37821
1
A: DIACYLGLYCEROL KINASE
B: DIACYLGLYCEROL KINASE
C: DIACYLGLYCEROL KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,12911
ポリマ－42,6133
非ポリマー2,5168
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7920 Å2
ΔGint-83.2 kcal/mol
Surface area15770 Å2
手法PISA
2
D: DIACYLGLYCEROL KINASE
E: DIACYLGLYCEROL KINASE
F: DIACYLGLYCEROL KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5568
ポリマ－42,6133
非ポリマー9425
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7350 Å2
ΔGint-113.3 kcal/mol
Surface area14480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.500, 91.570, 143.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
DIACYLGLYCEROL KINASE / DAGK / DIGLYCERIDE KINASE / DGK / DIACYLGLYCEROL KINASE -DELTA 7


分子量: 14204.451 Da / 分子数: 6 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / プラスミド: PTRCHISB-DGKA-DELTA7 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): WH1061 / 参照: UniProt: P0ABN1, diacylglycerol kinase (ATP)

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非ポリマー , 5種, 34分子

#2: 化合物
ChemComp-78N / (2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL(7Z)-PENTADEC-7-ENOATE / 7.8 MONOACYLGLYCEROL (2R)


分子量: 314.460 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O4
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL(7Z)-PENTADEC-7-ENOATE (78N)
配列の詳細THE CONSTRUCT CONTAINS AN N-TERMIANL HIS TAG 'GHHHHHHEL'. COMPARED TO THE WILDTYPE FORM, THE ...THE CONSTRUCT CONTAINS AN N-TERMIANL HIS TAG 'GHHHHHHEL'. COMPARED TO THE WILDTYPE FORM, THE PROTEIN HAS SEVEN MUTATIONS. THEY ARE A41C, C46A, I53V, I70L, M96L, V107D AND C113A.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.43 % / 解説: NONE
結晶化温度: 277 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.6
詳細: 3-5 %(V/V) 2-METHYL-2, 4-PENTANEDIOL (MPD), 0.1 M SODIUM CHLORIDE, 0.06 M MAGNESIUM ACETATE, 0.1 M SODIUM CITRATE/HCL PH 5.6. CRYSTALLIZED USING THE IN MESO (LIPIDIC CUBIC PHASE) METHOD AT 4 ...詳細: 3-5 %(V/V) 2-METHYL-2, 4-PENTANEDIOL (MPD), 0.1 M SODIUM CHLORIDE, 0.06 M MAGNESIUM ACETATE, 0.1 M SODIUM CITRATE/HCL PH 5.6. CRYSTALLIZED USING THE IN MESO (LIPIDIC CUBIC PHASE) METHOD AT 4 DEGREES CELCIUS WITH THE 7.8 MONOACYLGLYCEROL (7.8 MAG) AS THE HOSTING LIPID.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.03319
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月13日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03319 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→71.79 Å / Num. obs: 32610 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 55.99 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.55→2.62 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ZE3

3ze3


解像度: 2.55→45.233 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.42 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THERE ARE SIX NCS-RELATED MOLECULES IN THE ASYMMETRIC UNIT BUT NCS RESTRAINTS WERE NOT USED IN THE REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2614 1634 5 %
Rwork0.2173 --
obs0.2196 32531 98.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 66.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→45.233 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4503 0 238 21 4762
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014806
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0556506
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2031732
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064803
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003771
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.55-2.6250.31971380.2782528X-RAY DIFFRACTION98
2.625-2.70970.27461410.23452564X-RAY DIFFRACTION99
2.7097-2.80660.25441290.2272561X-RAY DIFFRACTION99
2.8066-2.91890.26941220.20692561X-RAY DIFFRACTION99
2.9189-3.05180.24331240.20292594X-RAY DIFFRACTION99
3.0518-3.21260.24551550.20342544X-RAY DIFFRACTION99
3.2126-3.41380.28471410.21542581X-RAY DIFFRACTION99
3.4138-3.67730.31941330.27482470X-RAY DIFFRACTION95
3.6773-4.04720.26631350.21962455X-RAY DIFFRACTION94
4.0472-4.63230.20271430.16772637X-RAY DIFFRACTION99
4.6323-5.83420.25821280.2222664X-RAY DIFFRACTION99
5.8342-45.24030.27381450.2262738X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.5344-1.7846-1.22832.61961.44055.654-0.2364-0.16740.53430.30570.1297-0.0169-0.3029-0.05080.04870.3668-0.07270.00280.36420.00150.421439.635330.376514.4951
26.49813.1981-4.92853.8073-4.6415.94430.06330.1708-0.0176-0.0881-0.4303-0.27850.18510.43420.44940.32720.04420.02150.22360.00820.292432.959424.89316.998
36.1812-0.86740.61727.25151.86653.55840.2374-0.9824-0.79761.33370.15740.50590.8706-0.245-0.54020.6189-0.13290.0730.45390.09970.413127.696112.453625.0446
45.32562.17821.42682.7330.23790.4469-0.87970.45150.3678-1.61560.0128-1.08591.25070.95560.82290.72130.20330.21160.53840.05810.474835.739818.0974-4.0318
53.9595-3.91752.53386.7311.22347.5684-0.4765-0.29630.11330.33910.07520.0802-0.4079-0.27070.13970.3042-0.016-0.04490.34730.01720.401618.086136.31515.7642
66.2142-1.24731.74326.9476-5.28064.0942-0.236-0.7470.36481.1850.1606-0.2483-1.6007-0.95470.0220.42470.05630.05070.3544-0.0110.431722.455327.58224.9112
74.27120.5598-0.67464.5433-5.86067.48650.0276-0.2420.17660.97810.0557-0.2851-1.3521.24460.04170.4141-0.0285-0.02440.2937-0.0560.357432.065129.047823.5369
83.6831.56640.10416.16396.88448.4806-0.12520.8896-0.2987-0.26930.2217-0.6935-1.62550.32540.07590.3743-0.1069-0.04560.35190.05320.381830.222138.9336-2.1218
97.94382.01021.25294.60835.26216.4534-0.0773-2.7832-0.35711.19090.4772-0.6781.38830.0427-0.0670.87620.0266-0.24720.99470.13460.900816.0578.63784.9479
106.52781.5098-0.11742.53410.28746.23280.26170.7334-0.617-0.6135-0.6465-0.1140.66020.40890.58340.53740.1308-0.05360.385-0.00770.423522.009617.3524-5.7542
112.98793.0966-4.02743.4141-4.50587.38780.4795-0.4941-0.33861.0925-0.05710.5173-0.1513-1.4369-0.92260.5528-0.0097-0.01180.4920.10470.417120.086916.724818.8531
123.87020.05511.74263.01390.78487.47050.1294-0.5752-0.10490.43070.31380.33610.1074-1.046-0.49420.19190.04160.01090.41380.03190.392214.866823.471511.4686
139.819-2.82441.56327.44884.05084.4102-0.36570.84350.0632-0.01320.21630.0052-0.30360.31340.12950.3305-0.05840.02070.28910.03960.18430.234737.3709-17.8188
149.1541-0.63891.20588.7596-1.11766.1454-0.3363-0.7205-0.24841.1628-0.2582-0.0118-0.67190.11650.6170.50330.01890.00060.29790.04610.35074.864442.22352.0464
157.47862.4046-3.86462.2754-1.49627.30130.10570.4832-0.093-0.13840.0042-0.81560.49971.33760.08750.57160.102-0.02210.55550.03630.53799.251248.091-25.5931
167.4308-0.6993-0.37427.2932-3.71791.9344-0.4791-0.6647-0.16970.8372-0.4958-0.5114-0.53340.73350.85770.4087-0.0317-0.0490.363-0.02910.356312.926548.9919-1.5611
171.996-8.27761.76276.8955-1.03381.4195-1.028-1.08210.42810.76210.719-0.3480.12760.0067-0.19351.19770.60250.86271.29170.9173.2337-13.355560.2474-2.9379
186.5491-0.8956-0.37547.01430.84070.1103-0.2972-0.95040.49941.2847-0.49480.5992-2.3671-3.20910.48241.05210.48010.06461.1601-0.06130.5394-6.29758.01483.4051
197.4492-0.44134.90657.56460.29153.3105-0.03011.0601-0.6475-0.3561-0.05260.29480.4956-0.4148-0.03750.4214-0.02630.07790.57430.07540.5354-3.113250.8339-27.238
208.6153-2.7865-7.7775.4713.85719.12920.2944-0.7923-0.07110.6587-0.0703-0.09610.0594-0.7768-0.34730.3189-0.0507-0.01090.55030.05930.2046-7.059247.3426-1.2933
212.4636-0.7013-0.18474.3581-4.13544.49470.71490.50380.8550.17830.11680.7429-2.67143.2104-0.11761.4326-0.4565-0.09231.1330.00741.023216.819864.8519-4.7362
222.6222-0.89910.25453.3189-2.49731.9167-0.1823-0.10050.09250.1728-0.1385-0.2638-1.51810.51010.23840.3334-0.0790.00350.30440.0030.42727.475457.7215-15.025
234.26662.72233.17863.55154.34675.442-0.33790.15250.39790.2543-0.09290.7343-2.0242-0.4190.24041.10560.3187-0.02130.35690.0080.4626-0.369762.8966-17.3791
246.22511.48264.36620.36671.21175.7132-0.2001-1.76851.78761.51440.089-0.1238-1.198-0.3446-0.08671.79140.1-0.08230.4452-0.38250.54722.476567.17875.6034
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 6:49)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 50:76)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 77:103)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 104:121)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN B AND RESID 24:64)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN B AND RESID 65:85)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN B AND RESID 86:106)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN B AND RESID 107:120)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN C AND RESID 31:41)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN C AND RESID 42:65)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN C AND RESID 66:80)
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN C AND RESID 81:121)
13X-RAY DIFFRACTION13(CHAIN D AND RESID 14:32)
14X-RAY DIFFRACTION14(CHAIN D AND RESID 33:65)
15X-RAY DIFFRACTION15(CHAIN D AND RESID 66:93)
16X-RAY DIFFRACTION16(CHAIN D AND RESID 94:121)
17X-RAY DIFFRACTION17(CHAIN E AND RESID 35:46)
18X-RAY DIFFRACTION18(CHAIN E AND RESID 47:65)
19X-RAY DIFFRACTION19(CHAIN E AND RESID 66:95)
20X-RAY DIFFRACTION20(CHAIN E AND RESID 96:120)
21X-RAY DIFFRACTION21(CHAIN F AND RESID 29:48)
22X-RAY DIFFRACTION22(CHAIN F AND RESID 49:89)
23X-RAY DIFFRACTION23(CHAIN F AND RESID 90:107)
24X-RAY DIFFRACTION24(CHAIN F AND RESID 108:120)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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