+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4br3 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Determination of potential scaffolds for human choline kinase alpha 1 by chemical deconvolution studies | ||||||
![]() | CHOLINE KINASE ALPHA | ||||||
![]() | TRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() ethanolamine kinase / choline kinase / ethanolamine kinase activity / CDP-choline pathway / choline kinase activity / Synthesis of PE / phosphatidylethanolamine biosynthetic process / lipid droplet disassembly / phosphatidylcholine biosynthetic process / cholinesterase activity ...ethanolamine kinase / choline kinase / ethanolamine kinase activity / CDP-choline pathway / choline kinase activity / Synthesis of PE / phosphatidylethanolamine biosynthetic process / lipid droplet disassembly / phosphatidylcholine biosynthetic process / cholinesterase activity / lipid transport / Synthesis of PC / cellular response to glucose starvation / lipid droplet / lipid metabolic process / protein tyrosine kinase activity / phosphorylation / protein homodimerization activity / ATP binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sahun-Roncero, M. / Rubio-Ruiz, B. / Conejo-Garcia, A. / Velazquez-Campoy, A. / Entrena, A. / Hurtado-Guerrero, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Determination of Potential Scaffolds for Human Choline Kinase Alpha 1 by Chemical Deconvolution Studies 著者: Sahun-Roncero, M. / Rubio-Ruiz, B. / Conejo-Garcia, A. / Velazquez-Campoy, A. / Entrena, A. / Hurtado-Guerrero, R. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 302.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 245.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 921.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 931.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 40.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3g15S S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: _ / Auth seq-ID: 82 - 457 / Label seq-ID: 8 - 383
NCS oper: (Code: given Matrix: (0.2483, -0.8553, 0.454), ベクター: |
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44954.457 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 75-457 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P35790, choline kinase, ethanolamine kinase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.89 % / 解説: NONE |
---|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 73 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.872 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 46439 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 15 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 98.7 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3G15 解像度: 2.2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 13.34 / SU ML: 0.165 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.252 / ESU R Free: 0.211 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. U VALUES WITH TLS ADDED
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.986 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|