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- PDB-4bqo: Structural insights into WcbI, a novel polysaccharide biosynthesi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bqo
タイトルStructural insights into WcbI, a novel polysaccharide biosynthesis enzyme. Native protein without disulfide bond between COA and Cys14.
要素PUTATIVE CAPSULAR POLYSACCHARIDE BIOSYNTHESIS PROTEIN
キーワードTRANSFERASE / ACETYLTRANSFERASE / MELIOIDOSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


Arc Repressor Mutant, subunit A - #2490 / Rossmann fold - #12080 / Polysaccharide biosynthesis enzyme WcbI / Polysaccharide biosynthesis enzyme WcbI / Arc Repressor Mutant, subunit A / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / COENZYME A / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Capsular polysaccharide biosynthesis protein
類似検索 - 構成要素
生物種BURKHOLDERIA PSEUDOMALLEI (類鼻疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.56 Å
データ登録者Vivoli, M. / Ayres, E. / Isupov, M.N. / Harmer, N.J.
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2014
タイトル: Structural Insights Into Wcbi, a Novel Polysaccharide-Biosynthesis Enzyme.
著者: Vivoli, M. / Ayres, E. / Beaumont, E. / Isupov, M.N. / Harmer, N.J.
履歴
登録2013年5月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月26日Group: Database references
改定 1.22014年8月13日Group: Database references
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PUTATIVE CAPSULAR POLYSACCHARIDE BIOSYNTHESIS PROTEIN
B: PUTATIVE CAPSULAR POLYSACCHARIDE BIOSYNTHESIS PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,13245
ポリマ－72,1982
非ポリマー4,93443
水12,556697
1
A: PUTATIVE CAPSULAR POLYSACCHARIDE BIOSYNTHESIS PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,80125
ポリマ－36,0991
非ポリマー2,70224
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PUTATIVE CAPSULAR POLYSACCHARIDE BIOSYNTHESIS PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,33120
ポリマ－36,0991
非ポリマー2,23219
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.200, 67.900, 71.900
Angle α, β, γ (deg.)62.90, 76.20, 69.80
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.99496, 0.02571, 0.09694), (0.01803, -0.99669, 0.07933), (0.09866, -0.07718, -0.99212)
ベクター: -29.85524, 167.77513, 88.77119)

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 PUTATIVE CAPSULAR POLYSACCHARIDE BIOSYNTHESIS PROTEIN / WCBI


分子量: 36098.941 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) BURKHOLDERIA PSEUDOMALLEI (類鼻疽菌)
株: K96243 / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: Q63R74

-
非ポリマー , 5種, 740分子

#2: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A


分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物...
ChemComp-BR / BROMIDE ION


分子量: 79.904 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 697 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: 10% (W/V) PEG 8000, 75 MM LICL, 75 MM MGCL2, 0.05 M HEPES PH 7.0-8.0.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月23日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.56→63.7 Å / Num. obs: 92966 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 31.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 1.56→1.6 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 72.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
xia2データ削減
SCALAデータスケーリング
SHELX位相決定
ARP位相決定
WARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.56→44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 1.634 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.091 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2129 4877 5 %RANDOM
Rwork0.17713 ---
obs0.17894 92900 91.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.464 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.02 Å20.12 Å2-0.35 Å2
2---1.26 Å20.43 Å2
3----0.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.56→44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5027 0 158 697 5882
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0195835
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d1.5271.9898006
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5675760
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.40422.914302
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.785151026
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4291562
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2828
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0214592
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.4296.5022660
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.67510.9533364
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.2617.5613175
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it827.92926052
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.557→1.598 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 294 -
Rwork0.291 5369 -
obs--72.52 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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