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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4bqk | |||||||||
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タイトル | rice importin_alpha : VirD2NLS complex | |||||||||
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![]() | TRANSPORT PROTEIN / HYDROLASE / NUCLEAR LOCALIZATION SIGNAL | |||||||||
機能・相同性 | ![]() induction by symbiont of tumor or growth in host / import into nucleus / nuclear import signal receptor activity / nuclear localization sequence binding / NLS-bearing protein import into nucleus / : / DNA endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / perinuclear region of cytoplasm / DNA binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Chang, C.-W. / Counago, R.M. / Williams, S.J. / Kobe, B. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Basis of Interaction of Bipartite Nuclear Localization Signal from Agrobacterium Vird2 with Rice Importin-Alpha 著者: Chang, C.-W. / Williams, S.J. / Counago, R.M. / Kobe, B. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 484.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 407.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 471.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 483.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 36.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 52.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49384.930 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 73-526 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2462.657 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 415-434 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: PGEX2T-VIRD2NLS / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P18592, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 #3: 化合物 | ChemComp-PEG / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.32 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 6.5 詳細: 16 % PEG3350, 0.1 M BIS-TRISPROPANE PH 6.5, 0.2 M NAF, 0.2 M NDSB-221 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 300 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9536 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→19.72 Å / Num. obs: 85023 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 22.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 6.1 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 97.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 4B8O 解像度: 1.997→19.724 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.05 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.9 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.997→19.724 Å
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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