PDB-4bqd: KD1 of human TFPI in complex with a synthetic peptide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4bqd

タイトル

KD1 of human TFPI in complex with a synthetic peptide

要素

PEPTIDE
TISSUE FACTOR PATHWAY INHIBITOR (LIPOPROTEIN-ASSOCIATED COAGULATION INHIBITOR) VARIANT

キーワード

BLOOD CLOTTING

機能・相同性

機能・相同性情報

Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / endopeptidase inhibitor activity / cellular response to steroid hormone stimulus / negative regulation of blood coagulation / side of membrane / serine-type endopeptidase inhibitor activity / caveola / blood coagulation / cell surface / endoplasmic reticulum ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.48 Å

データ登録者

Griessner, A. / Brandstetter, H.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Small Peptides Blocking Inhibition of Factor Xa and Tissue Factor-Factor Viia by Tissue Factor Pathway Inhibitor (Tfpi)
著者: Dockal, M. / Hartman, R. / Fries, M. / Christella, M. / Thomassen, L.G.D. / Heizman, A. / Ehrlich, H. / Rosing, J. / Osterkamp, F. / Polakowski, T. / Reineke, U. / Griessner, A. / ...

履歴

登録	2013年5月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年12月11日	Group: Database references
改定 1.2	2014年2月5日	Group: Database references
改定 1.3	2015年3月25日	Group: Database references
改定 1.4	2019年7月17日	Group: Advisory / Data collection / Derived calculations カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.5	2025年4月9日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4bqd.cif.gz	91.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4bqd.ent.gz	71.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4bqd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4bqd_validation.pdf.gz	462 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4bqd_full_validation.pdf.gz	465 KB	表示
XML形式データ	4bqd_validation.xml.gz	11.5 KB	表示
CIF形式データ	4bqd_validation.cif.gz	14.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/4bqd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/4bqd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6mo7-3 3euz-1 2r35-d 1elw-2 1rob-d 4odr-1 4bfn-d 4s18-1 2jab-1 1km8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (7) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (7) #46 - 2003年10月トリプシン (Trypsin) 類似性 (7) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (7)

登録構造単位

A: TISSUE FACTOR PATHWAY INHIBITOR (LIPOPROTEIN-ASSOCIATED COAGULATION INHIBITOR) VARIANT

B: TISSUE FACTOR PATHWAY INHIBITOR (LIPOPROTEIN-ASSOCIATED COAGULATION INHIBITOR) VARIANT

C: PEPTIDE

D: PEPTIDE

ヘテロ分子

23.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: TISSUE FACTOR PATHWAY INHIBITOR (LIPOPROTEIN-ASSOCIATED COAGULATION INHIBITOR) VARIANT

C: PEPTIDE

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: TISSUE FACTOR PATHWAY INHIBITOR (LIPOPROTEIN-ASSOCIATED COAGULATION INHIBITOR) VARIANT

D: PEPTIDE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	113.670, 69.320, 42.370
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.97, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2006- HOH
2	1	C-2008- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	C
2	2	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLU	GLU	ARG	ARG	A	A	15 - 78	15 - 78
2	1	GLU	GLU	ARG	ARG	B	B	15 - 78	15 - 78
1	2	PHE	PHE	LEU	LEU	C	C	1 - 20	2 - 21
2	2	PHE	PHE	LEU	LEU	D	D	1 - 20	2 - 21

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	TISSUE FACTOR PATHWAY INHIBITOR (LIPOPROTEIN-ASSOCIATED COAGULATION INHIBITOR) VARIANT 分子量: 9278.473 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 40-118 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q59EE5, UniProt: P10646*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド	PEPTIDE 分子量: 2363.712 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.68 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 0.97
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→20 Å / Num. obs: 12168 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 0.12

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.7.0029 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.48→42.35 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.903 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.855 / SU B: 17.82 / SU ML: 0.196 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.367 / ESU R Free: 0.265 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26207	514	4.7 %	RANDOM
R_work	0.22664	-	-	-
obs	0.2283	10318	92.45 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.516 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.82 Å²	0 Å²	-1.6 Å²
2-	-	5.2 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.48→42.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1507	0	12	72	1591

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	1536
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1446
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.845	1.968	2051
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.126	3.007	3326
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.916	5	177
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.874	23.951	81
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.411	15	279
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.301	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.523	0.2	204
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	1709
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	375
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	3439	0.09
1	2	B	3439	0.09
2	1	C	959	0.14
2	2	D	959	0.14

LS精密化シェル

解像度: 2.482→2.546 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.329	29	-
R_work	0.305	692	-
obs	-	-	86.04 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.0311	-2.5206	2.3228	6.0316	-1.8818	4.7404	-0.2079	-0.1771	0.8764	0.0217	0.0096	-0.081	-0.8999	-0.548	0.1983	0.2262	0.1323	0.0422	0.1216	-0.0305	0.3969	-13.6806	-16.2708	9.9339
2	7.0881	-3.5234	1.1493	7.6496	-0.8403	4.8966	0.0695	-0.1288	-0.7769	-0.0641	0.1257	0.2331	0.817	0.4608	-0.1953	0.1657	0.0966	0.0243	0.1124	0.001	0.2601	14.8306	-41.8889	4.6813
3	0.16	-0.114	1.0876	2.0262	-1.8376	8.306	-0.0279	-0.2095	-0.0183	0.1261	0.2971	0.3653	-0.3724	-1.3738	-0.2692	0.1363	0.0205	0.0423	0.3466	0.0239	0.4034	-15.6987	-25.4721	18.4789
4	12.9509	-8.6428	-2.9321	10.482	1.08	0.8376	-0.2456	-0.5212	0.303	0.4955	0.3052	-0.2255	0.0036	0.1765	-0.0595	0.0928	0.0666	-0.0012	0.2692	-0.0251	0.1788	15.8854	-32.0454	12.2564

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 79
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	15 - 79
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	0 - 20
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	0 - 20

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