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- PDB-4bqa: Crystal structure of the ETS domain of human ETS2 in complex with DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bqa
タイトルCrystal structure of the ETS domain of human ETS2 in complex with DNA
要素
  • 5'-D(*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*GP)-3'
  • 5'-D(*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*TP)-3'
  • PROTEIN C-ETS-2
キーワードTRANSCRIPTION / TRANSCRIPTIONAL REGULATOR / DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


ectodermal cell fate commitment / primitive streak formation / nuclear glucocorticoid receptor binding / mesoderm development / skeletal system development / Oncogene Induced Senescence / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific double-stranded DNA binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific ...ectodermal cell fate commitment / primitive streak formation / nuclear glucocorticoid receptor binding / mesoderm development / skeletal system development / Oncogene Induced Senescence / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific double-stranded DNA binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / cell differentiation / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transforming protein C-ets-2 / Transforming protein C-ets / Ets1, N-terminal flanking region of Ets domain / Ets1 N-terminal flanking region of Ets domain / SAM / Pointed domain / Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / Ets-domain signature 1. / Ets-domain signature 2. ...Transforming protein C-ets-2 / Transforming protein C-ets / Ets1, N-terminal flanking region of Ets domain / Ets1 N-terminal flanking region of Ets domain / SAM / Pointed domain / Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / Ets-domain signature 1. / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Protein C-ets-2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Newman, J.A. / Cooper, C.D.O. / Krojer, T. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A. / Gileadi, O.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural Insights Into the Autoregulation and Cooperativity of the Human Transcription Factor Ets-2.
著者: Newman, J.A. / Cooper, C.D.O. / Aitkenhead, H. / Gileadi, O.
履歴
登録2013年5月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月1日Group: Database references
改定 1.22015年4月15日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN C-ETS-2
B: 5'-D(*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*GP)-3'
C: 5'-D(*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*TP)-3'
D: PROTEIN C-ETS-2
E: 5'-D(*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*GP)-3'
F: 5'-D(*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*TP)-3'
G: PROTEIN C-ETS-2
H: 5'-D(*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*GP)-3'
I: 5'-D(*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*TP)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,6119
ポリマ－67,6119
非ポリマー00
水59433
1
A: PROTEIN C-ETS-2
B: 5'-D(*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*GP)-3'
C: 5'-D(*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*TP)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5373
ポリマ－22,5373
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2700 Å2
ΔGint-18.7 kcal/mol
Surface area9370 Å2
手法PISA
2
G: PROTEIN C-ETS-2
H: 5'-D(*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*GP)-3'
I: 5'-D(*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*TP)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5373
ポリマ－22,5373
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2540 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area7570 Å2
手法PISA
3
D: PROTEIN C-ETS-2
E: 5'-D(*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*GP)-3'
F: 5'-D(*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*TP)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5373
ポリマ－22,5373
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2590 Å2
ΔGint-19.3 kcal/mol
Surface area7340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.674, 96.964, 83.803
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.06, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN C-ETS-2


分子量: 16446.861 Da / 分子数: 3 / 断片: ETS DOMAIN, RESIDUES 325-464 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P15036
#2: DNA鎖 5'-D(*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*GP)-3'


分子量: 3094.042 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト)
#3: DNA鎖 5'-D(*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*TP)-3'


分子量: 2995.967 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細FIRST 2 RESIDUES REMAIN AFTER TEV CLEAVAGE OF HIS TAG

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.76 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.1 M BIS TRIS PH 5.5, 0.25 M NACL, 15% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→48.5 Å / Num. obs: 20136 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 63.45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 2.5→2.62 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ZP5

3zp5


解像度: 2.5→48.482 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 32.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2554 1966 5.1 %
Rwork0.2339 --
obs0.2349 19601 96.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 67.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→48.482 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2459 1212 0 33 3704
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033935
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7895577
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.7431516
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041581
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002504
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5001-2.56260.33831410.32452244X-RAY DIFFRACTION84
2.5626-2.63190.37251390.31362443X-RAY DIFFRACTION91
2.6319-2.70940.35261700.30862505X-RAY DIFFRACTION96
2.7094-2.79680.35281430.3012674X-RAY DIFFRACTION98
2.7968-2.89680.26591190.29762691X-RAY DIFFRACTION99
2.8968-3.01270.36531290.27972672X-RAY DIFFRACTION100
3.0127-3.14980.26311360.25872638X-RAY DIFFRACTION98
3.1498-3.31590.32681380.25522624X-RAY DIFFRACTION96
3.3159-3.52350.3031180.25442521X-RAY DIFFRACTION95
3.5235-3.79550.26051330.22252699X-RAY DIFFRACTION99
3.7955-4.17730.22351420.21242707X-RAY DIFFRACTION100
4.1773-4.78130.19521450.19582638X-RAY DIFFRACTION99
4.7813-6.02210.21341770.20682658X-RAY DIFFRACTION100
6.0221-48.49110.26271360.23292679X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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