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- PDB-4bpk: Bcl-xL bound to alpha beta Puma BH3 peptide 5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bpk
タイトルBcl-xL bound to alpha beta Puma BH3 peptide 5
要素
  • ALPHA BETA BH3-PEPTIDE
  • BCL-2-LIKE PROTEIN 1
キーワードAPOPTOSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / positive regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of fibroblast apoptotic process / apoptotic process in bone marrow cell / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / T cell apoptotic process ...positive regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / positive regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of fibroblast apoptotic process / apoptotic process in bone marrow cell / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / T cell apoptotic process / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / negative regulation of execution phase of apoptosis / regulation of mitochondrial membrane permeability / fertilization / regulation of growth / positive regulation of thymocyte apoptotic process / fibroblast apoptotic process / Bcl-2 family protein complex / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / execution phase of apoptosis / response to cycloheximide / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / hepatocyte apoptotic process / cellular response to alkaloid / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / FOXO-mediated transcription of cell death genes / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / negative regulation of reproductive process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of developmental process / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / apoptotic mitochondrial changes / germ cell development / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / ectopic germ cell programmed cell death / negative regulation of protein localization to plasma membrane / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / ovarian follicle development / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / response to cytokine / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / regulation of mitochondrial membrane potential / cellular response to ionizing radiation / negative regulation of autophagy / intrinsic apoptotic signaling pathway / response to endoplasmic reticulum stress / release of cytochrome c from mitochondria / regulation of cytokinesis / epithelial cell proliferation / determination of adult lifespan / cellular response to amino acid stimulus / positive regulation of protein-containing complex assembly / apoptotic signaling pathway / cellular response to gamma radiation / RAS processing / male gonad development / endocytosis / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / synaptic vesicle membrane / positive regulation of neuron apoptotic process / channel activity / neuron apoptotic process / spermatogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / nuclear membrane / cellular response to hypoxia / defense response to virus / in utero embryonic development / mitochondrial outer membrane / negative regulation of neuron apoptotic process / mitochondrial inner membrane / positive regulation of apoptotic process / mitochondrial matrix / centrosome / DNA damage response / protein kinase binding / negative regulation of apoptotic process / endoplasmic reticulum / mitochondrion / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bcl-2-binding component 3 / Bcl-2-binding component 3, p53 upregulated modulator of apoptosis / Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 ...Bcl-2-binding component 3 / Bcl-2-binding component 3, p53 upregulated modulator of apoptosis / Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Bcl-2-like protein 1 / Bcl-2-binding component 3, isoforms 1/2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.756 Å
データ登録者Smith, B.J. / Lee, E.F. / Checco, J.W. / Gellman, S.H. / Fairlie, W.D.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2013
タイトル: Structure-Guided Rational Design of Alpha/Beta-Peptide Foldamers with High Affinity for Bcl-2 Family Prosurvival Proteins.
著者: Smith, B.J. / Lee, E.F. / Checco, J.W. / Evangelista, M. / Gellman, S.H. / Fairlie, W.D.
履歴
登録2013年5月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月10日Group: Data collection
改定 2.02018年6月20日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _struct_conn_type.id
改定 3.02019年4月24日Group: Data collection / Polymer sequence
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / diffrn_source / entity_poly / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code
改定 3.12019年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 4.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 4.12023年12月20日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 4.22024年5月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp / Item: _chem_comp.type
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BCL-2-LIKE PROTEIN 1
B: BCL-2-LIKE PROTEIN 1
C: ALPHA BETA BH3-PEPTIDE
D: ALPHA BETA BH3-PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,47621
ポリマ－40,6664
非ポリマー1,81017
水2,720151
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10810 Å2
ΔGint-121.5 kcal/mol
Surface area14890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.175, 72.133, 80.579
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 BCL-2-LIKE PROTEIN 1 / BCL2-L-1 / APOPTOSIS REGULATOR BCL-X / BCL-XL


分子量: 17830.881 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-26,83-209 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: BCL-XL WITHOUT C-TERMINAL DOMAIN OR LOOP BETWEEN ALPHA 1 AND ALPHA 2 HELICES
由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PGEX6P3 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q07817
#2: タンパク質・ペプチド ALPHA BETA BH3-PEPTIDE


分子量: 2501.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BXH1*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細DELETION MUTANT CONTAINING RESIDUES 1-40 AND 81-209 DELETION REMOVES 41-80 AND 210-233

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.6 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES, PH7.5 1M SODIUM ACETATE 50MM CADMIUM SULPHATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月22日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→3 Å / Num. obs: 198352 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 21.74
反射 シェル解像度: 1.76→1.82 Å / 冗長度: 9.35 % / Rmerge(I) obs: 0.71 / Mean I/σ(I) obs: 2.39 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.8.2_1309)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2P1L

2p1l


解像度: 1.756→36.066 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 27.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2522 3620 5 %
Rwork0.2192 --
obs0.2209 38364 99.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.756→36.066 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2605 0 23 151 2779
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012933
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0583939
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.031085
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064399
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004520
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7564-1.77950.37411120.35232272X-RAY DIFFRACTION85
1.7795-1.80390.32451420.33632668X-RAY DIFFRACTION98
1.8039-1.82970.34821360.31162618X-RAY DIFFRACTION99
1.8297-1.8570.36981420.28972651X-RAY DIFFRACTION100
1.857-1.8860.28231390.28582646X-RAY DIFFRACTION100
1.886-1.91690.25271430.26672711X-RAY DIFFRACTION100
1.9169-1.950.36711420.28342665X-RAY DIFFRACTION100
1.95-1.98540.32961390.27372666X-RAY DIFFRACTION100
1.9854-2.02360.30661370.26112652X-RAY DIFFRACTION100
2.0236-2.06490.32581480.25192701X-RAY DIFFRACTION100
2.0649-2.10980.24841380.24732696X-RAY DIFFRACTION100
2.1098-2.15890.28011360.25032666X-RAY DIFFRACTION100
2.1589-2.21290.27051360.22862657X-RAY DIFFRACTION100
2.2129-2.27270.29031420.23552646X-RAY DIFFRACTION100
2.2727-2.33960.23641380.22372684X-RAY DIFFRACTION100
2.3396-2.41510.27641440.21762711X-RAY DIFFRACTION100
2.4151-2.50140.2451400.21372652X-RAY DIFFRACTION100
2.5014-2.60150.26921430.22322681X-RAY DIFFRACTION100
2.6015-2.71980.23521440.21562673X-RAY DIFFRACTION100
2.7198-2.86320.27131450.21752680X-RAY DIFFRACTION100
2.8632-3.04250.27931410.20832640X-RAY DIFFRACTION100
3.0425-3.27720.28171370.21872688X-RAY DIFFRACTION100
3.2772-3.60680.22271460.20562696X-RAY DIFFRACTION100
3.6068-4.1280.24421370.17072633X-RAY DIFFRACTION100
4.128-5.19840.15821420.17762661X-RAY DIFFRACTION100
5.1984-36.07410.24771310.23722528X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 18.3088 Å / Origin y: -27.8496 Å / Origin z: -12.7689 Å
111213212223313233
T0.1376 Å20.0291 Å2-0.0422 Å2-0.3573 Å2-0.1274 Å2--0.1263 Å2
L4.1447 °2-4.4369 °20.8859 °2-9.5458 °2-2.0407 °2--1.1506 °2
S-0.2501 Å °-0.417 Å °0.4348 Å °0.4352 Å °0.3343 Å °-0.4398 Å °-0.1077 Å °-0.1191 Å °-0.0167 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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