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- PDB-4bpg: Crystal structure of Bacillus subtilis DltC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bpg
タイトルCrystal structure of Bacillus subtilis DltC
要素D-ALANINE--POLY(PHOSPHORIBITOL) LIGASE SUBUNIT 2
キーワードLIGASE / LIPOTEICHOIC ACID / D-ALANYLATION / PEPTIDYL-CARRIER-PROTEIN / ACYL-CARRIER-PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


D-alanyl carrier activity / lipoteichoic acid biosynthetic process / cell wall organization / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
D-alanyl carrier protein / ACP-like / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
D-alanyl carrier protein
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS SUBTILIS (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Yonus, H. / Zimmermann, S. / Neumann, P. / Stubbs, M.T.
引用ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2015
タイトル: High-Resolution Structures of the D-Alanyl Carrier Protein (Dcp) Dltc from Bacillus Subtilis Reveal Equivalent Conformations of Apo- and Holo-Forms
著者: Zimmermann, S. / Pfennig, S. / Neumann, P. / Yonus, H. / Weininger, U. / Kovermann, M. / Balbach, J. / Stubbs, M.T.
履歴
登録2013年5月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月22日Group: Database references / Other
改定 1.22015年7月29日Group: Database references
改定 1.32015年8月26日Group: Database references
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-ALANINE--POLY(PHOSPHORIBITOL) LIGASE SUBUNIT 2
B: D-ALANINE--POLY(PHOSPHORIBITOL) LIGASE SUBUNIT 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3342
ポリマ－20,3342
非ポリマー00
水79344
1
A: D-ALANINE--POLY(PHOSPHORIBITOL) LIGASE SUBUNIT 2
B: D-ALANINE--POLY(PHOSPHORIBITOL) LIGASE SUBUNIT 2

A: D-ALANINE--POLY(PHOSPHORIBITOL) LIGASE SUBUNIT 2
B: D-ALANINE--POLY(PHOSPHORIBITOL) LIGASE SUBUNIT 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6694
ポリマ－40,6694
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+1/61
Buried area4350 Å2
ΔGint-26.3 kcal/mol
Surface area15580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.680, 72.680, 110.308
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 D-ALANINE--POLY(PHOSPHORIBITOL) LIGASE SUBUNIT 2 / DLTC / D-ALANYL CARRIER PROTEIN / DCP


分子量: 10167.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PHOSPHOSERINE FROM S36 MODIFICATION WITH COFACTOR / 由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / プラスミド: PQE-60 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P39579, EC: 6.1.1.13
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細LAST 8 RESIDUES FROM EXPRESSION CONSTRUCT

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.7
詳細: 0.1 M SODIUM ACETATE, 0.2 M AMMONIUM ACETATE, 30 % PEG 4000, PH 5.7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→62.94 Å / Num. obs: 9306 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 11.2 % / Biso Wilson estimate: 38.76 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 11.5 % / Rmerge(I) obs: 0.81 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4BPF

4bpf


解像度: 2.2→23.909 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.52 / 位相誤差: 23.17 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: RESIDUES 81-86 ARE DISORDERED.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2369 791 4.8 %
Rwork0.2091 --
obs0.2105 9293 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 58.93 Å2 / ksol: 0.381 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 51.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.3541 Å20 Å20 Å2
2---1.3541 Å20 Å2
3---1.8477 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→23.909 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1301 0 0 44 1345
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021320
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5341796
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.048499
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04211
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002237
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.24780.381760.2739939X-RAY DIFFRACTION100
2.2478-2.30010.3164570.2657977X-RAY DIFFRACTION100
2.3001-2.35750.2964500.2723988X-RAY DIFFRACTION100
2.3575-2.42120.2835480.24111002X-RAY DIFFRACTION100
2.4212-2.49240.2523520.2271969X-RAY DIFFRACTION100
2.4924-2.57270.2666570.23969X-RAY DIFFRACTION100
2.5727-2.66460.2646450.2217983X-RAY DIFFRACTION100
2.6646-2.77110.2301400.2119996X-RAY DIFFRACTION100
2.7711-2.8970.2747440.19881001X-RAY DIFFRACTION100
2.897-3.04950.206390.1995997X-RAY DIFFRACTION100
3.0495-3.24010.2429550.1978951X-RAY DIFFRACTION100
3.2401-3.48960.2514400.20181014X-RAY DIFFRACTION100
3.4896-3.83940.1937500.1762981X-RAY DIFFRACTION100
3.8394-4.3920.2637410.1773993X-RAY DIFFRACTION100
4.392-5.52220.1815490.197995X-RAY DIFFRACTION100
5.5222-23.91070.2031480.2036981X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.9258-2.0579-0.96889.38120.77653.30070.00810.32270.10020.0416-0.1658-0.2672-0.07470.02020.13030.25580.0109-0.07630.2494-0.01730.0983-20.710914.38183.3359
29.30511.76272.4351.72460.31085.84060.694-0.0321-0.31580.5817-0.1292-0.18120.8799-0.0205-0.47420.55650.0561-0.19840.2161-0.05790.2151-14.450819.741124.5072
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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