PDB-4bn7: Nitroreductase CinD from Lactococcus lactis in complex with 2,6- ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4bn7

タイトル

Nitroreductase CinD from Lactococcus lactis in complex with 2,6- dichlorophenolindophenol

要素

COPPER INDUCED NITROREDUCTASE D

キーワード

OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to oxidative stress / oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

LACTOCOCCUS LACTIS (乳酸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.723 Å

データ登録者

Waltersperger, S. / Baumgartner, R. / Oberholzer, A.E.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Nitroreductase Cind from Lactococcus Lactis
著者: Waltersperger, S. / Baumgartner, R. / Oberholzer, A.E.

履歴

登録	2013年5月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年5月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2023年12月20日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4bn7.cif.gz	128.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4bn7.ent.gz	101 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4bn7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/4bn7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/4bn7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4bn8C 4bn9C 2wqfS 4bn6 4bnb C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4bn9-1 4bnb-1 4bn8-1 4bn6-1 6d6l-1 4ejm-d 1yux-d 6d6l-2 2ifa-1 3i3t-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: COPPER INDUCED NITROREDUCTASE D

ヘテロ分子

23.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: COPPER INDUCED NITROREDUCTASE D

ヘテロ分子

A: COPPER INDUCED NITROREDUCTASE D

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.109, 121.944, 68.888
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2146- HOH

#1: タンパク質	COPPER INDUCED NITROREDUCTASE D / PUTATIVE UNCHARACTERIZED PROTEIN YTJD 分子量: 22431.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: - FLAVIN MONONUCLEOTIDE COFACTOR - IN COMPLEX WITH 2,6-DICHLOROPHENOLINDOPHENOL 由来: (組換発現) LACTOCOCCUS LACTIS (乳酸菌) / 株: IL1403 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5[ALPHA] / 参照: UniProt: Q9CED0
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-RLM / 2,6-bis(chloranyl)-4-[(4-hydroxyphenyl)amino]phenol / 2,6-ジクロロ[4,4′-イミノビスフェノ-ル] 分子量: 270.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₉Cl₂NO₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.57 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.72→100 Å / Num. obs: 24444 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2.2 / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 17
反射シェル	解像度: 1.72→1.83 Å / R_merge(I) obs: 0.75 / Mean I/σ(I) obs: 2.25 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WQF

2wqf

解像度: 1.723→49.459 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 2 / 位相誤差: 16.66 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1776	1223	5 %
R_work	0.1529	-	-
obs	0.1542	24434	99.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.723→49.459 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1486	0	48	230	1764

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	1580
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.983	2150
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.856	575
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	230
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	275

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7231-1.7921	0.2675	132	0.2318	2513	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7921-1.8737	0.2586	134	0.202	2551	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8737-1.9725	0.1964	135	0.1794	2552	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9725-2.0961	0.1929	134	0.1514	2552	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0961-2.2579	0.1438	135	0.1367	2554	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2579-2.4851	0.1821	135	0.1361	2572	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4851-2.8447	0.1754	137	0.1417	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8447-3.5839	0.1611	137	0.1417	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5839-49.4791	0.164	144	0.1518	2720	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.3861	-0.332	1.3762	1.3445	-1.559	2.3243	-0.0036	-0.2548	0.0429	-0.0024	-0.0128	0.0282	-0.0899	-0.2444	0.0559	0.1366	0.0345	0.0306	0.0571	-0.0359	0.1045	-11.7042	29.971	14.0707
2	3.5162	-1.4834	2.0761	3.8885	0.0363	3.8609	-0.0426	0.4927	0.5566	-0.2161	-0.1551	-0.0009	-0.334	0.1107	0.1293	0.1479	-0.0014	0.0066	0.1241	0.0404	0.1207	-2.0205	29.3858	2.5182
3	4.0877	3.6368	-0.6967	5.3489	1.8992	5.9841	-0.1227	-0.0349	-0.3165	0.0826	0.0573	-0.1349	0.3682	0.2403	0.041	0.0783	0.015	0.0216	0.0835	0.0096	0.0875	9.0833	17.9305	9.589
4	1.6459	0.6451	-1.2154	1.688	-0.1908	1.3473	0.1406	0.4516	-0.2685	-0.3702	-0.0679	0.34	0.2033	-0.2812	-0.0482	0.2142	-0.0144	-0.052	0.1603	-0.0499	0.1598	-13.441	17.3795	-1.4123
5	3.1207	0.5757	-0.0199	3.2858	0.6364	3.618	-0.1841	0.0187	-0.6767	0.1476	0.1295	0.8239	0.5365	-0.5269	-0.058	0.2106	-0.0651	0.0055	0.2897	-0.041	0.4284	-22.4064	11.1815	4.465
6	4.3745	-3.6541	1.0292	4.6803	-0.6837	2.7637	0.0631	0.2733	-0.3314	-0.0639	-0.1039	-0.24	0.4385	0.4704	0.0043	0.1822	0.0246	0.0257	0.1357	-0.0217	0.2099	4.5516	9.0971	5.6712
7	3.338	-1.0135	0.2842	3.3542	0.1046	2.3446	-0.0162	-0.1503	-0.1902	0.0248	0.0229	-0.1673	0.2945	0.1638	0.0081	0.1145	-0.0026	0.0159	0.0848	0.0093	0.0717	-0.6659	17.0378	13.3678
8	2.3736	0.8467	-0.2312	3.2187	-1.2948	6.1796	0.0024	0.3955	-0.512	-0.2444	-0.0901	0.2629	0.5633	-0.163	0.0348	0.247	-0.0318	-0.0331	0.1713	-0.0952	0.2886	-11.8927	7.4441	2.1321
9	1.2924	-0.1842	0.7014	0.6434	-0.3771	2.0842	-0.0425	-0.0401	-0.1006	-0.0071	0.0387	0.0555	0.0764	-0.1291	0.0299	0.0865	-0.0317	0.0247	0.0606	0.0142	0.1217	-8.2101	18.7092	16.9424

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 2 THROUGH 22 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 23 THROUGH 35 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 36 THROUGH 45 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESID 46 THROUGH 62 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESID 63 THROUGH 96 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESID 97 THROUGH 115 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESID 116 THROUGH 151 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN A AND (RESID 152 THROUGH 164 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN A AND (RESID 165 THROUGH 202 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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