PDB-4bmv: Short-chain dehydrogenase from Sphingobium yanoikuyae in complex ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4bmv

タイトル

Short-chain dehydrogenase from Sphingobium yanoikuyae in complex with NADPH

要素

SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) /

BIOCATALYST (酵素)

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

SPHINGOBIUM YANOIKUYAE (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Man, H. / Kedziora, K. / Lavandera-Garcia, I. / Gotor-Fernandez, V. / Grogan, G.

引用

ジャーナル: Top.Catal. / 年: 2014
タイトル: Structures of Alcohol Dehydrogenases from Ralstonia and Sphingobium Spp. Reveal the Molecular Basis for Their Recognition of 'Bulky-Bulky' Ketones
著者: Man, H. / Kedziora, K. / Kulig, J. / Frank, A. / Lavandera, I. / Gotor-Fernandez, V. / Rother, D. / Hart, S. / Turkenburg, J.P. / Grogan, G.

履歴

登録	2013年5月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年3月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4bmv.cif.gz	478.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4bmv.ent.gz	396.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4bmv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bm/4bmv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bm/4bmv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4bmnC 4bmsC 3p19S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2id4-2 2id4-1 1r64-2 5na1-d 4f7b-4 3mjs-2 4dif-2 1jhd-d 3mjv-1 4qfu-8 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE

B: SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE

C: SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE

D: SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE

E: SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE

F: SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE

G: SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE

H: SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE

I: SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE

J: SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

286 kDa, 10 ポリマー
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1

A: SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE

B: SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
57.3 kDa, 2 ポリマー
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2

C: SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE

D: SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

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3

E: SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE

F: SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE

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4

H: SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE

I: SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE

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5

G: SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE

J: SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

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単位格子

Length a, b, c (Å)	144.910, 86.840, 155.610
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.36, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Refine code: 0

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	THR	THR	ARG	ARG	A	A	3 - 257	3 - 257
2	1	THR	THR	ARG	ARG	B	B	3 - 257	3 - 257
1	2	THR	THR	ARG	ARG	A	A	3 - 257	3 - 257
2	2	THR	THR	ARG	ARG	C	C	3 - 257	3 - 257
1	3	THR	THR	ARG	ARG	A	A	3 - 257	3 - 257
2	3	THR	THR	ARG	ARG	D	D	3 - 257	3 - 257
1	4	THR	THR	ARG	ARG	A	A	3 - 257	3 - 257
2	4	THR	THR	ARG	ARG	E	E	3 - 257	3 - 257
1	5	LEU	LEU	ARG	ARG	A	A	4 - 257	4 - 257
2	5	LEU	LEU	ARG	ARG	F	F	4 - 257	4 - 257
1	6	LEU	LEU	ARG	ARG	A	A	4 - 257	4 - 257
2	6	LEU	LEU	ARG	ARG	G	G	4 - 257	4 - 257
1	7	LEU	LEU	ARG	ARG	A	A	4 - 257	4 - 257
2	7	LEU	LEU	ARG	ARG	H	H	4 - 257	4 - 257
1	8	LEU	LEU	TYR	TYR	A	A	4 - 258	4 - 258
2	8	LEU	LEU	TYR	TYR	I	I	4 - 258	4 - 258
1	9	LEU	LEU	ARG	ARG	A	A	4 - 257	4 - 257
2	9	LEU	LEU	ARG	ARG	J	J	4 - 257	4 - 257
1	10	THR	THR	TYR	TYR	B	B	3 - 258	3 - 258
2	10	THR	THR	TYR	TYR	C	C	3 - 258	3 - 258
1	11	THR	THR	ARG	ARG	B	B	3 - 259	3 - 259
2	11	THR	THR	ARG	ARG	D	D	3 - 259	3 - 259
1	12	THR	THR	ARG	ARG	B	B	3 - 259	3 - 259
2	12	THR	THR	ARG	ARG	E	E	3 - 259	3 - 259
1	13	LEU	LEU	TYR	TYR	B	B	4 - 258	4 - 258
2	13	LEU	LEU	TYR	TYR	F	F	4 - 258	4 - 258
1	14	LEU	LEU	TYR	TYR	B	B	4 - 258	4 - 258
2	14	LEU	LEU	TYR	TYR	G	G	4 - 258	4 - 258
1	15	LEU	LEU	TYR	TYR	B	B	4 - 258	4 - 258
2	15	LEU	LEU	TYR	TYR	H	H	4 - 258	4 - 258
1	16	LEU	LEU	ARG	ARG	B	B	4 - 257	4 - 257
2	16	LEU	LEU	ARG	ARG	I	I	4 - 257	4 - 257
1	17	LEU	LEU	ARG	ARG	B	B	4 - 259	4 - 259
2	17	LEU	LEU	ARG	ARG	J	J	4 - 259	4 - 259
1	18	THR	THR	TYR	TYR	C	C	3 - 258	3 - 258
2	18	THR	THR	TYR	TYR	D	D	3 - 258	3 - 258
1	19	THR	THR	TYR	TYR	C	C	3 - 258	3 - 258
2	19	THR	THR	TYR	TYR	E	E	3 - 258	3 - 258
1	20	LEU	LEU	TYR	TYR	C	C	4 - 258	4 - 258
2	20	LEU	LEU	TYR	TYR	F	F	4 - 258	4 - 258
1	21	LEU	LEU	TYR	TYR	C	C	4 - 258	4 - 258
2	21	LEU	LEU	TYR	TYR	G	G	4 - 258	4 - 258
1	22	LEU	LEU	TYR	TYR	C	C	4 - 258	4 - 258
2	22	LEU	LEU	TYR	TYR	H	H	4 - 258	4 - 258
1	23	LEU	LEU	ARG	ARG	C	C	4 - 257	4 - 257
2	23	LEU	LEU	ARG	ARG	I	I	4 - 257	4 - 257
1	24	LEU	LEU	TYR	TYR	C	C	4 - 258	4 - 258
2	24	LEU	LEU	TYR	TYR	J	J	4 - 258	4 - 258
1	25	THR	THR	ARG	ARG	D	D	3 - 259	3 - 259
2	25	THR	THR	ARG	ARG	E	E	3 - 259	3 - 259
1	26	LEU	LEU	TYR	TYR	D	D	4 - 258	4 - 258
2	26	LEU	LEU	TYR	TYR	F	F	4 - 258	4 - 258
1	27	LEU	LEU	TYR	TYR	D	D	4 - 258	4 - 258
2	27	LEU	LEU	TYR	TYR	G	G	4 - 258	4 - 258
1	28	LEU	LEU	TYR	TYR	D	D	4 - 258	4 - 258
2	28	LEU	LEU	TYR	TYR	H	H	4 - 258	4 - 258
1	29	LEU	LEU	ARG	ARG	D	D	4 - 257	4 - 257
2	29	LEU	LEU	ARG	ARG	I	I	4 - 257	4 - 257
1	30	LEU	LEU	ARG	ARG	D	D	4 - 259	4 - 259
2	30	LEU	LEU	ARG	ARG	J	J	4 - 259	4 - 259
1	31	LEU	LEU	TYR	TYR	E	E	4 - 258	4 - 258
2	31	LEU	LEU	TYR	TYR	F	F	4 - 258	4 - 258
1	32	LEU	LEU	TYR	TYR	E	E	4 - 258	4 - 258
2	32	LEU	LEU	TYR	TYR	G	G	4 - 258	4 - 258
1	33	LEU	LEU	TYR	TYR	E	E	4 - 258	4 - 258
2	33	LEU	LEU	TYR	TYR	H	H	4 - 258	4 - 258
1	34	LEU	LEU	ARG	ARG	E	E	4 - 257	4 - 257
2	34	LEU	LEU	ARG	ARG	I	I	4 - 257	4 - 257
1	35	LEU	LEU	ARG	ARG	E	E	4 - 259	4 - 259
2	35	LEU	LEU	ARG	ARG	J	J	4 - 259	4 - 259
1	36	LEU	LEU	ARG	ARG	F	F	4 - 259	4 - 259
2	36	LEU	LEU	ARG	ARG	G	G	4 - 259	4 - 259
1	37	LEU	LEU	ARG	ARG	F	F	4 - 259	4 - 259
2	37	LEU	LEU	ARG	ARG	H	H	4 - 259	4 - 259
1	38	LEU	LEU	TYR	TYR	F	F	4 - 258	4 - 258
2	38	LEU	LEU	TYR	TYR	I	I	4 - 258	4 - 258
1	39	LEU	LEU	ARG	ARG	F	F	4 - 259	4 - 259
2	39	LEU	LEU	ARG	ARG	J	J	4 - 259	4 - 259
1	40	LEU	LEU	ARG	ARG	G	G	4 - 259	4 - 259
2	40	LEU	LEU	ARG	ARG	H	H	4 - 259	4 - 259
1	41	LEU	LEU	TYR	TYR	G	G	4 - 258	4 - 258
2	41	LEU	LEU	TYR	TYR	I	I	4 - 258	4 - 258
1	42	LEU	LEU	ARG	ARG	G	G	4 - 259	4 - 259
2	42	LEU	LEU	ARG	ARG	J	J	4 - 259	4 - 259
1	43	LEU	LEU	TYR	TYR	H	H	4 - 258	4 - 258
2	43	LEU	LEU	TYR	TYR	I	I	4 - 258	4 - 258
1	44	LEU	LEU	ARG	ARG	H	H	4 - 259	4 - 259
2	44	LEU	LEU	ARG	ARG	J	J	4 - 259	4 - 259
1	45	LEU	LEU	ARG	ARG	I	I	4 - 257	4 - 257
2	45	LEU	LEU	ARG	ARG	J	J	4 - 257	4 - 257

NCSアンサンブル:
NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-1), (1), (-1)
2	given	(-1, 0.000422, -0.01564), (-0.000447, -1, 0.01565), (-0.01564, 0.001565, 1)	28.74, -0.2205, 0.02745
3	given	(0.9586, 0.187, 0.2149), (0.1996, 0.09759, -0.975), (-0.2033, 0.9775, 0.05622)	11.17, 55.58, 54.97
4	given	(-0.9622, -0.1767, -0.2073), (-0.1922, -0.09907, 0.9764), (-0.193, 0.9793, 0.06134)	16.67, -55.49, 54.8
5	given	(-0.9585, -0.187, 0.215), (-0.1996, -0.09817, -0.975), (0.2035, -0.9774, 0.05678)	38.58, 61.29, 49.01
6	given	(0.9619, 0.1766, -0.2085), (0.1935, 0.09842, 0.9762), (0.1929, -0.9793, 0.0605)	-10.81, -61.11, 49.21
7	given	(-0.9239, -0.3825, 0.0102), (-0.3798, 0.9136, -0.1453), (0.04624, -0.1381, -0.9893)	72.52, 21.81, 107.3
8	given	(0.9237, 0.3831, 0.001582), (0.3791, -0.9135, -0.1474), (-0.05503, 0.1368, -0.9891)	46.32, 10.86, 108.4
9	given	(-0.9251, -0.3796, -0.003098), (-0.3757, 0.9145, 0.1503), (-0.05423, 0.1402, -0.9886)	-17.71, -10.81, 108.4
10	given	(0.9246, 0.3806, -0.01668), (0.3789, -0.9139, 0.1456), (0.04017, -0.1409, -0.9892)	-43.84, -21.75, 107.7

#1: タンパク質	SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE / / ALCOHOL DEHYDROGENASE 分子量: 27901.842 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SPHINGOBIUM YANOIKUYAE (バクテリア) プラスミド: PETYSBLIC-3C / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: B9U359, アルコールデヒドロゲナーゼ
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸分子量: 743.405 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 62 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 5.5 詳細: 0.1M MES BUFFER PH 5.5 WITH 0.3 M SODIUM ACETATE AND 15% (W/V) PEG 4K, WITH A PROTEIN CONCENTRATION OF 20 MG ML-1. CRYSTALS WERE SOAKED WITH 10 MM NADPH FOR 5 MIN

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949
検出器	日付: 2012年12月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→139 Å / Num. obs: 133601 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 8.2
反射シェル	解像度: 2.5→2.56 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0033	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3P19

3p19

解像度: 2.5→139.04 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.903 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.888 / SU B: 9.134 / SU ML: 0.202 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.402 / ESU R Free: 0.256 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25055	6490	5.1 %	RANDOM
R_work	0.23388	-	-	-
obs	0.23472	121980	99.76 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.145 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.63 Å²	0 Å²	0.48 Å²
2-	-	-2.07 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→139.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18922	0	480	290	19692

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	19709
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.008	0.02	19175
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.604	2.001	26878
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.16	3	43616
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.025	5	2549
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.534	22.623	793
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.971	15	3028
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.594	15	215
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	3206
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	22430
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	4489
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.473	3.504	10236
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.473	3.504	10235
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.728	5.246	12771
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.7	3.639	9473
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	15517	0.02
1	2	B	15517	0.02
2	1	A	15446	0.03
2	2	C	15446	0.03
3	1	A	15462	0.03
3	2	D	15462	0.03
4	1	A	15501	0.03
4	2	E	15501	0.03
5	1	A	15338	0.03
5	2	F	15338	0.03
6	1	A	15224	0.02
6	2	G	15224	0.02
7	1	A	15195	0.02
7	2	H	15195	0.02
8	1	A	14320	0.03
8	2	I	14320	0.03
9	1	A	14752	0.03
9	2	J	14752	0.03
10	1	B	15482	0.04
10	2	C	15482	0.04
11	1	B	15547	0.04
11	2	D	15547	0.04
12	1	B	15583	0.04
12	2	E	15583	0.04
13	1	B	15360	0.04
13	2	F	15360	0.04
14	1	B	15252	0.03
14	2	G	15252	0.03
15	1	B	15228	0.03
15	2	H	15228	0.03
16	1	B	14215	0.04
16	2	I	14215	0.04
17	1	B	14864	0.03
17	2	J	14864	0.03
18	1	C	15519	0.02
18	2	D	15519	0.02
19	1	C	15579	0.03
19	2	E	15579	0.03
20	1	C	15393	0.03
20	2	F	15393	0.03
21	1	C	15288	0.03
21	2	G	15288	0.03
22	1	C	15262	0.03
22	2	H	15262	0.03
23	1	C	14232	0.04
23	2	I	14232	0.04
24	1	C	14785	0.03
24	2	J	14785	0.03
25	1	D	15602	0.03
25	2	E	15602	0.03
26	1	D	15467	0.03
26	2	F	15467	0.03
27	1	D	15269	0.02
27	2	G	15269	0.02
28	1	D	15244	0.02
28	2	H	15244	0.02
29	1	D	14251	0.03
29	2	I	14251	0.03
30	1	D	14819	0.03
30	2	J	14819	0.03
31	1	E	15430	0.04
31	2	F	15430	0.04
32	1	E	15308	0.03
32	2	G	15308	0.03
33	1	E	15281	0.03
33	2	H	15281	0.03
34	1	E	14257	0.04
34	2	I	14257	0.04
35	1	E	14827	0.03
35	2	J	14827	0.03
36	1	F	15213	0.04
36	2	G	15213	0.04
37	1	F	15186	0.04
37	2	H	15186	0.04
38	1	F	14262	0.04
38	2	I	14262	0.04
39	1	F	14770	0.03
39	2	J	14770	0.03
40	1	G	15291	0.03
40	2	H	15291	0.03
41	1	G	14261	0.03
41	2	I	14261	0.03
42	1	G	14645	0.03
42	2	J	14645	0.03
43	1	H	14169	0.04
43	2	I	14169	0.04
44	1	H	14641	0.03
44	2	J	14641	0.03
45	1	I	14261	0.03
45	2	J	14261	0.03

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.288	494	-
R_work	0.286	8963	-
obs	-	-	99.74 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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