PDB-4bmj: Structure of the UBZ1and2 tandem of the ubiquitin-binding adaptor...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4bmj

タイトル

Structure of the UBZ1and2 tandem of the ubiquitin-binding adaptor protein TAX1BP1

要素

TAX1-BINDING PROTEIN 1

キーワード

APOPTOSIS / UBZ DOMAINS / UBIQUITIN / INFLAMMATION

機能・相同性

機能・相同性情報

protein localization to phagocytic vesicle / negative regulation of cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / negative regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / phagophore assembly site / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / autophagosome / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / Regulation of TNFR1 signaling / autophagy / kinase binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Ceregido, M.A. / Spinola-Amilibia, M. / Buts, L. / Rivera, J. / Bravo, J. / van Nuland, N.A.J.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: The Structure of Tax1BP1 Ubz1 + 2 Provides Insight Into Target Specificity and Adaptability
著者: Ceregido, M.A. / Spinola-Amilibia, M. / Buts, L. / Rivera-Torres, J. / Garcia-Pino, A. / Bravo, J. / Van Nuland, N.A.J.

履歴

登録	2013年5月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年11月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年11月27日	Group: Database references
改定 1.2	2014年2月5日	Group: Database references
改定 1.3	2017年8月9日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_detector / refine / Item: _diffrn_detector.type / _refine.pdbx_starting_model
改定 1.4	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4bmj.cif.gz	303.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4bmj.ent.gz	250.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4bmj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4bmj_validation.pdf.gz	532.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4bmj_full_validation.pdf.gz	564.2 KB	表示
XML形式データ	4bmj_validation.xml.gz	29.7 KB	表示
CIF形式データ	4bmj_validation.cif.gz	41.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bm/4bmj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bm/4bmj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2m7qC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1df5-d 6cum-d 5iiv-d 3f50-d 2mwt-d 2l77-d 2kya-d 1rkl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (2) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: TAX1-BINDING PROTEIN 1

B: TAX1-BINDING PROTEIN 1

C: TAX1-BINDING PROTEIN 1

D: TAX1-BINDING PROTEIN 1

E: TAX1-BINDING PROTEIN 1

F: TAX1-BINDING PROTEIN 1

G: TAX1-BINDING PROTEIN 1

H: TAX1-BINDING PROTEIN 1

I: TAX1-BINDING PROTEIN 1

J: TAX1-BINDING PROTEIN 1

K: TAX1-BINDING PROTEIN 1

ヘテロ分子

93.5 kDa, 11 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: TAX1-BINDING PROTEIN 1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
8.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: TAX1-BINDING PROTEIN 1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
8.53 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: TAX1-BINDING PROTEIN 1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
8.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: TAX1-BINDING PROTEIN 1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
8.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

E: TAX1-BINDING PROTEIN 1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
8.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

F: TAX1-BINDING PROTEIN 1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
8.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

7

G: TAX1-BINDING PROTEIN 1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
8.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

8

H: TAX1-BINDING PROTEIN 1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
8.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

9

I: TAX1-BINDING PROTEIN 1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
8.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

10

J: TAX1-BINDING PROTEIN 1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
8.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

11

K: TAX1-BINDING PROTEIN 1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
8.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	118.878, 118.878, 327.345
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	C
2	1	A
3	1	B
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H
9	1	I
10	1	J
11	1	K

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 16 - 60 / Label seq-ID: 16 - 60

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	C	C
2	A	A
3	B	B
4	D	D
5	E	E
6	F	F
7	G	G
8	H	H
9	I	I
10	J	J
11	K	K

#1: タンパク質	TAX1-BINDING PROTEIN 1 / TRAF6-BINDING PROTEIN / TAX1BP1 分子量: 8332.310 Da / 分子数: 11 / 断片: RESIDUES 725-789 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET28-6XHIS-PP/TAX1BP1_725-789 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA PLYSS / 参照: UniProt: Q86VP1
#2: 化合物	... ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.3 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M TRIS PH 8.5, 1 M LISO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 130 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月13日 / 詳細: MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.59→51.5 Å / Num. obs: 43605 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.1 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 6.38
反射シェル	解像度: 2.59→2.73 Å / 冗長度: 10.44 % / R_merge(I) obs: 0.79 / Mean I/σ(I) obs: 0.96 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.4.0067	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.75→103.14 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU B: 20.779 / SU ML: 0.234 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.436 / ESU R Free: 0.293 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25459	1823	5 %	RANDOM
R_work	0.21471	-	-	-
obs	0.21673	34714	99.94 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.732 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.79 Å²	-1.89 Å²	0 Å²
2-	-	-3.79 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.75→103.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5761	0	34	92	5887

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.021	5977
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.346	1.914	8104
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.622	5	666
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.152	25.359	362
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.353	15	971
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	27.094	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	772
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.022	4826
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.447	1.5	3443
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.872	2	5658
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.163	3	2534
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.843	4.5	2446
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 389 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	C	medium positional	0.33	0.5
2	A	medium positional	0.32	0.5
3	B	medium positional	0.32	0.5
4	D	medium positional	0.39	0.5
5	E	medium positional	0.36	0.5
6	F	medium positional	0.47	0.5
7	G	medium positional	0.41	0.5
8	H	medium positional	0.44	0.5
9	I	medium positional	0.34	0.5
10	J	medium positional	0.36	0.5
11	K	medium positional	0.3	0.5
1	C	medium thermal	0.49	2
2	A	medium thermal	0.58	2
3	B	medium thermal	0.63	2
4	D	medium thermal	0.52	2
5	E	medium thermal	0.53	2
6	F	medium thermal	0.51	2
7	G	medium thermal	0.4	2
8	H	medium thermal	0.52	2
9	I	medium thermal	0.63	2
10	J	medium thermal	0.72	2
11	K	medium thermal	0.57	2

LS精密化シェル

解像度: 2.75→2.821 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.366	126	-
R_work	0.32	2521	-
obs	-	-	99.96 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4834	-0.0029	-0.0346	3.8474	3.0546	12.2321	-0.1996	-0.0092	-0.2604	-0.1391	0.0087	0.2183	0.3085	0.2139	0.1909	-0.5266	-0.0048	-0.0142	0.0852	0.0142	-0.0643	92.7214	24.374	167.1227
2	3.6193	-2.1936	-2.1083	7.2695	4.9203	9.8326	-0.3646	-0.3789	-0.119	0.0358	0.4209	0.2224	-0.4055	0.4471	-0.0563	-0.6685	0.0245	-0.0024	0.2923	0.0512	-0.129	81.8322	33.1302	175.2845
3	0.9795	-0.4147	-0.1933	11.2031	4.5644	5.0122	-0.1692	0.0522	-0.1939	0.3124	0.1302	0.4811	0.3858	0.0307	0.039	-0.5827	-0.0147	0.01	0.1795	0.0384	0.145	71.4274	22.0284	170.6485
4	0.9449	0.0067	-0.2489	12.8408	4.1513	4.9899	-0.0942	0.0369	0.0681	-0.367	0.0383	0.2744	-0.3908	0.0617	0.056	-0.488	-0.012	-0.0152	0.1854	0.0167	0.1242	60.1055	34.9199	172.6433
5	1.2102	0.8981	-0.0008	15.1732	1.9048	3.9073	-0.0291	0.0131	-0.0739	0.2984	0.0898	-0.3173	0.3891	0.1556	-0.0608	-0.5725	0.0316	-0.0061	0.1995	0.0283	0.2253	49.3695	22.691	173.6835
6	0.9967	0.0408	-0.2788	14.5954	-2.2243	4.6348	-0.0918	0.066	0.1867	-0.681	0.1093	-0.3409	-0.2085	0.1537	-0.0174	-0.5678	-0.0224	-0.0355	0.1622	0.0232	0.1431	38.4696	33.0926	168.8973
7	2.4276	0.5146	0.0147	10.7016	-4.0303	5.8616	-0.1299	-0.0835	-0.1282	0.5584	-0.0251	-0.4492	0.0613	0.0914	0.1549	-0.5934	0.0552	-0.0043	0.1473	0.0556	-0.0091	27.8194	24.2417	176.6165
8	0.8647	-0.8276	0.5783	9.8497	-6.8574	9.004	-0.2201	0.1317	0.1418	-0.695	-0.0375	-0.4505	0.1591	0.0341	0.2576	-0.5773	-0.0223	-0.0032	0.1818	0.0663	-0.0981	16.7692	32.8874	164.3383
9	1.5508	-0.0258	1.0255	4.932	-2.8701	10.9506	-0.3118	-0.0414	-0.0842	0.6657	0.0227	-0.2295	-0.2315	-0.2022	0.289	-0.5435	0.0161	0.0117	0.1544	0.0273	-0.2073	6.9072	27.4038	179.8661
10	1.4159	-0.4201	-1.0517	3.141	-0.838	12.4524	-0.1787	0.0704	-0.035	-0.304	-0.0526	-0.049	0.3412	0.1435	0.2313	-0.5058	-0.0498	-0.0227	0.117	-0.0006	-0.1329	-4.2647	27.6723	164.3534
11	2.1532	0.3496	0.3121	3.2144	0.3542	12.9631	-0.1936	-0.1832	0.0328	0.2769	-0.037	0.1532	-0.3624	0.078	0.2306	-0.534	0.017	0.0024	0.1121	-0.0011	-0.1102	-15.5528	30.8696	177.3749

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 69
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 69
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 69
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 69
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 69
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 69
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	1 - 69
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	1 - 69
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	1 - 69
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	1 - 69
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	1 - 69

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)