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万見
- PDB-2kya: Solution structure of the leader sequence of the patellamide prec... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kya
タイトルSolution structure of the leader sequence of the patellamide precursor peptide, PatE1-34
要素Patellamide protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Cyclic peptides / PatE / Patellamides / Prochloron / ribosomal peptide synthetase
機能・相同性Microcyclamide/patellamide bacteriocin family, leader peptide / Protein of unknown function (DUF5837) / Family of unknown function (DUF5837) / Patellamide protein
機能・相同性情報
生物種Prochloron didemni (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Houssen, W.E. / Wright, S.H. / Kalverda, A.P. / Thompson, G.S. / Kelly, S.M. / Jaspars, M.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2010
タイトル: Solution Structure of the Leader Sequence of the Patellamide Precursor Peptide, PatE(1-34).
著者: Houssen, W.E. / Wright, S.H. / Kalverda, A.P. / Thompson, G.S. / Kelly, S.M. / Jaspars, M.
履歴
登録2010年5月21日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月5日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_cs
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Patellamide protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,7091
ポリマ－3,7091
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)14 / 14structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Patellamide protein


分子量: 3709.252 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 1-34 / 由来タイプ: 合成
詳細: Synthesized on an Applied Biosystems Pioneer peptide synthesizer and HPLC purified
由来: (合成) Prochloron didemni (バクテリア) / 参照: UniProt: Q52QJ3

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: The Solution Conformation of the Leader Sequence of the Prepropeptide for the microcin-like Patellamide
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H WCOSY
1212D 1H-1H TOCSY 40ms mix
1312D 1H-1H NOESY 60ms mix
1412D 1H-1H TOCSY 80ms mix
151D 1H-1H NOESY 120ms mix
161D 1H-1H NOESY 200ms mix
171D 1H-1H NOESY 300ms mix

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試料調製

詳細内容: 50 % H2O, 50 % [U-100% 2H] TFE, 100 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 1 mM PatE1-34, trifluoroethanol/water
溶媒系: trifluoroethanol/water
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
50 %H2O-11
50 %TFE-2[U-100% 2H]1
100 mMsodium chloride-31
20 mMsodium phosphate-41
1 mMPatE1-34-51
試料状態イオン強度: 0.16 / pH: 5.7 / 圧: ambient / 温度: 25 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ARIA2.2u3Linge, O'Donoghue and Nilges構造決定
ARIA2.2u3Linge, O'Donoghue and Nilgeschemical shift assignment
ccpn_analysis1.15ccpn, cambridgeデータ解析
ccpn_analysis1.15ccpn, cambridgechemical shift assignment
ccpn_analysis1.15ccpn, cambridgepeak picking
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
NMRPipe3.0 Rev 2007.068.09.07Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: aria 2 protocol, no solvent refinement, no full relaxation matrix, network anchoring fro the first 4 of 8 rounds of calculation, cooling phases extended by 4 fold
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 14 / 登録したコンフォーマーの数: 14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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