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- PDB-4bmf: Solution structure of the cellulose-binding domain of endoglucana... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bmf
タイトルSolution structure of the cellulose-binding domain of endoglucanase I from Trichoderma reesei and its interaction with cello- oligosaccharides
要素ENDOGLUCANASE EG-1
キーワードHYDROLASE / CELLOBIOHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulose binding / cellulase / cellulase activity / cellulose catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 7 / Glycoside hydrolase family 7, catalytic domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 7 / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain signature. / Cellulose-binding domain, fungal / Cellulose-binding domain superfamily / Fungal cellulose binding domain / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain profile. / Fungal-type cellulose-binding domain / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Endoglucanase EG-1
類似検索 - 構成要素
生物種HYPOCREA JECORINA (菌類)
手法溶液NMR / DISTANCE-GEOMETRY DG REFINED BY SIMULATED ANNEALING SA, AMBER FORCE FIELD IN MOLECULAR DYNAMICS COMPUTATION MD, CONJUGATE GRADIENTS ALGORITHM IN FINAL MINIMIZATION
データ登録者Mattinen, M.L. / Linder, M. / Drakenberg, T. / Annila, A.
引用ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1998
タイトル: Solution Structure of the Cellulose-Binding Domain of Endoglucanase I from Trichoderma Reesei and its Interaction with Cello-Oligosaccharides.
著者: Mattinen, M.L. / Linder, M. / Drakenberg, T. / Annila, A.
履歴
登録2013年5月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月29日Group: Atomic model
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENDOGLUCANASE EG-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,0951
ポリマ－4,0951
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)19 / 100LEAST RESTRAINT VIOLATIN
代表モデル

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要素

#1: タンパク質・ペプチド ENDOGLUCANASE EG-1 / ENDOGLUCANASE I / CELLULASE / ENDO-1 / 4-BETA-GLUCANASE


分子量: 4095.447 Da / 分子数: 1 / 断片: CELLULOSE-BINDING DOMAIN, RESIDUES 422-459 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HYPOCREA JECORINA (菌類) / 参照: UniProt: P07981, cellulase
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121TOCSY
131COSY
NMR実験の詳細Text: NONE

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試料調製

詳細内容: 10% D2O AND 90 H2O
試料状態pH: 3.9 / 温度: 293.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Insight IIIIACCELERYS, INC精密化
DG IIII構造決定
Insight II95構造決定
Discover構造決定
BIOSYM TECHNOLOGIESTECHNOLOGIES構造決定
精密化手法: DISTANCE-GEOMETRY DG REFINED BY SIMULATED ANNEALING SA, AMBER FORCE FIELD IN MOLECULAR DYNAMICS COMPUTATION MD, CONJUGATE GRADIENTS ALGORITHM IN FINAL MINIMIZATION
ソフトェア番号: 1
詳細: AMBER FORCE FIELD WAS USED IN THE MOLECULAR DYNAMICS COMPUTATION MD AND THE GONJUGATE GRADIENTS ALGORITHIM IN THE FINAL MINIMIZATION
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATIN
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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