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- PDB-3q8j: Crystal Structure of Asteropsin A from Marine Sponge Asteropus sp. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q8j
タイトルCrystal Structure of Asteropsin A from Marine Sponge Asteropus sp.
要素Asteropsin A
キーワードTOXIN / cystine knot / marine sponge / MARINE KNOTTIN
機能・相同性METHANOL / Asteropsin A
機能・相同性情報
生物種Asteropus (無脊椎動物)
手法X線回折 / 解像度: 0.87 Å
データ登録者Bowling, J.J. / Fronczek, F.R. / Hamann, M.T. / Li, H. / Jung, J.H.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: An Uncommon Crystal Structure of a Marine Knottin Peptide from Asteropus sp.
著者: Li, H. / Bowling, J.J. / Fronczek, F.R. / Hong, J. / Hamann, M.T. / Jung, J.H.
履歴
登録2011年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月31日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02019年12月25日Group: Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Asteropsin A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,25712
ポリマ－3,9041
非ポリマー35211
水18010
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)14.8028, 18.5573, 24.1784
Angle α, β, γ (deg.)83.19, 84.10, 68.04
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Asteropsin A / ABU8-1


分子量: 3904.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: whole extract / 由来: (天然) Asteropus (無脊椎動物) / 参照: UniProt: I1SB10
#2: 化合物
ChemComp-MOH / METHANOL / メタノ-ル


分子量: 32.042 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH4O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.5634 Å3/Da / 溶媒含有率: 21.3237 %
結晶化温度: 295 K / 詳細: CD3OH-H2O, NMR tube, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: OTHER / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: APEX II CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月5日 / 詳細: MiraCol capillary optic
放射モノクロメーター: Graphite (002) / プロトコル: \f and \w scans / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.87→17.15 Å / Num. obs: 27756 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 2.41 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 11.68
反射 シェル解像度: 0.87→0.97 Å / 冗長度: 1 % / Rmerge(I) obs: 0.157 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 60.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SHELX精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SHELXL精密化
SHELXL-97精密化
精密化解像度: 0.87→17.15 Å / Num. parameters: 2725 / Num. restraintsaints: 6 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: 1. Patterson to locate S atoms; 2. The sf file contains Friedel pairs.
Rfactor反射数%反射Selection details
all0.0926 27756 --
obs-23213 100 %-
Rfree---RANDOM
原子変位パラメータBiso mean: 6.2214 Å2
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 238 / Occupancy sum non hydrogen: 302
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.87→17.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数270 0 22 10 302
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0232
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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