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- PDB-4bm4: CRYSTAL STRUCTURE OF MANGANESE PEROXIDASE 4 FROM PLEUROTUS OSTREA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bm4
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF MANGANESE PEROXIDASE 4 FROM PLEUROTUS OSTREATUS - CRYSTAL FORM IV
要素MANGANESE PEROXIDASE 4
キーワードOXIDOREDUCTASE / CLASS II (FUNGAL) PEROXIDASES / ELECTRON T LIGNIN PEROXIDASE / LIGNIN DEGRADATION
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / cellular response to oxidative stress / heme binding / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Fungal ligninase / Fungal ligninase, C-terminal / Fungal peroxidase extension region / Heme-binding peroxidase Ccp1-like / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Peroxidases heam-ligand binding site / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. ...Fungal ligninase / Fungal ligninase, C-terminal / Fungal peroxidase extension region / Heme-binding peroxidase Ccp1-like / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Peroxidases heam-ligand binding site / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Plant heme peroxidase family profile. / Haem peroxidase / Peroxidase / Peroxidase; domain 1 / Peroxidases proximal heme-ligand signature. / Haem peroxidase superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Peroxidase
類似検索 - 構成要素
生物種PLEUROTUS OSTREATUS (ヒラタケ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Medrano, F.J. / Romero, A.
引用ジャーナル: Biotechnol.Biofuels / 年: 2014
タイトル: Ligninolytic Peroxidase Genes in the Oyster Mushroom Genome: Heterologous Expression, Molecular Structure, Catalytic and Stability Properties, and Lignin-Degrading Ability.
著者: Fernandez-Fueyo, E. / Ruiz-Duenas, F.J. / Martinez, M.J. / Romero, A. / Hammel, K.E. / Medrano, F.J. / Martinez, A.T.
履歴
登録2013年5月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MANGANESE PEROXIDASE 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0474
ポリマ－36,3501
非ポリマー6973
水3,729207
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.870, 86.500, 41.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.05, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 MANGANESE PEROXIDASE 4


分子量: 36350.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PLEUROTUS OSTREATUS (ヒラタケ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / Variant (発現宿主): W3110 / 参照: UniProt: W5IDB6*PLUS, manganese peroxidase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.67 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.1 M CAPS AT PH 10.5, 1.2 M NAH2PO4/0.8 M K2HPO4 & 0.2 M LI2SO4.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 18317 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 26.14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 2.3→2.43 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / % possible all: 92.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3FMU

3fmu


解像度: 2.3→43.25 Å / SU ML: 0.64 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2971 927 5.1 %
Rwork0.2249 --
obs0.2287 18254 98.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 57.884 Å2 / ksol: 0.356 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.2014 Å2-0 Å2-2.0542 Å2
2--1.0225 Å2-0 Å2
3----2.2599 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→43.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2536 0 45 207 2788
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092648
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2513597
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.826971
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079387
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005478
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.42130.35091280.30072423X-RAY DIFFRACTION98
2.4213-2.5730.45261300.30362439X-RAY DIFFRACTION98
2.573-2.77160.35031340.30522476X-RAY DIFFRACTION98
2.7716-3.05040.37071290.26442457X-RAY DIFFRACTION99
3.0504-3.49170.29951280.24412492X-RAY DIFFRACTION99
3.4917-4.39850.27121350.18082491X-RAY DIFFRACTION99
4.3985-43.25760.20671430.16042549X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1161-0.0231-0.13881.6370.53280.32240.2040.26-0.1141-0.0387-0.004-0.6479-0.02290.5099-0.03540.14050.0458-0.00470.68830.09420.3507165.1973-9.633719.2229
21.14570.00450.57121.6897-0.22081.3696-0.12850.1593-0.1939-0.2240.19920.04160.40410.018-0.06360.14280.0598-0.02190.205-0.00710.1809142.1795-9.712617.712
31.948-0.17330.22361.4389-0.16330.66620.13720.4538-0.2755-0.6136-0.0385-0.10670.19150.2798-0.010.18670.07110.02920.1436-0.09210.1216143.9038-18.477212.3749
40.829-0.28420.35951.3775-0.62440.6070.07780.1541-0.0562-0.009-0.0973-0.02960.02530.23370.01360.08970.0045-0.01050.13360.02660.0647142.1589-4.572915.0076
51.57670.70420.74621.1280.14790.88310.03690.8062-0.0807-0.09540.0004-0.1003-0.01090.00660.06910.1386-0.01120.0080.47970.04680.11132.73555.29010.8744
60.6813-0.35770.07151.1002-0.05690.0274-0.1119-0.09080.03330.2775-0.0926-0.1022-0.16740.25490.1190.0912-0.0437-0.06670.39830.06510.1425141.26434.490420.301
70.4114-0.66150.29251.3737-0.34790.2566-0.05950.23870.1130.0432-0.0785-0.3227-0.20320.05150.08750.2129-0.0607-0.06220.58010.18450.2928153.43879.113911.231
80.4426-0.1969-0.02380.64010.09310.34020.06990.19280.2921-0.1149-0.1297-0.4167-0.04470.2028-0.01750.2212-0.02650.04630.51670.18960.2744137.786915.82912.8097
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 2:28)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 29:70)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 71:101)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 102:201)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESSEQ 202:235)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESSEQ 236:285)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND (RESSEQ 286:303)
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN A AND (RESSEQ 304:337)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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