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万見
- PDB-4bl4: Further structural insights into the binding of complement factor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bl4
タイトルFurther structural insights into the binding of complement factor H by complement regulator acquiring surface protein 1, CspA (BbCRASP-1), of Borrelia burgdorferi.
要素COMPLEMENT REGULATOR-ACQUIRING SURFACE PROTEIN 1 (CRASP-1)
キーワードPROTEIN BINDING
機能・相同性Borrelia lipoprotein paralogus family 54/60 / Borrelia Bbcrasp-1 domain containing protein / Complement regulator-acquiring surface protein 1 (CRASP-1) / Complement regulator-acquiring surface protein 1 (CRASP-1)
機能・相同性情報
生物種BORRELIA BURGDORFERI (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.06 Å
データ登録者Caesar, J.J.E. / Wallich, R. / Kraiczy, P. / Zipfel, P.F. / Lea, S.M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2013
タイトル: Further Structural Insights Into the Binding of Complement Factor H by Complement Regulator-Acquiring Surface Protein 1 (CspA) of Borrelia Burgdorferi.
著者: Caesar, J.J.E. / Wallich, R. / Kraiczy, P. / Zipfel, P.F. / Lea, S.M.
履歴
登録2013年5月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2013年6月5日ID: 4ATR
改定 1.02013年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月12日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COMPLEMENT REGULATOR-ACQUIRING SURFACE PROTEIN 1 (CRASP-1)
B: COMPLEMENT REGULATOR-ACQUIRING SURFACE PROTEIN 1 (CRASP-1)
C: COMPLEMENT REGULATOR-ACQUIRING SURFACE PROTEIN 1 (CRASP-1)
D: COMPLEMENT REGULATOR-ACQUIRING SURFACE PROTEIN 1 (CRASP-1)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,9144
ポリマ－85,9144
非ポリマー00
水00
1
A: COMPLEMENT REGULATOR-ACQUIRING SURFACE PROTEIN 1 (CRASP-1)
B: COMPLEMENT REGULATOR-ACQUIRING SURFACE PROTEIN 1 (CRASP-1)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9572
ポリマ－42,9572
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4570 Å2
ΔGint-36.5 kcal/mol
Surface area19390 Å2
手法PISA
2
C: COMPLEMENT REGULATOR-ACQUIRING SURFACE PROTEIN 1 (CRASP-1)
D: COMPLEMENT REGULATOR-ACQUIRING SURFACE PROTEIN 1 (CRASP-1)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9572
ポリマ－42,9572
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4560 Å2
ΔGint-37.3 kcal/mol
Surface area19430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.370, 44.160, 186.540
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.69, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.753, 0.645, -0.131), (0.645, 0.685, -0.339), (-0.129, -0.34, -0.931)-140.986, 26.037, -138.032
2given(0.997, -0.005, 0.075), (0.007, -0.986, -0.164), (0.075, 0.164, -0.984)63.594, 16.496, -89.959
3given(-0.761, 0.621, -0.187), (-0.618, -0.608, 0.499), (0.196, 0.495, 0.846)-86.628, 13.215, 40.557

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要素

#1: タンパク質
COMPLEMENT REGULATOR-ACQUIRING SURFACE PROTEIN 1 (CRASP-1) / CSPA


分子量: 21478.592 Da / 分子数: 4 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN, RESIDUES 70-250 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COMPLEMENT FACTOR H BINDING DIMER
由来: (組換発現) BORRELIA BURGDORFERI (バクテリア)
株: ZS7 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O50957, UniProt: A0A0H3BZN5*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.3 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 18% (W/V) PEG 8000, 5MM ZINC ACETATE, 100MM SODIUM CACODYLATE, PH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月21日 / 詳細: PT COATED MIRRORS
放射モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.06→93.26 Å / Num. obs: 7629 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 78.37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.19 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 4.06→4.16 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.4精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1W33

1w33


解像度: 4.06→93.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8504 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8606 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.966
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2707 747 9.8 %RANDOM
Rwork0.2621 ---
obs0.2629 7626 95.88 %-
原子変位パラメータBiso mean: 85.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-17.6264 Å20 Å2-3.2224 Å2
2---38.6132 Å20 Å2
3---20.9869 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 1.254 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.06→93.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6004 0 0 0 6004
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0096084HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.18144HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2360SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes224HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes800HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6084HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.26
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.72
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion812SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6865SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 4.06→4.54 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2701 207 9.58 %
Rwork0.2675 1953 -
all0.2677 2160 -
obs--95.88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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