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万見
- PDB-4bl3: Crystal structure of PBP2a clinical mutant N146K from MRSA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bl3
タイトルCrystal structure of PBP2a clinical mutant N146K from MRSA
要素PENICILLIN BINDING PROTEIN 2 PRIME
キーワードHYDROLASE / MRSA / ALLOSTERIC SITE / B-LACTAM ANTIBIOTICS
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / penicillin binding / membrane => GO:0016020 / cell wall organization / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Penicillin-binding protein 2a; domain 3 / NTF2-like; domain 1 / NTF2-like N-terminal transpeptidase / NTF2-like N-terminal transpeptidase domain / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Ribosomal Protein L30; Chain: A, / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily ...Penicillin-binding protein 2a; domain 3 / NTF2-like; domain 1 / NTF2-like N-terminal transpeptidase / NTF2-like N-terminal transpeptidase domain / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Ribosomal Protein L30; Chain: A, / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Roll / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / beta-muramic acid / Penicillin binding protein 2 prime / Penicillin binding protein 2 prime
類似検索 - 構成要素
生物種STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Otero, L.H. / Rojas-Altuve, A. / Carrasco-Lopez, C. / Hermoso, J.A.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2014
タイトル: Disruption of Allosteric Response as an Unprecedented Mechanism of Resistance to Antibiotics.
著者: Fishovitz, J. / Rojas-Altuve, A. / Otero, L.H. / Dawley, M. / Carrasco-Lopez, C. / Chang, M. / Hermoso, J.A. / Mobashery, S.
履歴
登録2013年4月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月10日Group: Database references
改定 1.22017年7月5日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PENICILLIN BINDING PROTEIN 2 PRIME
B: PENICILLIN BINDING PROTEIN 2 PRIME
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,71815
ポリマ－146,2872
非ポリマー1,43113
水1,964109
1
A: PENICILLIN BINDING PROTEIN 2 PRIME
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,9158
ポリマ－73,1441
非ポリマー7727
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PENICILLIN BINDING PROTEIN 2 PRIME
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,8037
ポリマ－73,1441
非ポリマー6596
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.790, 102.390, 187.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PENICILLIN BINDING PROTEIN 2 PRIME / PENICILLIN-BINDING PROTEIN 2A


分子量: 73143.641 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 26-668 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)
株: MU50 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR
参照: UniProt: Q54113, UniProt: A0A0H3JPA5*PLUS, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase
#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 糖 ChemComp-MUR / beta-muramic acid / muramic acid


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 251.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H17NO7
識別子タイププログラム
b-D-GlcpN3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
MurSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.07 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54179
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→69.07 Å / Num. obs: 30067 / % possible obs: 83.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 70.72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 75.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1VQQ

1vqq


解像度: 3→48.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9066 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8571 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.6
詳細: DISORDERED REGIONS WERE NOT MODELED. IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=CD CL. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=10421. NUMBER ...詳細: DISORDERED REGIONS WERE NOT MODELED. IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=CD CL. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=10421. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=4. NUMBER TREATED BY BAD NON-BONDED CONTACTS=7.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3039 1866 7.07 %RANDOM
Rwork0.2353 ---
obs0.2402 26396 81.93 %-
原子変位パラメータBiso mean: 75.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.0295 Å20 Å20 Å2
2---3.1753 Å20 Å2
3---10.2048 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.543 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→48.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10273 0 45 109 10427
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0110477HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.214084HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5065SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes349HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1429HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it10477HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd5SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.67
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.86
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1363SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact11948SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3→3.12 Å / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3955 188 7.17 %
Rwork0.2961 2434 -
all0.3032 2622 -
obs--81.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4709-0.06840.08520.33380.30472.4569-0.12110.0028-0.0440.09460.05650.01950.48410.28470.0646-0.09310.11080.01280.43530.0311-0.207318.302428.988851.7964
20.9798-0.0299-1.01730.20340.28032.2580.00590.09890.07810.0287-0.03260.0322-0.1035-0.28140.0267-0.16370.0622-0.02360.49520.0561-0.1987-8.170246.525644.269
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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