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- PDB-4bkn: Human Dihydropyrimidinase-related protein 3 (DPYSL3) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bkn
タイトルHuman Dihydropyrimidinase-related protein 3 (DPYSL3)
要素DIHYDROPYRIMIDINASE-RELATED PROTEIN 3
キーワードHYDROLASE / AXON OUTGROWTH / HOMOTETRAMER
機能・相同性
機能・相同性情報


filamin binding / chondroitin sulfate binding / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in cyclic amides / actin crosslink formation / exocytic vesicle / CRMPs in Sema3A signaling / positive regulation of filopodium assembly / cellular response to cytokine stimulus / filamentous actin / actin filament bundle assembly ...filamin binding / chondroitin sulfate binding / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in cyclic amides / actin crosslink formation / exocytic vesicle / CRMPs in Sema3A signaling / positive regulation of filopodium assembly / cellular response to cytokine stimulus / filamentous actin / actin filament bundle assembly / neuron development / response to axon injury / negative regulation of cell migration / phosphoprotein binding / positive regulation of neuron projection development / SH3 domain binding / lamellipodium / negative regulation of neuron projection development / growth cone / cell body / synapse / extracellular space / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hydantoinase/dihydropyrimidinase / : / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll ...Hydantoinase/dihydropyrimidinase / : / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Dihydropyrimidinase-related protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Mathea, S. / Elkins, J.M. / Alegre-Abarrategui, J. / Shrestha, L. / Burgess-Brown, N. / Puranik, S. / Coutandin, D. / Bradley, A. / Vollmar, M. / von Delft, F. ...Mathea, S. / Elkins, J.M. / Alegre-Abarrategui, J. / Shrestha, L. / Burgess-Brown, N. / Puranik, S. / Coutandin, D. / Bradley, A. / Vollmar, M. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Knapp, S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of Dpysl3
著者: Mathea, S.
履歴
登録2013年4月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DIHYDROPYRIMIDINASE-RELATED PROTEIN 3
B: DIHYDROPYRIMIDINASE-RELATED PROTEIN 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,2722
ポリマ－124,2722
非ポリマー00
水7,098394
1
A: DIHYDROPYRIMIDINASE-RELATED PROTEIN 3
B: DIHYDROPYRIMIDINASE-RELATED PROTEIN 3

A: DIHYDROPYRIMIDINASE-RELATED PROTEIN 3
B: DIHYDROPYRIMIDINASE-RELATED PROTEIN 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)248,5454
ポリマ－248,5454
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area10540 Å2
ΔGint-29.4 kcal/mol
Surface area62820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.230, 96.650, 119.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 137.26, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2082-

HOH

21A-2110-

HOH

31B-2078-

HOH

41B-2101-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A1 - 570
2111B1 - 570

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.15315, 0.00166, -0.9882), (0.00322, -0.99999, -0.00217), (-0.9882, -0.00351, 0.15314)0.01316, -76.46546, -0.04018
2given(1), (1), (1)
3given(-0.153151, 0.003229, -0.988197), (0.001619, -0.999992, -0.003519), (-0.988201, -0.002139, 0.153145)0.21019, -76.46858, -0.14569

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要素

#1: タンパク質 DIHYDROPYRIMIDINASE-RELATED PROTEIN 3 / DRP-3 / COLLAPSIN RESPONSE MEDIATOR PROTEIN 4 / CRMP-4 / UNC-33-LIKE PHOSPHOPROTEIN 1 / ULIP-1 / ...DRP-3 / COLLAPSIN RESPONSE MEDIATOR PROTEIN 4 / CRMP-4 / UNC-33-LIKE PHOSPHOPROTEIN 1 / ULIP-1 / DIHYDROPYRIMIDINASE-RELATED PROTEIN 3


分子量: 62136.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q14195
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 394 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.9 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5
詳細: 0.2M KSCN; 0.1M BISTRISPROPANE PH 8.5; 20% PEG 3350 10% ETHYLENE GLYCOL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.979
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→42.85 Å / Num. obs: 60144 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 94.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VM8

2vm8


解像度: 2.1→42.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU B: 9.574 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.238 / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23813 3020 5.1 %RANDOM
Rwork0.19739 ---
obs0.19946 56748 92.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.207 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.39 Å20 Å20.46 Å2
2---0.71 Å20 Å2
3---0.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→42.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7366 0 0 394 7760
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0197519
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027068
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3021.94910202
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.816316298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7855958
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.73624.985325
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.163151254
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.4461531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.21143
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0218587
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021654
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7261.5093844
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7261.5093843
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1982.2574798
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.9031.613675
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS数: 7151 / タイプ: tight thermal / Rms dev position: 1.91 Å / Weight position: 0.5
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 225 -
Rwork0.223 4208 -
obs--93.01 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3907-0.0483-0.17620.5851-0.08880.55880.0046-0.04320.14820.00380.02130.0884-0.0933-0.1165-0.02580.030.0350.00470.0444-0.00920.1496-23.298-23.0968.134
21.1409-0.1861-0.1430.78520.22290.6488-0.0971-0.3946-0.160.19580.08250.03250.11570.03640.01450.06570.040.03430.1390.0640.0658-4.464-53.47824.434
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 570
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 570

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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