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万見
- PDB-4bjr: Crystal structure of the complex between Prokaryotic Ubiquitin-li... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bjr
タイトルCrystal structure of the complex between Prokaryotic Ubiquitin-like Protein Pup and its Ligase PafA
要素PUP--PROTEIN LIGASE, PROKARYOTIC UBIQUITIN-LIKE PROTEIN PUP
キーワードLIGASE / PROKARYOTIC PROTEASOME
機能・相同性
機能・相同性情報


prokaryotic ubiquitin-like protein ligase / protein pupylation / ligase activity, forming carbon-nitrogen bonds / ubiquitin-like protein transferase activity / proteasome binding / proteasomal protein catabolic process / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / magnesium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Pup--protein ligase / Pup ligase/deamidase / Pup-ligase protein / Prokaryotic ubiquitin-like protein Pup / Pup-like protein
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Prokaryotic ubiquitin-like protein Pup / Pup--protein ligase
類似検索 - 構成要素
生物種CORYNEBACTERIUM GLUTAMICUM (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Barandun, J. / Delley, C.L. / Ban, N. / Weber-Ban, E.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2013
タイトル: Crystal Structure of the Complex between Prokaryotic Ubiquitin-Like Protein Pup and its Ligase Pafa.
著者: Barandun, J. / Delley, C.L. / Ban, N. / Weber-Ban, E.
履歴
登録2013年4月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月15日Group: Structure summary
改定 1.22013年5月22日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PUP--PROTEIN LIGASE, PROKARYOTIC UBIQUITIN-LIKE PROTEIN PUP
B: PUP--PROTEIN LIGASE, PROKARYOTIC UBIQUITIN-LIKE PROTEIN PUP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,0997
ポリマ－115,0122
非ポリマー1,0875
水2,414134
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8710 Å2
ΔGint-70.1 kcal/mol
Surface area39360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.840, 84.020, 215.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PUP--PROTEIN LIGASE, PROKARYOTIC UBIQUITIN-LIKE PROTEIN PUP / PROTEASOME ACCESSORY FACTOR A / PUP-CONJUGATING ENZYME / BACTERIAL UBIQUITIN-LIKE MODIFIER


分子量: 57505.828 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES PAFA 2-482, PUP 38-64 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PAFA-PUPE FUSION CONSTRUCT
由来: (組換発現) CORYNEBACTERIUM GLUTAMICUM (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA
参照: UniProt: Q8NQE1, UniProt: Q8NQE0, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.8
詳細: 100 MM MES, PH 6.8 (RT), 150 - 200 MM SODIUM TARTRATE, 2 - 4 % PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→39 Å / Num. obs: 29211 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2.44 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 50.66 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 2.44 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASERFOR MR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4B0T

4b0t


解像度: 2.8→39.131 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2475 1490 5.1 %
Rwork0.2131 --
obs0.2149 29211 99.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→39.131 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7772 0 65 134 7971
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0127979
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.11810815
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4342987
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0631218
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061402
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.89040.32921200.29012486X-RAY DIFFRACTION100
2.8904-2.99370.311320.29392486X-RAY DIFFRACTION100
2.9937-3.11350.33791360.29052482X-RAY DIFFRACTION100
3.1135-3.25510.33611390.27782467X-RAY DIFFRACTION100
3.2551-3.42660.28771230.25362494X-RAY DIFFRACTION100
3.4266-3.64120.29071430.22682501X-RAY DIFFRACTION99
3.6412-3.92210.2481220.21022519X-RAY DIFFRACTION100
3.9221-4.31630.22721510.17642490X-RAY DIFFRACTION100
4.3163-4.93980.18181340.16442550X-RAY DIFFRACTION100
4.9398-6.21970.22231400.19042562X-RAY DIFFRACTION100
6.2197-39.13480.20751500.18932684X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6325-0.1590.00430.78440.17790.1339-0.04340.0663-0.2341-0.19910.01840.10580.0709-0.4-0.08360.3667-0.1255-0.01080.35960.01220.344134.46310.770221.0619
20.12690.07630.17830.7953-0.06460.38110.0627-0.066-0.12550.0051-0.07110.08510.0604-0.1329-0.00780.3854-0.0516-0.06110.35380.04140.375133.32973.496125.2316
30.86280.92261.14611.82590.53741.6422-0.07650.1742-0.1286-0.56590.23-0.1920.15230.37750.04670.4555-0.04510.02280.406-0.04720.483541.0167-7.764325.1326
40.44080.27230.07360.7756-0.19980.53150.0969-0.1993-0.10710.0905-0.0710.09570.3083-0.0821-0.00050.3992-0.0782-0.00420.3720.03860.362426.6028-8.147431.9333
50.2001-0.0433-0.10820.34610.27950.2221-0.0466-0.24520.00440.28010.0631-0.0504-0.1863-0.0685-0.01170.2905-0.0845-0.01150.386-0.06950.34138.421624.513235.6464
60.7648-0.74150.19440.6688-0.44961.04170.01360.29350.5962-0.02850.0925-0.4819-0.66990.37460.05410.5443-0.07690.19930.32930.03480.520320.151640.969721.7728
71.6851-0.56270.28381.66820.87780.82870.55580.50960.243-0.3588-0.1016-0.2441-0.45130.86750.38120.0556-0.1243-0.05530.1545-0.01160.16361.761132.730327.7358
80.57780.49560.60180.38320.40151.98280.29990.005-0.03470.0930.0701-0.1140.49970.13420.27380.4196-0.04230.04080.3790.0040.2764-1.385623.20421.587
90.91570.0556-0.29180.6174-0.13780.52220.3141-0.0440.1367-0.2528-0.0936-0.169-0.0945-0.02970.31010.3222-0.00650.0750.32250.03290.30421.971234.671228.3719
103.14950.5564-0.52831.46450.83290.91730.160.25640.4311-0.5531-0.1187-0.1353-0.3337-0.4368-0.21620.51830.05050.09230.3450.00880.3709-2.062751.877225.0389
110.4535-0.0171-0.54231.11110.52910.72170.1659-0.10120.06260.0055-0.0996-0.1913-0.16820.00330.0060.2495-0.06920.03550.29520.01560.29266.173242.307137.2911
121.092-0.237-0.13880.79170.18770.59570.0237-0.2435-0.16050.0303-0.07030.2835-0.1030.072-0.42310.2658-0.0856-0.05520.20030.09070.24895.47094.471526.3735
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 3 THROUGH 59 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 60 THROUGH 159 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 160 THROUGH 216 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 217 THROUGH 417 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESID 418 THROUGH 463 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESID 464 THROUGH 515 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESID 3 THROUGH 32 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND (RESID 33 THROUGH 78 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND (RESID 79 THROUGH 159 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND (RESID 160 THROUGH 194 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN B AND (RESID 195 THROUGH 417 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN B AND (RESID 418 THROUGH 515 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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