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- PDB-4bj4: Structure of Pseudomonas aeruginosa amidase Ampdh2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bj4
タイトルStructure of Pseudomonas aeruginosa amidase Ampdh2
要素AMPDH2
キーワードHYDROLASE / PERIPLASMIC AMIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / Gram-negative-bacterium-type cell wall / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / peptidoglycan turnover / outer membrane / peptidoglycan catabolic process / cell wall organization / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 1 / PGBD-like superfamily/PGBD / : / PGBD superfamily / Lysozyme-like / Peptidoglycan recognition protein-like / Ami_2 / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase domain / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase/PGRP domain superfamily ...Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 1 / PGBD-like superfamily/PGBD / : / PGBD superfamily / Lysozyme-like / Peptidoglycan recognition protein-like / Ami_2 / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase domain / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase/PGRP domain superfamily / Peptidoglycan binding-like / Putative peptidoglycan binding domain / PGBD-like superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS AERUGINOSA PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.722 Å
データ登録者Martinez-Caballero, C.S. / Carrasco-Lopez, C. / Artola-Recolons, C. / Hermoso, J.A.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2013
タイトル: Reaction Products and the X-Ray Structure of Ampdh2, a Virulence Determinant of Pseudomonas Aeruginosa.
著者: Martinez-Caballero, S. / Lee, M. / Artola-Recolons, C. / Carrasco-Lopez, C. / Hesek, D. / Spink, E.E. / Lastochkin, E. / Zhang, W. / Hellman, L.M. / Boggess, B. / Mobashery, S. / Hermoso, J.A.
履歴
登録2013年4月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月31日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AMPDH2
B: AMPDH2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1833
ポリマ－54,9942
非ポリマー1891
水15,691871
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4610 Å2
ΔGint-4.4 kcal/mol
Surface area22880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.759, 100.421, 104.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 AMPDH2 / N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANINE AMIDASE


分子量: 27496.998 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 18-259 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA PAO1 (緑膿菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HT86, N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
#2: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 871 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.1
詳細: 0.2 M POTASSIUM THIOCYANATE, 0.1 M BIS-TRIS PROPANE PH 7.5, 18 % PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / タイプ: ESRF / 波長: 1.00002
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00002 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→48.76 Å / Num. obs: 54928 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 28
反射 シェル解像度: 1.72→1.81 Å / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WKX

2wkx


解像度: 1.722→46.267 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2009 2782 5.1 %
Rwork0.1718 --
obs0.1733 54680 99.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 16.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.722→46.267 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3885 0 13 871 4769
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074043
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1445526
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.8831508
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079589
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006732
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7218-1.75150.36341430.30322369X-RAY DIFFRACTION92
1.7515-1.78330.30461280.27082569X-RAY DIFFRACTION100
1.7833-1.81760.26541420.2362568X-RAY DIFFRACTION100
1.8176-1.85470.27091470.20672577X-RAY DIFFRACTION100
1.8547-1.89510.26251450.19452548X-RAY DIFFRACTION99
1.8951-1.93920.22961220.19882559X-RAY DIFFRACTION99
1.9392-1.98770.19111320.18292561X-RAY DIFFRACTION99
1.9877-2.04140.22081360.17182619X-RAY DIFFRACTION100
2.0414-2.10150.26581390.18252543X-RAY DIFFRACTION99
2.1015-2.16930.21171300.17572573X-RAY DIFFRACTION100
2.1693-2.24680.19161440.17412606X-RAY DIFFRACTION100
2.2468-2.33680.25281380.18172590X-RAY DIFFRACTION99
2.3368-2.44310.19751500.16852585X-RAY DIFFRACTION100
2.4431-2.57190.21411480.17552600X-RAY DIFFRACTION100
2.5719-2.7330.19491170.17412630X-RAY DIFFRACTION100
2.733-2.9440.19981480.17482606X-RAY DIFFRACTION100
2.944-3.24020.16471410.15412645X-RAY DIFFRACTION100
3.2402-3.70890.15891140.14622684X-RAY DIFFRACTION100
3.7089-4.67220.1511470.12532665X-RAY DIFFRACTION100
4.6722-46.28410.16861710.16722801X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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