[日本語] English
万見
- PDB-4bih: Crystal structure of the conserved staphylococcal antigen 1A, Csa1A -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bih
タイトルCrystal structure of the conserved staphylococcal antigen 1A, Csa1A
要素UNCHARACTERIZED LIPOPROTEIN SAOUHSC_00053
キーワードIMMUNE SYSTEM / TANDEM LIPOPROTEIN / PROTECTIVE IMMUNITY
機能・相同性Csa family / Csa superfamily / Csa1 family / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / plasma membrane / Uncharacterized lipoprotein SAOUHSC_00052
機能・相同性情報
生物種STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.459 Å
データ登録者Malito, E. / Bottomley, M.J. / Spraggon, G. / Schluepen, C. / Liberatori, S.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2013
タイトル: Mining the Bacterial Unknown Proteome: Identification and Characterization of a Novel Family of Highly Conserved Protective Antigens in Staphylococcus Aureus
著者: Schluepen, C. / Malito, E. / Marongiu, A. / Schirle, M. / Mcwhinnie, E. / Lo Surdo, P. / Biancucci, M. / Falugi, F. / Nardi-Dei, V. / Marchi, S. / Fontana, M.R. / Lombardi, B. / De Falco, M.G. ...著者: Schluepen, C. / Malito, E. / Marongiu, A. / Schirle, M. / Mcwhinnie, E. / Lo Surdo, P. / Biancucci, M. / Falugi, F. / Nardi-Dei, V. / Marchi, S. / Fontana, M.R. / Lombardi, B. / De Falco, M.G. / Rinaudo, C.D. / Spraggon, G. / Nissum, M. / Bagnoli, F. / Grandi, G. / Bottomley, M.J. / Liberatori, S.
履歴
登録2013年4月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月14日Group: Atomic model / Other
改定 1.22013年10月30日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: UNCHARACTERIZED LIPOPROTEIN SAOUHSC_00053
B: UNCHARACTERIZED LIPOPROTEIN SAOUHSC_00053
C: UNCHARACTERIZED LIPOPROTEIN SAOUHSC_00053
D: UNCHARACTERIZED LIPOPROTEIN SAOUHSC_00053
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,0635
ポリマ－117,0234
非ポリマー401
水1,856103
1
A: UNCHARACTERIZED LIPOPROTEIN SAOUHSC_00053
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2962
ポリマ－29,2561
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: UNCHARACTERIZED LIPOPROTEIN SAOUHSC_00053


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2561
ポリマ－29,2561
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: UNCHARACTERIZED LIPOPROTEIN SAOUHSC_00053


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2561
ポリマ－29,2561
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: UNCHARACTERIZED LIPOPROTEIN SAOUHSC_00053


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2561
ポリマ－29,2561
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.130, 49.250, 137.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.99, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
UNCHARACTERIZED LIPOPROTEIN SAOUHSC_00053 / CONSERVED STAPHYLOCOCCAL LIPOPROTEIN 1B


分子量: 29255.828 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 23-255 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / プラスミド: PET TEV / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): T7 EXPRESS / 参照: UniProt: Q2G1Q1
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.9 / 詳細: 28% PEG 3350, 0.157 M NA-THIOCYANATE, PH 6.9

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.9765
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9765 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-l / Fraction: 0.49
反射解像度: 2.46→68.68 Å / Num. obs: 32851 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 48 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.46→2.59 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 94.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4BIG

4big


解像度: 2.459→68.685 Å / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.52 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2563 1760 5.4 %
Rwork0.2073 --
obs0.2094 32839 93.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 36.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.459→68.685 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5722 0 1 103 5826
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085821
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1837791
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.242291
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081825
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006983
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4593-2.53170.37111110.26112556X-RAY DIFFRACTION89
2.5317-2.61340.32941480.24572634X-RAY DIFFRACTION90
2.6134-2.70680.26241350.24222634X-RAY DIFFRACTION91
2.7068-2.81510.27351370.23762587X-RAY DIFFRACTION90
2.8151-2.94320.2871200.22622637X-RAY DIFFRACTION91
2.9432-3.09840.28671350.21782650X-RAY DIFFRACTION90
3.0984-3.29250.26451330.2132604X-RAY DIFFRACTION90
3.2925-3.54660.24641460.20692589X-RAY DIFFRACTION89
3.5466-3.90340.24071530.19372555X-RAY DIFFRACTION88
3.9034-4.46790.22131370.16622611X-RAY DIFFRACTION88
4.4679-5.62780.20351420.16442535X-RAY DIFFRACTION86
5.6278-49.42370.27971470.24192593X-RAY DIFFRACTION85
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -31.1253 Å / Origin y: 6.5995 Å / Origin z: -34.01 Å
111213212223313233
T0.2364 Å2-0.0218 Å2-0.0189 Å2-0.1403 Å20.0256 Å2--0.2975 Å2
L0.305 °2-0.0787 °2-0.3302 °2-0.2016 °20.0934 °2--0.1176 °2
S0.0244 Å °0.0144 Å °0.0619 Å °-0.0344 Å °0.0026 Å °-0.0566 Å °0.0058 Å °-0.0485 Å °-0.0317 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る