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- PDB-4bi9: Crystal structure of wild-type SCP2 thiolase from Trypanosoma brucei. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bi9
タイトルCrystal structure of wild-type SCP2 thiolase from Trypanosoma brucei.
要素3-KETOACYL-COA THIOLASE, PUTATIVE
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


propanoyl-CoA C-acyltransferase / acetyl-CoA C-acyltransferase activity / kinetoplast / acyltransferase activity / lipid transport / lipid binding / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
: / Thiolase C-terminal domain-like / Thiolase, conserved site / Thiolases signature 2. / Thiolase, N-terminal / Thiolase, N-terminal domain / Thiolase / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like ...: / Thiolase C-terminal domain-like / Thiolase, conserved site / Thiolases signature 2. / Thiolase, N-terminal / Thiolase, N-terminal domain / Thiolase / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
propanoyl-CoA C-acyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Harijan, R.K. / Kiema, T.-R. / Weiss, M.S. / Michels, P.A.M. / Wierenga, R.K.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2013
タイトル: Crystal Structures of Scp2-Thiolases of Trypanosomatidae, Human Pathogens Causing Widespread Tropical Diseases: The Importance for Catalysis of the Cysteine of the Unique Hdcf Loop.
著者: Harijan, R.K. / Kiema, T.-R. / Karjalainen, M.P. / Janardan, N. / Murthy, M.R.N. / Weiss, M.S. / Michels, P.A.M. / Wierenga, R.K.
履歴
登録2013年4月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月25日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-KETOACYL-COA THIOLASE, PUTATIVE
B: 3-KETOACYL-COA THIOLASE, PUTATIVE
C: 3-KETOACYL-COA THIOLASE, PUTATIVE
D: 3-KETOACYL-COA THIOLASE, PUTATIVE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,4224
ポリマ－192,4224
非ポリマー00
水97354
1
A: 3-KETOACYL-COA THIOLASE, PUTATIVE
B: 3-KETOACYL-COA THIOLASE, PUTATIVE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,2112
ポリマ－96,2112
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4280 Å2
ΔGint-12.1 kcal/mol
Surface area27680 Å2
手法PISA
2
C: 3-KETOACYL-COA THIOLASE, PUTATIVE
D: 3-KETOACYL-COA THIOLASE, PUTATIVE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,2112
ポリマ－96,2112
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4160 Å2
ΔGint-11.9 kcal/mol
Surface area27780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.139, 59.139, 377.575
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND (RESSEQ 12:33 OR RESSEQ 43:65 OR RESSEQ...
211CHAIN B AND (RESSEQ 12:33 OR RESSEQ 43:65 OR RESSEQ...
311CHAIN C AND (RESSEQ 12:33 OR RESSEQ 43:65 OR RESSEQ...
411CHAIN D AND (RESSEQ 12:33 OR RESSEQ 43:65 OR RESSEQ...

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.5128, 0.8582, -0.02452), (0.8581, 0.5114, -0.04587), (-0.02682, -0.04456, -0.9986)9.02684, -1.69679, 115.063
2given(0.4313, -0.9022, -0.007907), (0.9021, 0.431, 0.02203), (-0.01647, -0.01663, 0.9997)126.324, 4.53252, 65.74
3given(0.4128, 0.9101, -0.03557), (0.9082, -0.4143, -0.0601), (-0.06943, -0.007497, -0.9976)-52.2636, 87.1102, 50.9652
4given(0.553, 0.8332, -0.004678), (0.8324, -0.5527, -0.04015), (-0.03604, 0.01831, -0.9992)-53.4833, 105.998, 46.2001
5given(0.5695, -0.822, -0.006226), (0.8218, 0.5695, -0.01709), (0.01759, 0.004614, 0.9998)109.358, -4.32948, 61.403
6given(0.9984, 0.01933, -0.05371), (0.02056, -0.9995, 0.02255), (-0.05325, -0.02362, -0.9983)-2.3329, 196.932, -11.523

-
要素

#1: タンパク質
3-KETOACYL-COA THIOLASE, PUTATIVE / SCP2 THIOLASE


分子量: 48105.523 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q57XD5, acetyl-CoA C-acyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.4 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.6
詳細: 100MM SODIUM CITRATE PH5.6, 200MM AMMONIUM ACETATE AND 30% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月5日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI-111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -h,-k,l / Fraction: 0.5
反射解像度: 2.45→50.75 Å / Num. obs: 49740 / % possible obs: 91.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 2.45→2.58 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 90.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ZBG

3zbg


解像度: 2.45→50.751 Å / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 29.96 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
詳細: THE RESIDUES FROM 1-11, 34-43 AND 102- 104 ARE DISORDERED.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2422 2694 5.4 %
Rwork0.2241 --
obs0.2257 49662 91.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→50.751 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12295 0 0 54 12349
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00912479
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.26916872
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9354480
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1041945
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042216
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A3045X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B3045X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.053
13C3045X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.041
14D3045X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.05
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4508-2.49790.36461350.35872591X-RAY DIFFRACTION87
2.4979-2.54890.34171340.34822565X-RAY DIFFRACTION86
2.5489-2.60430.36941550.32452567X-RAY DIFFRACTION85
2.6043-2.66480.2991320.33062598X-RAY DIFFRACTION86
2.6648-2.73140.31251300.32332529X-RAY DIFFRACTION85
2.7314-2.80520.35111210.31882619X-RAY DIFFRACTION85
2.8052-2.88770.2831560.30062413X-RAY DIFFRACTION82
2.8877-2.98090.31251250.30282549X-RAY DIFFRACTION84
2.9809-3.08740.29641470.28832471X-RAY DIFFRACTION82
3.0874-3.21090.27661300.27742459X-RAY DIFFRACTION82
3.2109-3.35690.27621400.24532490X-RAY DIFFRACTION83
3.3569-3.53360.26921460.23192553X-RAY DIFFRACTION84
3.5336-3.75470.22011210.2142633X-RAY DIFFRACTION87
3.7547-4.04410.21491190.1972717X-RAY DIFFRACTION90
4.0441-4.45020.1831590.17752804X-RAY DIFFRACTION92
4.4502-5.0920.23551440.19092811X-RAY DIFFRACTION94
5.092-6.40730.22391470.21172882X-RAY DIFFRACTION95
6.4073-32.45730.19461520.16172855X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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