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万見
- PDB-2z20: Crystal structure of LL-Diaminopimelate Aminotransferase from Ara... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2z20
タイトルCrystal structure of LL-Diaminopimelate Aminotransferase from Arabidopsis thaliana
要素LL-diaminopimelate aminotransferase
キーワードTRANSFERASE / LL-diaminopimelate aminotransferase / LL-DAP-AT / PLP / Arabidopsis thaliana / lysine biosynthesis / THDPA / LL-DAP
機能・相同性
機能・相同性情報


LL-diaminopimelate aminotransferase / L,L-diaminopimelate aminotransferase activity / systemic acquired resistance, salicylic acid mediated signaling pathway / L-lysine biosynthetic process via diaminopimelate / transaminase activity / chloroplast stroma / chloroplast / pyridoxal phosphate binding / copper ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
LL-diaminopimelate aminotransferase/aminotransferase ALD1 / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase ...LL-diaminopimelate aminotransferase/aminotransferase ALD1 / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / LL-diaminopimelate aminotransferase, chloroplastic / LL-diaminopimelate aminotransferase, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Watanabe, N. / Cherney, M.M. / van Belkum, M.J. / Marcus, S.L. / Flegel, M.D. / Clay, M.D. / Deyholos, M.K. / Vederas, J.C. / James, M.N.G.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of LL-diaminopimelate aminotransferase from Arabidopsis thaliana: a recently discovered enzyme in the biosynthesis of L-lysine by plants and Chlamydia
著者: Watanabe, N. / Cherney, M.M. / van Belkum, M.J. / Marcus, S.L. / Flegel, M.D. / Clay, M.D. / Deyholos, M.K. / Vederas, J.C. / James, M.N.
履歴
登録2007年5月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LL-diaminopimelate aminotransferase
B: LL-diaminopimelate aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,93410
ポリマ－95,8792
非ポリマー1,0558
水11,403633
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10210 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area28370 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)102.909, 102.909, 171.452
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 LL-diaminopimelate aminotransferase / Hypothetical protein AT4g33680 / Hypothetical protein T16L1.170


分子量: 47939.699 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: AT4g33680 / プラスミド: pQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15(pREP4)
参照: UniProt: O81885, UniProt: Q93ZN9*PLUS, LL-diaminopimelate aminotransferase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 633 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.98 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 45% (NH4)2SO4, 0.1M HEPES pH7.5, 3% PEG400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9793, 0.9795, 0.9185
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月26日
詳細: Vertical focusing mirror; single crystal Si(311) bent monochromator (horizontal focusing)
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator (Si(111))
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97931
20.97951
30.91851
反射解像度: 1.95→20 Å / Num. all: 72271 / Num. obs: 72271 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 5.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 7204 / Rsym value: 0.664 / % possible all: 94.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.95→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 3.077 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.148 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22713 3658 5.1 %RANDOM
Rwork0.18154 ---
obs0.18387 68601 93.5 %-
all-68601 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.745 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.49 Å2-0.24 Å20 Å2
2---0.49 Å20 Å2
3---0.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6338 0 64 633 7035
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0226551
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6791.9568875
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1885819
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.03223.986291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.902151037
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.1931532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1960.2955
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025026
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.23199
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.24512
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1520.2535
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2290.259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2040.221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1891.54170
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.60526540
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.98432724
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.264.52335
LS精密化 シェル解像度: 1.949→2 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 272 -
Rwork0.214 5021 -
obs--93.33 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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