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- PDB-4bhm: The crystal structure of MoSub1-DNA complex reveals a novel DNA b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bhm
タイトルThe crystal structure of MoSub1-DNA complex reveals a novel DNA binding mode
要素
  • 5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP)-3'
  • MOSUB1 TRANSCRIPTION COFACTOR
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX / SSDNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / transcription coactivator activity / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase II transcriptional coactivator Sub1/Tcp4-like / Transcriptional coactivator p15 (PC4), C-terminal / Transcriptional Coactivator p15 (PC4) / Transcriptional Coactivator Pc4; Chain A / ssDNA-binding transcriptional regulator / Transcriptional Co-activator pc4; Chain A / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Transcriptional coactivator p15 (PC4) C-terminal domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種MAGNAPORTHE ORYZAE (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Huang, J. / Liu, H. / Zhao, Y. / Huang, D. / liu, J. / Peng, Y.
引用ジャーナル: Sci.Rep. / : 2015
タイトル: Substitution of Tryptophan 89 with Tyrosine Switches the DNA Binding Mode of Pc4.
著者: Huang, J. / Zhao, Y. / Liu, H. / Huang, D. / Cheng, X. / Zhao, W. / Taylor, I.A. / Liu, J. / Peng, Y.L.
履歴
登録2013年4月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月18日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MOSUB1 TRANSCRIPTION COFACTOR
B: MOSUB1 TRANSCRIPTION COFACTOR
C: MOSUB1 TRANSCRIPTION COFACTOR
D: MOSUB1 TRANSCRIPTION COFACTOR
E: MOSUB1 TRANSCRIPTION COFACTOR
F: MOSUB1 TRANSCRIPTION COFACTOR
G: 5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP)-3'
H: 5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP)-3'
I: 5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,89614
ポリマ-60,4169
非ポリマー4805
2,252125
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19100 Å2
ΔGint-117.3 kcal/mol
Surface area32410 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)84.190, 57.970, 83.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.02, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
MOSUB1 TRANSCRIPTION COFACTOR


分子量: 8875.049 Da / 分子数: 6 / 断片: RESIDUES 42-120 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MAGNAPORTHE ORYZAE (菌類) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: G4NEJ8
#2: DNA鎖 5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP)-3' / SSDNA


分子量: 2388.585 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) MAGNAPORTHE ORYZAE (菌類)
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.61 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9715
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9715 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 20278 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(I): 2.15 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 43.28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 6.33

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (PHENIX.REFINE) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.7→29.171 Å / SU ML: 0.44 / σ(F): 1.24 / 位相誤差: 27.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2435 1872 5.2 %
Rwork0.1839 --
obs0.187 20265 87.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→29.171 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3531 460 25 125 4141
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084285
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2565838
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.1361655
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084612
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004680
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.7730.3821390.29592773X-RAY DIFFRACTION91
2.773-2.85450.30731300.26742652X-RAY DIFFRACTION88
2.8545-2.94650.29561410.25182813X-RAY DIFFRACTION92
2.9465-3.05170.35312000.23372827X-RAY DIFFRACTION93
3.0517-3.17380.26731600.21952769X-RAY DIFFRACTION93
3.1738-3.3180.29341280.20112806X-RAY DIFFRACTION92
3.318-3.49270.25231190.18832238X-RAY DIFFRACTION73
3.4927-3.71110.30251150.22122061X-RAY DIFFRACTION69
3.7111-3.9970.257930.18172341X-RAY DIFFRACTION76
3.997-4.3980.19551720.13642816X-RAY DIFFRACTION93
4.398-5.03160.16831680.12482756X-RAY DIFFRACTION92
5.0316-6.32860.21071400.15932886X-RAY DIFFRACTION94
6.3286-29.17240.21841670.172747X-RAY DIFFRACTION91
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.76551.1793-0.77868.747-6.77055.22330.1174-0.44841.8750.4064-0.3611.6256-0.7513-1.66-0.50030.54960.22390.00530.7243-0.12471.113420.76718.56730.1938
21.7776-0.00180.57676.92690.54563.85940.0977-0.38880.1430.1038-0.20030.7133-0.3217-0.59220.01920.29020.02090.03030.4063-0.04590.282726.493715.31826.6348
31.7862-1.9711-2.1463.80191.21914.67920.07910.0518-0.1722-0.1086-0.21870.59260.3711-0.28770.17310.2658-0.0449-0.0640.2839-0.0010.289534.35975.58054.1654
48.74852.62371.32798.72133.42886.56650.2832-0.6352-0.52850.893-0.1494-0.4718-0.03110.4796-0.23650.3850.0233-0.01210.34630.03780.291742.24992.938512.6678
53.2448-0.2238-0.63672.9442-2.46085.42910.0731-0.05380.00120.0975-0.0421-0.1901-0.25220.17730.01630.3005-0.0077-0.01240.2382-0.0440.350634.79279.35823.0486
68.92683.0328-1.55914.18182.79233.72511.3561.21952.1287-1.0323-1.5085-2.9450.1166-0.2870.04971.09140.07820.27220.59320.22580.839340.132939.244521.5632
73.6648-1.62940.52975.7995-1.22483.57910.04890.12320.3112-0.01130.02050.1731-0.4160.139-0.05630.418-0.03830.01950.2518-0.02480.252230.332932.01527.3544
84.27224.28813.99474.64033.59664.34540.4510.91290.2636-0.5867-0.2047-1.16950.25110.5531-0.12351.09070.00680.13060.49240.08620.486334.508612.789531.3953
96.8233-2.0472-4.11223.8247-1.85145.43760.2446-0.1145-0.0521-0.28450.23392.0562-0.4377-0.3439-0.20620.59610.08290.06040.51720.09360.719315.875819.172639.1587
105.5320.96-2.03367.9241-2.10466.41480.1075-0.09880.19050.5970.13660.87690.0414-0.4525-0.06850.4931-0.0030.05030.3610.09450.348719.907625.841636.1226
115.98822.25260.15015.4061.51122.9151-0.0279-0.2810.05730.1311-0.0610.1246-0.0378-0.360.05080.48950.0260.05640.31350.04860.164427.83328.170131.211
129.1781.7880.97848.36692.53892.2421-0.06270.7488-0.1887-1.1980.37840.07680.31340.4234-0.20280.628-0.0057-0.11220.3978-0.01020.436410.6781-16.9657-4.7179
138.3688-1.6795-0.97285.0604-2.09365.9620.05090.33-0.1505-0.3607-0.11630.13530.21290.19570.08630.3397-0.0159-0.09670.2353-0.03640.46037.395-12.41325.0454
143.9527-3.4528-1.4393.08370.64786.1588-0.3585-1.01411.18071.0884-0.1972-0.2616-1.09120.6690.00970.9994-0.1231-0.15780.5479-0.17110.75614.5572-1.022620.7168
152.6082-1.5246-2.99996.2654.17164.4813-0.1906-1.6736-0.00561.62020.4633-0.46290.12960.4280.09530.6239-0.0522-0.15520.44730.06450.56428.4469-11.442318.7884
167.10560.31150.91592.716-4.84348.9842-0.0966-0.3750.71790.98660.0514-0.4925-1.07-0.28730.12910.37480.0043-0.07620.2918-0.07090.51957.4289-2.846312.8384
176.0156-1.37931.57527.3186-4.57928.9815-0.06920.37231.220.6685-0.2117-1.0959-0.4188-0.05080.34050.40820.0066-0.04340.2235-0.03380.59757.6614-0.56688.1855
189.11043.63772.76482.404-0.75485.68150.3838-1.6291-0.01641.09460.1087-0.0318-0.2860.0076-0.04970.6192-0.0758-0.03520.61610.07690.400917.4701-4.143419.2916
195.98082.70531.46518.50581.68532.84030.0337-0.0961-0.1318-0.18390.18520.65430.3268-0.2034-0.05020.43680.0552-0.10820.3296-0.0150.45252.3974-17.43633.4263
202.5275-1.2477-0.87895.72650.04322.6852-0.422-0.79230.52930.46720.4990.7286-0.5389-0.117-0.22330.84780.1243-0.09670.518-0.12550.565225.522622.814117.1731
219.2287-1.4080.28525.9973-2.21375.9050.4912-1.2544-0.16520.21120.136-0.1475-0.1926-0.0155-0.54140.5540.02550.15620.4072-0.02240.412525.27472.174814.5658
227.81521.38664.87634.72572.16999.0820.32681.0884-0.09840.32620.9412-0.0495-0.50821.4897-1.34580.40870.0375-0.0410.5381-0.10780.493222.017240.6715.4291
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 38 THROUGH 47 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 48 THROUGH 76 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 77 THROUGH 116 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND (RESID 39 THROUGH 75 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND (RESID 76 THROUGH 116 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN C AND (RESID 38 THROUGH 47 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN C AND (RESID 48 THROUGH 111 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN C AND (RESID 112 THROUGH 116 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN D AND (RESID 39 THROUGH 47 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN D AND (RESID 48 THROUGH 62 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN D AND (RESID 63 THROUGH 116 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN E AND (RESID 40 THROUGH 62 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN E AND (RESID 63 THROUGH 116 )
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN F AND (RESID 39 THROUGH 47 )
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN F AND (RESID 48 THROUGH 54 )
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN F AND (RESID 55 THROUGH 62 )
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN F AND (RESID 63 THROUGH 72 )
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN F AND (RESID 73 THROUGH 85 )
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN F AND (RESID 86 THROUGH 116 )
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN G AND (RESID 14 THROUGH 21 )
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN H AND (RESID 17 THROUGH 24 )
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN I AND (RESID 14 THROUGH 20 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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