PDB-4bhk: Crystal Structure of Moss Leafy bound to DNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4bhk

タイトル

Crystal Structure of Moss Leafy bound to DNA

要素

(MOSS-CR54 DNA) x 2
FLORICAULA/LEAFY HOMOLOG 1

キーワード

TRANSCRIPTION/DNA / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

multicellular organism development / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

PHYSCOMITRELLA PATENS (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.32 Å

データ登録者

Nanao, M.H. / Sayou, C. / Dumas, R. / Parcy, F.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2014
タイトル: A Promiscuous Intermediate Underlies the Evolution of Leafy DNA Binding Specificity.
著者: Sayou, C. / Monniaux, M. / Nanao, M.H. / Moyroud, E. / Brockington, S.F. / Thevenon, E. / Chahtane, H. / Warthmann, N. / Melkonian, M. / Zhang, Y. / Wong, G.K. / Weigel, D. / Parcy, F. / Dumas, R.

履歴

登録	2013年4月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年1月29日	Group: Database references
改定 1.2	2014年2月19日	Group: Database references
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4bhk.cif.gz	209.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4bhk.ent.gz	164 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4bhk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4bhk_validation.pdf.gz	445 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4bhk_full_validation.pdf.gz	451.2 KB	表示
XML形式データ	4bhk_validation.xml.gz	16.3 KB	表示
CIF形式データ	4bhk_validation.cif.gz	22.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/4bhk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/4bhk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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類似性 (1)

登録構造単位

A: FLORICAULA/LEAFY HOMOLOG 1

B: FLORICAULA/LEAFY HOMOLOG 1

W: MOSS-CR54 DNA

X: MOSS-CR54 DNA

57.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.722, 84.523, 152.424
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.9999, 0.005134, -0.01133), (0.005875, 0.9978, -0.0664), (0.01097, -0.06646, 0.9977)
ベクター: -43.43, -1.373, -52.7)

#1: タンパク質	FLORICAULA/LEAFY HOMOLOG 1 分子量: 20021.850 Da / 分子数: 2 / 断片: DNA-BINDING DOMAIN, RESIDUES 180-347 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PHYSCOMITRELLA PATENS (植物) / プラスミド: PPLFY-CTER / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q94IF5
#2: DNA鎖	MOSS-CR54 DNA 分子量: 8980.765 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) PHYSCOMITRELLA PATENS (植物)
#3: DNA鎖	MOSS-CR54 DNA 分子量: 8855.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) PHYSCOMITRELLA PATENS (植物)
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.26 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 5.6 詳細: 20 %(V/V) MPD, 0.05 M MES, PH 5.6, 0.1 M MAGNESIUM ACETATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月10日 / 詳細: KB MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.32→50 Å / Num. obs: 24528 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 3.78 % / B_iso Wilson estimate: 38.85 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 10.08
反射シェル	解像度: 2.32→2.46 Å / 冗長度: 3.78 % / R_merge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2.64 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.8.0	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VY2

2vy2

解像度: 2.32→43.55 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9264 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9065 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2405	1246	5.08 %	RANDOM
R_work	0.1962	-	-	-
obs	0.1984	24517	-	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.66 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.5881 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-11.1284 Å²	0 Å²
3-	-	-	6.5403 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.296 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.32→43.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2626	1183	0	108	3917

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.009	4051	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.2	5716	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1683	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		76	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		450	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		4051	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.56
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	20.29
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		498	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		4233	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.32→2.42 Å / Total num. of bins used: 12

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2463	133	4.64 %
R_work	0.2248	2734	-
all	0.2258	2867	-

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.561	-0.9747	0.4644	2.6292	2.4249	1.5505	0.0536	-0.1134	0.024	0.1166	-0.0357	0.1921	-0.072	-0.1833	-0.0179	-0.009	-0.0146	0.0374	-0.0168	-0.0024	-0.0374	-30.4328	-4.1032	5.3155
2	3.0558	-0.1687	1.0818	0.7423	-0.1922	0.0011	0.0251	0.516	-0.1314	-0.1076	0.0003	0.1934	0.0894	-0.1609	-0.0254	-0.0662	-0.0059	0.0166	0.1048	-0.0236	-0.0203	-34.475	-9.5213	-17.5061
3	1.6146	-0.3003	0.2888	1.2638	0.7463	2.244	0.0983	0.084	0.044	-0.144	-0.0734	0.0803	-0.1108	-0.1491	-0.0249	-0.0701	-0.0025	0.018	-0.0271	0.0011	-0.0727	-26.8818	-7.1365	-8.9441
4	0.8286	-0.2249	-0.1056	1.7637	1.6864	3.0369	-0.003	-0.1721	0.0973	0.3003	0.0344	-0.193	0.2123	0.0658	-0.0314	-0.0122	-0.0129	-0.015	0.021	0.0004	-0.0316	-14.7378	-9.8147	2.1734
5	4.9393	0.2218	0.423	2.6406	0.0431	1.641	0.0667	0.375	-0.0859	-0.1818	-0.0195	-0.2135	0.0157	0.2044	-0.0472	-0.0032	0.0027	0.0358	0.0204	-0.003	-0.091	-12.7291	-13.0097	-13.4692
6	4.449	1.1214	-0.6756	0.5758	-2.1242	1.3412	-0.0249	0.2057	-0.0758	-0.1	-0.1048	-0.1794	0.0394	0.3237	0.1296	0.0138	0.0113	0.0274	-0.0178	0.013	-0.051	-12.2923	-6.5712	-57.7863
7	1.7839	-0.2709	2.2654	0.6429	-0.5934	2.1129	-0.0487	-0.3479	-0.1925	0.0636	-0.0329	-0.1457	0.065	0.1659	0.0817	-0.0669	-0.0099	0.0186	0.0661	0.0349	-0.0051	-9.3137	-10.2706	-34.188
8	1.4972	0.8212	0.3648	1.8649	-0.566	2.637	0.0133	-0.1111	-0.1135	0.0866	-0.0436	-0.1224	-0.0371	0.1936	0.0304	-0.0561	0.0206	0.0054	-0.0475	0.0025	-0.0708	-16.2507	-8.6431	-44.5184
9	1.2152	0.3059	-0.6116	2.0247	-2.2106	2.5511	-0.0342	0.1349	0.1436	-0.2181	-0.0355	0.2514	0.0601	-0.0277	0.0698	0.0114	-0.007	-0.0291	-0.0086	0.0069	-0.006	-28.3638	-11.8496	-54.2195
10	6.579	-0.4426	-0.5226	2.6987	0.1263	1.048	0.0479	-0.1151	-0.1295	0.1261	-0.0567	0.2242	-0.0791	-0.2326	0.0089	-0.0234	-0.0088	0.0133	0.0253	0.0276	-0.0784	-30.2854	-14.3176	-38.6982
11	2.339	-2.9104	1.8436	3.2908	0.0565	2.5736	-0.0093	-0.0968	0.2281	0.0005	0.0235	0.075	-0.0987	-0.1312	-0.0142	0.0514	-0.0146	0.1508	0.1166	0.0337	-0.1087	-15.7057	13.4114	-68.909
12	4.3985	0.2767	-2.5773	3.6736	-2.886	0.6338	0.0234	0.0808	0.2478	0.0933	0.1368	0.1279	-0.1726	-0.0898	-0.1602	-0.0619	-0.015	0.0311	-0.0414	0.0367	-0.147	-18.4858	5.1996	-52.8889
13	1.7768	2.3275	-1.4721	2.6831	1.104	4.446	0.1081	0.1381	0.4231	-0.4113	0.1462	-0.2853	-0.2297	-0.1519	-0.2543	0.1211	0.0911	0.0918	-0.0898	-0.0017	-0.0794	-21.1454	7.0153	-23.182
14	4.6558	1.1945	-2.7759	4.1945	2.6884	2.5315	0.0019	-0.1083	0.3069	-0.1833	0.134	-0.2189	-0.0302	0.0025	-0.1359	-0.0001	0.0115	0.0581	0.0064	-0.0419	0.0616	-27.0356	10.3172	8.3262
15	0.1237	0.1823	-1.0801	0	2.2264	2.5095	0.0205	0.026	0.1457	0.0111	0.0561	-0.1294	0.0386	0.1536	-0.0766	-0.0172	-0.0443	0.1051	0.0896	-0.0702	0.0651	-24.7526	13.1983	13.79
16	1.3344	2.0469	0.1892	0.3276	-0.2526	4.057	-0.023	0.1648	0.2743	-0.1476	0.359	0.0902	-0.4291	0.0553	-0.336	0.1626	0.0434	0.069	-0.1399	0.0134	-0.0967	-21.9845	8.0832	-14.1894
17	0.2467	2.8624	-1.0305	3.9634	1.9236	3.0953	0.063	0.0937	0.0655	-0.0803	-0.0226	0.2081	-0.095	-0.2214	-0.0404	0.0639	0.07	0.049	-0.0337	0.0418	-0.105	-23.6974	4.1068	-39.7636
18	6.1614	-2.8551	-2.8356	6.25	-2.8614	4.0434	-0.0279	0.023	0.0798	0.2783	0.1571	0.1217	-0.1752	0.0035	-0.1292	-0.0046	-0.0304	0.0711	0.0064	0.0699	-0.0717	-15.3092	8.0768	-61.5946

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|189 - 211}
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|212 - 239}
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|240 - 284}
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|285 - 310}
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{A\|311 - 346}
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{B\|189 - 211}
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{B\|212 - 242}
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{B\|243 - 285}
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{B\|286 - 310}
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{B\|311 - 346}
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{W\|1 - 4}
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{W\|5 - 10}
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{W\|11 - 21}
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{W\|22 - 29}
15	X-RAY DIFFRACTION	15	{X\|1 - 6}
16	X-RAY DIFFRACTION	16	{X\|7 - 16}
17	X-RAY DIFFRACTION	17	{X\|17 - 21}
18	X-RAY DIFFRACTION	18	{X\|22 - 29}

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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