+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4bhk | ||||||
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Title | Crystal Structure of Moss Leafy bound to DNA | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSCRIPTION/DNA / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX | ||||||
Function / homology | Function and homology information multicellular organism development / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | PHYSCOMITRELLA PATENS (plant) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.32 Å | ||||||
Authors | Nanao, M.H. / Sayou, C. / Dumas, R. / Parcy, F. | ||||||
Citation | Journal: Science / Year: 2014 Title: A Promiscuous Intermediate Underlies the Evolution of Leafy DNA Binding Specificity. Authors: Sayou, C. / Monniaux, M. / Nanao, M.H. / Moyroud, E. / Brockington, S.F. / Thevenon, E. / Chahtane, H. / Warthmann, N. / Melkonian, M. / Zhang, Y. / Wong, G.K. / Weigel, D. / Parcy, F. / Dumas, R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4bhk.cif.gz | 209.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4bhk.ent.gz | 164 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4bhk.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4bhk_validation.pdf.gz | 445 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4bhk_full_validation.pdf.gz | 451.2 KB | Display | |
Data in XML | 4bhk_validation.xml.gz | 16.3 KB | Display | |
Data in CIF | 4bhk_validation.cif.gz | 22.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/4bhk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/4bhk | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 2vy2S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.9999, 0.005134, -0.01133), Vector: |
-Components
#1: Protein | Mass: 20021.850 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: DNA-BINDING DOMAIN, RESIDUES 180-347 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) PHYSCOMITRELLA PATENS (plant) / Plasmid: PPLFY-CTER / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / References: UniProt: Q94IF5 #2: DNA chain | | Mass: 8980.765 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) PHYSCOMITRELLA PATENS (plant) #3: DNA chain | | Mass: 8855.645 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) PHYSCOMITRELLA PATENS (plant) #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.38 Å3/Da / Density % sol: 48.26 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 5.6 Details: 20 %(V/V) MPD, 0.05 M MES, PH 5.6, 0.1 M MAGNESIUM ACETATE |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-2 / Wavelength: 0.873 |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD / Date: Dec 10, 2010 / Details: KB MIRRORS |
Radiation | Monochromator: SI / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.873 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.32→50 Å / Num. obs: 24528 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -1 / Redundancy: 3.78 % / Biso Wilson estimate: 38.85 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 10.08 |
Reflection shell | Resolution: 2.32→2.46 Å / Redundancy: 3.78 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2.64 / % possible all: 97.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2VY2 Resolution: 2.32→43.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9264 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9065 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0
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Displacement parameters | Biso mean: 34.66 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.296 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.32→43.55 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.32→2.42 Å / Total num. of bins used: 12
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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